| 摘要 | 第5-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第14-24页 |
| 1.1 蛋白质简介 | 第14-15页 |
| 1.2 碳纳米管简介 | 第15-17页 |
| 1.3 蛋白质与配体的相互作用 | 第17-18页 |
| 1.4 生物分子模拟概述 | 第18-19页 |
| 1.5 埃博拉病毒的研究背景 | 第19-22页 |
| 1.6 本文的研究内容 | 第22-24页 |
| 第二章 理论和计算方法 | 第24-46页 |
| 2.1 分子对接 | 第24-27页 |
| 2.1.1 基本原理 | 第24页 |
| 2.1.2 搜索算法 | 第24-26页 |
| 2.1.3 打分函数 | 第26-27页 |
| 2.2 分子力场 | 第27-36页 |
| 2.2.1 力场势函数 | 第27-29页 |
| 2.2.2 力场分项 | 第29-33页 |
| 2.2.3 常用力场介绍 | 第33-34页 |
| 2.2.4 能量最优化 | 第34-36页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第36-46页 |
| 2.3.1 基本原理 | 第37-38页 |
| 2.3.2 牛顿运动方程的数值解法 | 第38-40页 |
| 2.3.3 约束性分子动力学模拟 | 第40-41页 |
| 2.3.4 溶剂模型 | 第41-42页 |
| 2.3.5 周期性边界条件 | 第42-43页 |
| 2.3.6 非键相互作用优化 | 第43页 |
| 2.3.7 分子动力学模拟过程 | 第43-44页 |
| 2.3.8 AMBER软件介绍 | 第44-46页 |
| 第三章 VP35 ⅡD与GA017结合模式及作用机理的分子动力学模拟研究 | 第46-69页 |
| 3.1 引言 | 第46-48页 |
| 3.2 材料和方法 | 第48-50页 |
| 3.2.1 体系的准备 | 第48页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第48-49页 |
| 3.2.3 自由能的计算-MM-GB/SA | 第49-50页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第50-67页 |
| 3.3.1 VP35 ⅡD与GA017的结合模式 | 第50-52页 |
| 3.3.2 重要残基突变对结合口袋的影响 | 第52-56页 |
| 3.3.3 VP35与GA017的结合自由能分析 | 第56-59页 |
| 3.3.4 结合自由能分解 | 第59-65页 |
| 3.3.5 GA017与VP35 ⅡD的氢键分析 | 第65-67页 |
| 3.4 结论 | 第67-69页 |
| 第四章 碳纳米管与VP35 ⅡD结合模式及作用机理的分子对接及分子动力学模拟研究 | 第69-100页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 材料和方法 | 第70-73页 |
| 4.2.1 VP35-SWCNT体系准备 | 第70-72页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟设置 | 第72页 |
| 4.2.3 MM-GBSA结合能计算 | 第72-73页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第73-98页 |
| 4.3.1 SWCNT与VP35对接结果 | 第73-77页 |
| 4.3.2 对接结果分子动力学模拟以及自由能分析 | 第77-82页 |
| 4.3.3 SWCNT与VP35结合模式分析 | 第82-85页 |
| 4.3.4 复合结构稳定性及柔性分析 | 第85-87页 |
| 4.3.5 VP35-SWCNT FBP结构分析 | 第87-90页 |
| 4.3.6 SWCNT与VP35 ⅡD的相互作用 | 第90-91页 |
| 4.3.7 SWCNT与VP35 ⅡD的结合自由能分析 | 第91-93页 |
| 4.3.8 结合自由能分解 | 第93-98页 |
| 4.4 结论 | 第98-100页 |
| 第五章 VP35 ⅡD与dsRNA的相互作用及识别机制的分子动力学模拟研究 | 第100-124页 |
| 5.1 引言 | 第100-101页 |
| 5.2 材料和方法 | 第101-103页 |
| 5.2.1 准备VP35-dsRNA体系 | 第101-102页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第102页 |
| 5.2.3 MM-GBSA 方-法 | 第102-103页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第103-122页 |
| 5.3.1 静电表面势分析 | 第104-105页 |
| 5.3.2 RMSD分析 | 第105-106页 |
| 5.3.3 RMSF分析 | 第106-108页 |
| 5.3.4 VP35-free CBP结构分析 | 第108-110页 |
| 5.3.5 VP35-dsRNA CBP结构分析 | 第110-112页 |
| 5.3.6 结合自由能分析 | 第112-115页 |
| 5.3.7 结合自由能分解 | 第115-120页 |
| 5.3.8 氢键分析 | 第120-122页 |
| 5.4 结论 | 第122-124页 |
| 第六章 总结与展望 | 第124-127页 |
| 6.1 VP35 ⅡD与GA017结合模式及作用机理的分子动力学模拟研究 | 第124-125页 |
| 6.2 碳纳米管与VP35 ⅡD结合模式及作用机理的分子对接及分子动力学模拟研究 | 第125-126页 |
| 6.3 VP35 ⅡD与dsRNA的相互作用及识别机制的分子动力学模拟研究 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的科研成果 | 第147-148页 |
