| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-11页 |
| 1 前言 | 第11-20页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·内含子数量进化 | 第12-15页 |
| ·内含子的功能 | 第15-16页 |
| ·内含子存在的代价 | 第16-17页 |
| ·内含子丢失模型 | 第17-19页 |
| ·内含子获得模型 | 第19-20页 |
| 2 拟南芥和琴叶拟南芥中内含子丢失与突变率的关系 | 第20-63页 |
| ·引言 | 第20页 |
| ·材料与方法 | 第20-36页 |
| ·材料 | 第20-23页 |
| ·基因组注释信息 | 第20-22页 |
| ·拟南芥基因表达量数据 | 第22页 |
| ·各物种的转录组数据 | 第22页 |
| ·拟南芥单倍体组织中的基因表达数据 | 第22-23页 |
| ·方法 | 第23-36页 |
| ·过滤注释错误 | 第23页 |
| ·确定拟南芥和琴叶拟南芥的直系同源基因 | 第23-25页 |
| ·比对直系同源基因序列 | 第25页 |
| ·分析拟南芥和琴叶拟南芥的内含子丢失、获得 | 第25-27页 |
| ·计算拟南芥中基因的表达量和调控速度 | 第27页 |
| ·分析保守内含子 | 第27页 |
| ·计算编码序列的同义替换率（dS） | 第27-28页 |
| ·计算保守内含子的核苷酸替换率（di） | 第28-31页 |
| ·计算内含子中的调控元件 | 第31页 |
| ·基因家族 | 第31-32页 |
| ·内含子位点两侧的短重复序列 | 第32页 |
| ·连续内含子丢失 | 第32-33页 |
| ·丢失内含子的位置偏向性 | 第33页 |
| ·丢失内含子下游区域的胸腺嘧啶是否富集 | 第33-34页 |
| ·tRNA 作引物介导的内含子丢失 | 第34-36页 |
| ·结果与讨论 | 第36-61页 |
| ·直系同源基因 | 第36页 |
| ·内含子丢失、获得 | 第36-40页 |
| ·丢失内含子基因编码序列的同义位点替换率高 | 第40-42页 |
| ·丢失内含子的核苷酸替换率高 | 第42-45页 |
| ·突变率更高的物种丢失更多的内含子 | 第45-47页 |
| ·突变率和内含子数量负相关 | 第47-48页 |
| ·有效种群大小 | 第48-49页 |
| ·评估其他可能的选择压力是否影响内含子丢失 | 第49页 |
| ·突变偏好不能用来解释观察到的内含子丢失特征 | 第49-50页 |
| ·基因组大小和表型的关系 | 第50页 |
| ·关于突变风险的一些其他研究 | 第50-55页 |
| ·在单倍体中表达的基因是否更容易丢失内含子 | 第50-53页 |
| ·必需基因是否更容易丢失内含子 | 第53-54页 |
| ·基因家族中的基因丢失内含子比例是否偏低 | 第54-55页 |
| ·评估内含子丢失模型 | 第55-61页 |
| ·基因组缺失导致内含子丢失模型 | 第56-57页 |
| ·通过非同源末端连接修复双链断裂导致的内含子丢失模型 | 第57-58页 |
| ·逆转录酶介导的内含子丢失模型 | 第58-59页 |
| ·逆转录酶以 mRNA 自身作为引物介导的内含子丢失模型 | 第59-60页 |
| ·逆转录酶以 tRNA 作为引物介导的内含子丢失模型 | 第60-61页 |
| ·结论 | 第61页 |
| ·展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-74页 |
| 附录 | 第74-85页 |
| 附录1. 拟南芥和琴叶拟南芥的内含子差异位点分析 | 第74-77页 |
| 附录2. 拟南芥和琴叶拟南芥的内含子丢失数据 | 第77-84页 |
| 附录3. 琴叶拟南芥的内含子获得数据 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 攻读博士期间公开发表的学术论文 | 第86-87页 |
