| Acknowledgements | 第9-10页 |
| Review | 第10-23页 |
| References | 第20-23页 |
| Part 1:Transcriptome Sequencing of Gene Expression in the Testicles of ExperimentalFluorosis Mice | 第23-81页 |
| 摘要 | 第24-26页 |
| Chapter 1:Role of IL-17 Pathways in Immune Privilege by RNA-Sequencing Analysis ofthe Mouse Testicles Exposed to Fluoride | 第26-62页 |
| Abstract | 第26-28页 |
| 1 Introduction | 第28-29页 |
| 2 Materials and methods | 第29-39页 |
| 2.1 Animals | 第29页 |
| 2.2 Tissue collection | 第29-30页 |
| 2.3 RNA extraction and sample preparation | 第30页 |
| 2.4 RNA deep sequencing | 第30-37页 |
| 2.5 Gene annotation and expression profiling analysis | 第37页 |
| 2.6 Enriched biochemical pathways in the fluorosis testicle | 第37-38页 |
| 2.7 Quantitative real-time(qRT)-PCR | 第38页 |
| 2.8 Data analysis for qRT-PCR | 第38-39页 |
| 3 Result | 第39-55页 |
| 3.1 Overview and summary of sequencing data from RNA-sequencing analysis | 第39页 |
| 3.2 Identification of genes and pathways altered in experimental fluorosis testicle | 第39-51页 |
| 3.3 Description of important and representative genes altered in the fluorosis testicle | 第51页 |
| 3.4 Expression Analysis by qRT-PCR | 第51-55页 |
| 4 Discussion | 第55-58页 |
| 5 Conclusion | 第58-59页 |
| References | 第59-62页 |
| Chapter 2:Effect of High-Level Fluoride on the Expression of Tight Junction Signaling Pathway in Mouse Testicles | 第62-81页 |
| Abstract | 第62-64页 |
| 1 Introduction | 第64-65页 |
| 2 Materials and methods | 第65-68页 |
| 2.1 Animals and tissue collection | 第65页 |
| 2.2 RNA extraction and RNA deep sequencing | 第65-66页 |
| 2.3 Enriched biochemical pathways in the fluorosis testicle | 第66-67页 |
| 2.4 qRT-PCR | 第67页 |
| 2.5 Data analysis | 第67-68页 |
| 3 Result | 第68-73页 |
| 3.1 Gene expression overview using Illumina sequencing | 第68页 |
| 3.2 Sequence mapping to the mouse reference genome | 第68-70页 |
| 3.3 Pathway enrichment analysis in the fluorosis testicle by IPA | 第70页 |
| 3.4 Expression analysis by qRT-PCR | 第70-73页 |
| 4 Discussion | 第73-77页 |
| 5 Conclusion | 第77-78页 |
| References | 第78-81页 |
| Part 2:Microbial Diversity and Resistant Gene Prevalence of Water Environments inChina's Coastal Aquaculture Sites Based on the Metagenomic Approach | 第81-168页 |
| 摘要 | 第82-84页 |
| Abstract | 第84-86页 |
| 1 Introduction | 第86-92页 |
| 2 Materials and methods | 第92-96页 |
| 2.1 Study site and sample collection | 第92-94页 |
| 2.2 Total DNA extraction | 第94页 |
| 2.3 Sequencing of the 16S rRNA genes | 第94页 |
| 2.4 High-throughput sequencing of microbial metagenome | 第94页 |
| 2.5 Bioinformatic analysis on metagenomic data | 第94-96页 |
| 3 Result | 第96-151页 |
| 3.1 DNA concentration | 第96页 |
| 3.2 Total ARGs abundance and diversity in China coastal areas | 第96-100页 |
| 3.3 Pervasive antibiotic resistant types in each sample | 第100-106页 |
| 3.4 Abundance of aminocoumarin-resistant genes | 第106页 |
| 3.5 Abundance of aminoglycoside-resistant genes | 第106-115页 |
| 3.6 Abundance of beta-lactam antibiotic resistant genes | 第115-116页 |
| 3.7 Abundance of chloramphenicol-resistant genes | 第116页 |
| 3.8 Abundance of MLS_B resistant genes | 第116-130页 |
| 3.9 Abundance of polypeptide-resistant genes | 第130-131页 |
| 3.10 Abundance of quinolone-resistant genes | 第131-134页 |
| 3.11 Abundance of tuberculostatics resistant genes | 第134页 |
| 3.12 Abundance of sulfonamide-resistant genes | 第134-141页 |
| 3.13 Abundance of tetracycline-resistant genes | 第141-142页 |
| 3.14 Abundance of multidrug resistant genes | 第142-150页 |
| 3.15 Abundance of other related resistant genes | 第150-151页 |
| 4 Discussion | 第151-162页 |
| 4.1 Geographical distribution of drug-resistant genes along the coast | 第151-153页 |
| 4.2 Epidemic characteristics and molecular mechanism of antibiotic-resistant bacteria | 第153-159页 |
| 4.3 Occurrence of resistant genes in sediments from the coastal aquaculture sites | 第159-161页 |
| 4.4 Molecular techniques for the detection of environmental ARGs | 第161-162页 |
| 5 Conclusion | 第162-163页 |
| References | 第163-168页 |
| 结论与展望(Conclusion and Prospection) | 第168-170页 |
| 创新性(Innovation) | 第170-172页 |
| 技术创新(Technological Innovation) | 第170-171页 |
| 工作创新(Content Innovation) | 第171-172页 |
| 致谢 | 第172-174页 |
| 附件(Attachment) | 第174-184页 |
| Curriculum Vitae | 第174-180页 |
| 个人简介 | 第180-183页 |
| 已发表论文及主持项目(Papers & Projects) | 第183-184页 |
| 附录 | 第184-240页 |
