| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 肠道微生物简介 | 第11-17页 |
| 1.1.1 人体肠道微生物的物种种类 | 第11-12页 |
| 1.1.2 肠道微生物的影响因素 | 第12页 |
| 1.1.3 肠道微生物的功能 | 第12-14页 |
| 1.1.4 肠道微生物与疾病发生的关系 | 第14-16页 |
| 1.1.5 国际肠道微生物研究情况 | 第16-17页 |
| 1.2 肠道微生物的研究方法 | 第17-19页 |
| 1.2.1 基于培养方法对肠道微生物的研究 | 第17-18页 |
| 1.2.2 基于非培养法对肠道微生物的研究 | 第18-19页 |
| 1.3 原核细菌分类学 | 第19-20页 |
| 1.3.1 原核细菌系统分类概况 | 第19-20页 |
| 1.3.2 全基因组测序在细菌分类鉴定中的应用 | 第20页 |
| 1.4 本论文研究的内容和意义 | 第20-23页 |
| 第二章 健康人肠道微生物多样性研究 | 第23-51页 |
| 2.1 样品收集 | 第23页 |
| 2.2 材料与方法 | 第23-30页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1.1 实验试剂 | 第23页 |
| 2.1.1.2 实验耗材 | 第23-24页 |
| 2.1.1.3 实验仪器 | 第24页 |
| 2.1.1.4 培养基 | 第24-25页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第25-30页 |
| 2.1.2.1 肠道细菌的分离培养 | 第25-28页 |
| 2.1.2.2 粪便样品细菌 16S rDNA测序 | 第28-30页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第30-50页 |
| 2.3.1 TF01与AF01菌株分离培养 | 第30-42页 |
| 2.3.1.1 TF01与AF01菌株分离培养统计 | 第30页 |
| 2.3.1.2 分离细菌的 16S rDNA比对结果 | 第30-39页 |
| 2.3.1.3 系统发育树的构建 | 第39-41页 |
| 2.3.1.4 潜在有益菌的统计 | 第41-42页 |
| 2.3.2 粪便样品细菌 16S rDNA测序 | 第42-47页 |
| 2.3.2.1 粪便总DNA的提取 | 第42-43页 |
| 2.3.2.2 AF01的V4V5测序情况 | 第43页 |
| 2.3.2.3 AF01菌群的多样性分析 | 第43-47页 |
| 2.3.3 培养方法与非培养方法研究AF01微生物多样性比较 | 第47-50页 |
| 2.3.3.1 门水平的比较 | 第47页 |
| 2.3.3.2 科水平的比较 | 第47-48页 |
| 2.3.3.3 属水平的比较 | 第48-49页 |
| 2.3.3.4 种水平的比较 | 第49页 |
| 2.3.3.5 讨论 | 第49-50页 |
| 2.4 小结 | 第50-51页 |
| 第三章 分离株TF01-11T的多项分类学研究 | 第51-74页 |
| 3.1 材料与方法 | 第51-60页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第51-52页 |
| 3.1.1.1 实验试剂 | 第51页 |
| 3.1.1.2 实验耗材 | 第51页 |
| 3.1.1.3 实验仪器 | 第51-52页 |
| 3.1.1.4 培养基 | 第52页 |
| 3.1.1.5 实验菌株 | 第52页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第52-60页 |
| 3.1.2.1 实验菌株的培养 | 第52-53页 |
| 3.1.2.2 形态及培养特征 | 第53页 |
| 3.1.2.3 16S rDNA全长测序、比对及系统发育分析 | 第53-56页 |
| 3.1.2.4 生理生化研究 | 第56-57页 |
| 3.1.2.5 化学成分分析 | 第57页 |
| 3.1.2.6 生物活性产物的分析 | 第57-58页 |
| 3.1.2.7 基因组测序 | 第58-60页 |
| 3.1.2.8 分类学地位确定 | 第60页 |
| 3.1.2.9 新菌株保藏 | 第60页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第60-72页 |
| 3.2.1 形态及培养特征 | 第60-62页 |
| 3.2.1.1 TF01-11 形态特征 | 第60-61页 |
| 3.2.1.2 TF01-11 培养特征 | 第61-62页 |
| 3.2.2 16S rDNA比对结果与系统进化特征 | 第62-65页 |
| 3.2.2.1 TF01-11 的基因组提取和 16S rDNA扩增 | 第62-63页 |
| 3.2.2.2 TF01-11 的 16S rDNA全长比对 | 第63页 |
| 3.2.2.3 TF01-11 的系统发育分析 | 第63-65页 |
| 3.2.3 生理生化特征 | 第65-67页 |
| 3.2.4 化学分类特征 | 第67-68页 |
| 3.2.5 生物活性物质的分析 | 第68-69页 |
| 3.2.6 基因组测序 | 第69-71页 |
| 3.2.6.1 基因组特征 | 第69页 |
| 3.2.6.2 全基因组比较 | 第69-70页 |
| 3.2.6.3 注释基因比较 | 第70-71页 |
| 3.2.7 新种描述 | 第71-72页 |
| 3.3 小结 | 第72-74页 |
| 第四章 结论与展望 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 附录 | 第81-87页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第87-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 附件 | 第89页 |
