| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 引言 | 第10-23页 |
| 1.1 基因组测序技术的发展 | 第10-12页 |
| 1.1.1 下一代测序技术的发展 | 第10-11页 |
| 1.1.2 PacBio单分子实时测序的优势和应用 | 第11-12页 |
| 1.2 Myroides sp.的概况 | 第12-20页 |
| 1.2.1 Myroides sp.的临床感染和耐药情况 | 第12-19页 |
| 1.2.2 Myroides sp.的耐药机制和致病力概况 | 第19-20页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第20-21页 |
| 1.3.1 Myroides odoratimimus研究现状 | 第20-21页 |
| 1.3.2 本课题研究意义 | 第21页 |
| 1.4 本课题研究思路 | 第21-23页 |
| 1.4.1 菌株分离与测序前准备 | 第21页 |
| 1.4.2 菌株基因组测序与注释 | 第21-22页 |
| 1.4.3 基因组数据的初步分析 | 第22页 |
| 1.4.4 与其他M. odoratimimus菌的比较基因组分析 | 第22-23页 |
| 第2章 菌株鉴定、药敏试验、基因组DNA提取 | 第23-30页 |
| 2.1 材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 菌株 | 第23页 |
| 2.1.2 主要试剂、耗材、及所用仪器 | 第23-25页 |
| 2.2 方法 | 第25-26页 |
| 2.2.1 菌株培养及鉴定 | 第25页 |
| 2.2.2 抗生素耐药性实验 | 第25页 |
| 2.2.3 基因组DNA提取、DNA定量 | 第25-26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-29页 |
| 2.3.1 细菌鉴定 | 第26页 |
| 2.3.2 药敏试验 | 第26页 |
| 2.3.3 基因组DNA | 第26-29页 |
| 2.4 小结 | 第29-30页 |
| 第3章 基因组测序、组装、简单注释 | 第30-43页 |
| 3.1 所需试剂耗材、仪器 | 第30-32页 |
| 3.2 方法 | 第32-36页 |
| 3.2.1 基因组测序 | 第32-35页 |
| 3.2.2 测序数据的组装 | 第35页 |
| 3.2.3 基因组数据的简单注释 | 第35-36页 |
| 3.3 结果与分析 | 第36-42页 |
| 3.3.1 下机数据处理 | 第36-38页 |
| 3.3.2 组装结果 | 第38-39页 |
| 3.3.3 GenBank基因序列号 | 第39页 |
| 3.3.4 注释结果 | 第39-42页 |
| 3.4 小结 | 第42-43页 |
| 第4章 基因组数据初步分析 | 第43-61页 |
| 4.1 材料 | 第43页 |
| 4.1.1 所需主要数据库及软件 | 第43页 |
| 4.2 方法 | 第43-45页 |
| 4.3 结果和分析 | 第45-58页 |
| 4.3.1 基因圈图 | 第45-46页 |
| 4.3.2 子系统功能分类 | 第46-47页 |
| 4.3.3 耐药基因和耐药基因分布 | 第47-52页 |
| 4.3.4 耐药区域 | 第52页 |
| 4.3.5 毒力因子预测 | 第52-53页 |
| 4.3.6 原噬菌体预测 | 第53-55页 |
| 4.3.7 共线性比较 | 第55-58页 |
| 4.4 讨论 | 第58-60页 |
| 4.5 小结 | 第60-61页 |
| 第5章 比较基因组学分析 | 第61-75页 |
| 5.1 材料 | 第61-62页 |
| 5.1.1 主要的数据库和软件 | 第61页 |
| 5.1.2 菌株来源及基因组序列 | 第61-62页 |
| 5.2 方法 | 第62页 |
| 5.3 结果和分析 | 第62-72页 |
| 5.3.1 基因组基本特征比较 | 第62页 |
| 5.3.2 M. odoratimimus菌株的进化树 | 第62-64页 |
| 5.3.3 M. odoratimimus菌株中的基因组变体 | 第64-66页 |
| 5.3.4 M. odoratimimus菌株抗生素耐药基因比较 | 第66-68页 |
| 5.3.5 M. odoratimimus基因组共线性分析 | 第68-69页 |
| 5.3.6 原噬菌体比较分析 | 第69-72页 |
| 5.3.7 CRISPR预测 | 第72页 |
| 5.4 讨论 | 第72-74页 |
| 5.5 小结 | 第74-75页 |
| 总结与展望 | 第75-77页 |
| 论文总结 | 第75-76页 |
| 展望 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第90页 |
