| 符号说明 | 第6-12页 |
| 中文摘要 | 第12-15页 |
| ABSTRACT | 第15-18页 |
| 1. 文献综述 | 第19-35页 |
| 1.1 青虾的生长发育主要过程及其研究进展 | 第20-21页 |
| 1.1.1 青虾的胚胎发育过程 | 第20-21页 |
| 1.1.2 虾类肌肉发育模式的差异 | 第21页 |
| 1.2 虾类家系构建研究现状 | 第21-24页 |
| 1.2.1 对虾的家系构建研究进展 | 第22-23页 |
| 1.2.2 淡水虾类的家系构建研究进展 | 第23-24页 |
| 1.3 甲壳动物生长相关基因的调控研究进展 | 第24-28页 |
| 1.3.1 甲壳类水产动物生长的重要基因 | 第24-25页 |
| 1.3.2 已经研究的甲壳动物生长相关候选基因 | 第25-28页 |
| 1.4 转录组学 | 第28-30页 |
| 1.4.1 转录组学与基因组学概述 | 第28页 |
| 1.4.2 转录组技术在水产动物中的应用 | 第28-30页 |
| 1.5 小RNA测序 | 第30-32页 |
| 1.5.1 小RNA概述 | 第30页 |
| 1.5.2 小RNA测序在水产动物中的应用 | 第30-32页 |
| 1.6 蛋白质组学 | 第32-33页 |
| 1.6.1 蛋白质组学与蛋白质组概述 | 第32页 |
| 1.6.2 蛋白质组研究技术方法 | 第32-33页 |
| 1.6.3 蛋白质组在水产中的应用 | 第33页 |
| 1.7 本研究的目的与意义 | 第33-35页 |
| 2. 青虾的家系构建 | 第35-50页 |
| 2.1 试验材料 | 第35页 |
| 2.1.1 青虾亲本的选取 | 第35页 |
| 2.1.2 主要试验仪器 | 第35页 |
| 2.2 试验方法 | 第35-38页 |
| 2.2.1 青虾亲虾的选择和培育 | 第35-37页 |
| 2.2.2 青虾家系的构建方法 | 第37-38页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第38-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-47页 |
| 2.5 长臂虾科新种的发现及其家系的初步构建 | 第47-50页 |
| 3. 青虾生长差异的组织学研究 | 第50-60页 |
| 3.1 材料与方法 | 第50-52页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第50-51页 |
| 3.1.2 主要仪器设备 | 第51页 |
| 3.1.3 试验方法 | 第51-52页 |
| 3.2 试验结果与分析 | 第52-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-60页 |
| 4. 青虾的无参考基因组转录组测序 | 第60-96页 |
| 4.1 材料与方法 | 第60-62页 |
| 4.1.1 实验动物与样品采集 | 第60-61页 |
| 4.1.2 主要实验仪器 | 第61页 |
| 4.1.3 主要试剂及耗材 | 第61-62页 |
| 4.1.4 生物信息分析主要软件 | 第62页 |
| 4.2 总RNA的提取 | 第62页 |
| 4.3 RNA质量检测 | 第62-63页 |
| 4.4 无参考基因组的转录组测序 | 第63-68页 |
| 4.4.1 建库及测序流程 | 第63页 |
| 4.4.2 文库构建及文库质量检测 | 第63-64页 |
| 4.4.3 文库上机测序 | 第64页 |
| 4.4.4 无参转录组生物信息分析流程 | 第64-65页 |
| 4.4.5 无参转录组测序的数据质量评估 | 第65-66页 |
| 4.4.6 无参转录本拼接 | 第66-67页 |
| 4.4.7 无参转录本基因功能注释 | 第67-68页 |
| 4.5 无参转录本基因表达水平分析 | 第68-69页 |
| 4.5.1 参考序列比对 | 第68页 |
| 4.5.2 无参转录组基因表达水平的统计 | 第68-69页 |
| 4.5.3 无参转录组基因FPKM密度分布图 | 第69页 |
| 4.5.4 无参转录组不同实验条件下基因表达水平对比图 | 第69页 |
| 4.5.5 无参转录组RNA-seq整体质量评估 | 第69页 |
| 4.6 无参转录组差异表达分析 | 第69-71页 |
| 4.6.1 无参转录组差异基因筛选 | 第69页 |
| 4.6.2 无参转录组 基因表达维恩图 | 第69页 |
| 4.6.3 无参转录组 差异基因表达水平聚类分析 | 第69-70页 |
| 4.6.4 无参转录组差异基因GO富集分析 | 第70-71页 |
| 4.6.5 差异基因蛋白互作网络分析 | 第71页 |
| 4.7 转录组测序试验结果与分析 | 第71-96页 |
| 4.7.1 总RNA质量检测结果 | 第71-73页 |
| 4.7.2 原始序列数据质量控制 | 第73-75页 |
| 4.7.3 测序原始数据组成 | 第75-76页 |
| 4.7.4 拼接转录本长度分布 | 第76-79页 |
| 4.7.5 KOG分类 | 第79-80页 |
| 4.7.6 GO分类 | 第80-81页 |
| 4.7.7 KEGG分类 | 第81-83页 |
| 4.7.8 差异基因筛选 | 第83-84页 |
| 4.7.9 差异基因表达水平聚类分析 | 第84-86页 |
| 4.7.10 差异基因的GO富集 | 第86-89页 |
| 4.7.11 差异基因蛋白互作网络分析 | 第89-91页 |
| 4.7.12 差异表达mRNA的qRT-PCR验证 | 第91-96页 |
| 5. 相关小RNA的高通量测序 | 第96-132页 |
| 5.1 小RNA测序 | 第96-122页 |
| 5.1.1 试验材料 | 第96页 |
| 5.1.2 Small RNA文库构建与测序 | 第96-97页 |
| 5.1.3 Small RNA测序结果 | 第97-106页 |
| 5.1.4 miRNA表达差异分析 | 第106-107页 |
| 5.1.5 样品间相关性检查 | 第107-108页 |
| 5.1.6 miRNA差异表达结果的分析 | 第108-112页 |
| 5.1.7 差异miRNA靶基因富集分析 | 第112页 |
| 5.1.8 候选靶基因GO富集分析 | 第112-114页 |
| 5.1.9 候选靶基因KEGG富集分析 | 第114-119页 |
| 5.1.10 差异表达miRNA的荧光定量qRT-PCR验证 | 第119-122页 |
| 5.2 差异表达MIRNA与MRNA的关联分析 | 第122-132页 |
| 5.2.1 差异表达miRNA与差异表达mRNA的比较 | 第123-124页 |
| 5.2.2 靶基因GO富集分析 | 第124-125页 |
| 5.2.3 靶基因的KEGG富集分析 | 第125-129页 |
| 5.2.4 解析miRNA与mRNA的互作调控网络 | 第129-132页 |
| 6. 生长差异的蛋白质组学分析 | 第132-148页 |
| 6.1 试验材料与样品处理 | 第132-133页 |
| 6.2 主要试验仪器和试剂 | 第133页 |
| 6.3 试验方法 | 第133-136页 |
| 6.3.1 总蛋白的提取 | 第133-134页 |
| 6.3.2 BCA法测蛋白浓度 | 第134页 |
| 6.3.3 样品的酶解 | 第134-135页 |
| 6.3.4 样品的脱盐实验步骤 | 第135-136页 |
| 6.3.5 Orbitrap Elite组合式质谱仪的上样 | 第136页 |
| 6.4 试验结果与分析 | 第136-146页 |
| 6.4.1 BCA法测蛋白浓度标准曲线的绘制 | 第136-137页 |
| 6.4.2 质谱分析的实验结果 | 第137-146页 |
| 6.5 讨论 | 第146-148页 |
| 7. 青虾生长差异的高通量测序与蛋白质组联合分析 | 第148-153页 |
| 7.1 高通量测序与蛋白质组关联的Venn图分析 | 第148-150页 |
| 7.2 三条生长调控网络之间的联合分析 | 第150页 |
| 7.3 关于联合分析的讨论 | 第150-153页 |
| 8. 全文结论 | 第153-155页 |
| 8.1 成功建立青虾全同胞家系 | 第153页 |
| 8.2 青虾的生长差异在肝胰腺与肌纤维结构上均有体现 | 第153页 |
| 8.3 无参考基因组转录组与小RNA测序获得新的小RNA | 第153页 |
| 8.4 转录组与蛋白质质谱的联合分析获得生长相关调控网络 | 第153页 |
| 8.5 全同胞家系的差异生长主要是由代谢的差异造成 | 第153-155页 |
| 展望 | 第155-156页 |
| 参考文献 | 第156-170页 |
| 论文主要创新点 | 第170-171页 |
| 附录 | 第171-174页 |
| 致谢 | 第174-175页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第175页 |
