| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-16页 |
| ·系统生物学 | 第8-9页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的研究现状 | 第9-12页 |
| ·GSMM发展现状 | 第9-10页 |
| ·GSMM构建流程与挑战 | 第10-11页 |
| ·GSMM的应用 | 第11-12页 |
| ·GSMM的自动化重构研究 | 第12-13页 |
| ·初模型自动构建 | 第12-13页 |
| ·模型自动化精炼 | 第13页 |
| ·模型模拟分析 | 第13页 |
| ·Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907 酵母概述 | 第13-14页 |
| ·本论文主要研究内容 | 第14-16页 |
| 第二章 材料与方法 | 第16-23页 |
| ·GSMM构建的数据库和工具 | 第16页 |
| ·GSMM的构建数据准备 | 第16-17页 |
| ·获取基因组序列 | 第16页 |
| ·获取蛋白序列 | 第16页 |
| ·KASS注释 | 第16页 |
| ·转运反应 | 第16页 |
| ·生物量方程 | 第16-17页 |
| ·交换反应 | 第17页 |
| ·模拟条件选择和设定 | 第17页 |
| ·模型构建 | 第17-20页 |
| ·初模型的自动化构建 | 第17-18页 |
| ·GSMM自动化修正 | 第18-20页 |
| ·GSMM的模拟与分析工具 | 第20-23页 |
| ·拟稳态流量平衡分析 | 第20-22页 |
| ·最简基因组分析 | 第22-23页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第23-44页 |
| ·基因组代谢网络的自动化修正 | 第23-32页 |
| ·自动提取网络漏洞反应 | 第23-27页 |
| ·自动化添加漏洞反应 | 第27-29页 |
| ·获取反应区间定位 | 第29-32页 |
| ·S. passalidarum NRRL Y-27907 GSMM的分析 | 第32-35页 |
| ·iXW790 的数学模型建立 | 第32-33页 |
| ·iXW790 模型的特点分析 | 第33-35页 |
| ·应用iXW790 解析S. passalidarum酵母生理功能 | 第35-40页 |
| ·湿实验验证模型 | 第35-36页 |
| ·典型碳源代谢分析 | 第36-37页 |
| ·呼吸调控机理研究 | 第37-38页 |
| ·基于GSMM提高乙醇产量的策略研究 | 第38-40页 |
| ·碳源代谢生长基因组最简化分析 | 第40-44页 |
| 主要结论与展望 | 第44-46页 |
| 主要结论 | 第44-45页 |
| 展望 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第51-52页 |
| 附表1主要数据库和软件 | 第52-53页 |
| 附表2核心代谢反应列表 | 第53-54页 |
| 附表3葡萄糖培养基上生长必需基因预测 | 第54-56页 |
| 附表4葡萄糖培养基上最简基因组 | 第56页 |
