| 缩略词表 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 第一部分 肝癌组织的编码基因和 lncRNA 表达谱研究 | 第15-37页 |
| ·材料与方法 | 第15-18页 |
| ·HCC 组织样本的收集与表达谱实验 | 第15页 |
| ·表达谱数据的预处理 | 第15页 |
| ·表达谱数据与肝癌样本的质量控制 | 第15-17页 |
| ·差异表达基因和 lncRNA 的检测 | 第17页 |
| ·富集分析 | 第17-18页 |
| ·结果 | 第18-35页 |
| ·表达谱数据与样本的质量控制 | 第18-23页 |
| ·差异表达基因的检出 | 第23-24页 |
| ·差异表达 lncRNA 的检出 | 第24-26页 |
| ·差异表达基因的 GO 富集分析 | 第26-30页 |
| ·差异表达基因的通路富集分析 | 第30-31页 |
| ·GSEA 富集分析 | 第31-35页 |
| ·讨论 | 第35-37页 |
| 第二部分 lncRNA 功能模块的发现 | 第37-53页 |
| ·方法与材料 | 第37-43页 |
| ·lncRNA 功能模块的发现 | 第37-38页 |
| ·采用 CSF 算法预测 lncRNA 的蛋白质编码能力 | 第38-42页 |
| ·模块通路富集分析 | 第42页 |
| ·差异共表达模式的检验 | 第42页 |
| ·ChIP-Seq 数据的分析 | 第42-43页 |
| ·结果 | 第43-51页 |
| ·lncRNA 功能模块的发现 | 第43-46页 |
| ·长非编码 RNA ASLNC18598 的发现 | 第46-51页 |
| ·讨论 | 第51-53页 |
| 第三部分 表观遗传相关 lncRNA 的发现与研究 | 第53-73页 |
| ·材料与方法 | 第53-56页 |
| ·表观遗传相关候选 lncRNA 的筛选 | 第53-54页 |
| ·lncRNA 与蛋白质结合能力的预测 | 第54-55页 |
| ·ASLNC18342 敲低前和敲低后的表达谱研究 | 第55页 |
| ·Illumina 芯片概况[77] | 第55-56页 |
| ·芯片数据初步的质量控制 | 第56页 |
| ·Illumina 芯片数据的预处理 | 第56页 |
| ·Illumina 芯片数据的质量控制 | 第56页 |
| ·RNAi 数据的 GSEA 富集分析 | 第56页 |
| ·结果 | 第56-70页 |
| ·表观遗传相关候选 lncRNA 的筛选 | 第56-60页 |
| ·长非编码 RNA ASLNC18342 的生物学功能的预测 | 第60-63页 |
| ·ASLNC18342 与蛋白质结合能力的预测 | 第63-64页 |
| ·细胞表型实验验证 | 第64页 |
| ·RNA Pull-down 后质谱数据的分析 | 第64-66页 |
| ·ASLNC18342 敲低表达谱数据的分析 | 第66-70页 |
| ·讨论 | 第70-73页 |
| 全文结论 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 文献综述 | 第81-95页 |
| 摘要 | 第81页 |
| Abstract | 第81-91页 |
| 参考文献 | 第91-95页 |
| 个人简历 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96页 |
