| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-21页 |
| 第一章 鸭疫里默氏杆菌的研究进展 | 第14-21页 |
| 1. 鸭疫里默氏杆菌病原特征 | 第15页 |
| 2. 鸭疫里默氏杆菌流行病学 | 第15-16页 |
| 3. 鸭疫里默氏杆菌生化特性 | 第16页 |
| 4. 鸭疫里默氏杆菌分子生物学鉴定方法 | 第16页 |
| 5. 鸭疫里默氏杆菌耐药性分析 | 第16-17页 |
| 6. 鸭疫里默氏杆菌基因分析 | 第17页 |
| 7. 鸭疫里默氏杆菌相关蛋白 | 第17-18页 |
| 8. 鸭疫里默氏杆菌毒力因子 | 第18-20页 |
| 9. 鸭疫里默氏杆菌致病机制 | 第20-21页 |
| 第二部分 试验研究 | 第21-104页 |
| 第二章 鸭疫里默氏杆菌全基因组序列测序 | 第21-29页 |
| 摘要 | 第21-22页 |
| 1. 实验材料和方法 | 第22-27页 |
| ·实验菌种 | 第22页 |
| ·标本采集 | 第22页 |
| ·DNA提取 | 第22-25页 |
| ·试剂 | 第22页 |
| ·仪器 | 第22页 |
| ·试剂配制 | 第22-23页 |
| ·实验步骤 | 第23-25页 |
| ·基因组测序和组装 | 第25-27页 |
| ·文库数据预处理 | 第25页 |
| ·基因组初步组装 | 第25-26页 |
| ·PCR补洞和验证 | 第26页 |
| ·结果验证 | 第26-27页 |
| 2. 实验结果 | 第27页 |
| 3. 讨论 | 第27-28页 |
| 4. 小结 | 第28-29页 |
| 第三章 基因组注释 | 第29-45页 |
| 摘要 | 第29页 |
| 1. 材料和方法 | 第29-30页 |
| ·实验菌株 | 第29-30页 |
| ·实验软件及数据库 | 第30页 |
| ·实验方法 | 第30页 |
| 2. 实验结果 | 第30-38页 |
| ·基因组注释基本情况 | 第30-33页 |
| ·RNA基因预测结果 | 第33-34页 |
| ·密码子偏向性分析 | 第34-38页 |
| 3. 讨论 | 第38-44页 |
| ·功能基因情况分析 | 第38-44页 |
| ·TonB蛋白家族 | 第38-40页 |
| ·荚膜多糖家族 | 第40-41页 |
| ·细胞分裂蛋白 | 第41页 |
| ·分子伴侣 | 第41页 |
| ·毒力因子 | 第41-42页 |
| ·耐药基因 | 第42-44页 |
| ·密码子偏向性分析 | 第44页 |
| 4. 小结 | 第44-45页 |
| 第四章 鸭疫里默氏杆菌基因组中重复序列的预测与分析 | 第45-56页 |
| 摘要 | 第45-46页 |
| 1. 材料和方法 | 第46-47页 |
| ·使用菌株 | 第46-47页 |
| ·使用软件 | 第47页 |
| 2. 结果 | 第47-53页 |
| ·重复序列检测 | 第47-49页 |
| ·重复序列分类统计 | 第49-51页 |
| ·串联重复序列拷贝数变异分析 | 第51-53页 |
| ·串联重复序列拷贝数变异分析 | 第53页 |
| ·重复序列功能富集分析 | 第53页 |
| ·前噬菌体存在情况 | 第53页 |
| 3. 讨论 | 第53-55页 |
| ·重复序列 | 第53-54页 |
| ·前噬菌体 | 第54-55页 |
| 4. 小结 | 第55-56页 |
| 第五章 鸭疫里默氏杆菌CPG岛和基因组岛的预测与分析 | 第56-74页 |
| 摘要 | 第56-58页 |
| 1. 材料和方法 | 第58页 |
| ·分析软件 | 第58页 |
| ·实验菌株 | 第58页 |
| ·实验步骤 | 第58页 |
| 2. 结果 | 第58-70页 |
| ·CPG岛 | 第58-62页 |
| ·基因组岛位置 | 第62-67页 |
| ·基因岛之间相似性比对结果 | 第67-70页 |
| 3. 讨论 | 第70-72页 |
| 4. 小结 | 第72-74页 |
| 第六章 鸭疫里默氏杆菌基因组中基因家族归类分析 | 第74-96页 |
| 摘要 | 第74-75页 |
| 1. 材料和方法 | 第75-76页 |
| ·实验菌株 | 第75页 |
| ·实验软件及操作方法 | 第75-76页 |
| ·比较基因组分析 | 第75页 |
| ·SNP和微小InDel鉴定 | 第75-76页 |
| ·基因家族分析 | 第76页 |
| ·系统发育树分析 | 第76页 |
| ·变异基因功能富集分析 | 第76页 |
| 2. 结果 | 第76-93页 |
| ·比较基因组分析 | 第76-78页 |
| ·各序列类型覆盖度统计 | 第78-82页 |
| ·等位基因比较分析 | 第82-89页 |
| ·SNP、INDEL、SV在基因组上的分布 | 第89-91页 |
| ·变异基因功能富集分析 | 第91-93页 |
| 3. 讨论 | 第93-95页 |
| 4. 小结 | 第95-96页 |
| 第七章 鸭疫里默氏杆菌的进化分析研究 | 第96-104页 |
| 摘要 | 第96页 |
| 1. 材料和方法 | 第96-97页 |
| ·实验菌株 | 第96-97页 |
| ·实验软件及方法 | 第97页 |
| 2. 结果 | 第97-102页 |
| ·基因组同源性分析 | 第97-98页 |
| ·基于同源基因的进化分析 | 第98-100页 |
| ·保守序列及核心基因同源性分析 | 第100页 |
| ·系统发育分析 | 第100-102页 |
| 3. 讨论 | 第102-103页 |
| ·基因组同源性比对分析 | 第102页 |
| ·基于同源基因的进化分析 | 第102页 |
| ·系统发育分析 | 第102-103页 |
| 4. 小结 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 博士期间已发表或录用的文章 | 第116页 |