| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·基因表达过程 | 第13-14页 |
| ·转录因子及其调控作用 | 第14-16页 |
| ·miRNA 及其调控作用 | 第16-20页 |
| ·非编码 RNA 简介 | 第16页 |
| ·miRNA 概述 | 第16-17页 |
| ·miRNA 的发现 | 第17页 |
| ·miRNA 的生成机制 | 第17-18页 |
| ·miRNA 的调控机制 | 第18页 |
| ·miRNA 的功能 | 第18-19页 |
| ·数据库 miRBase | 第19-20页 |
| ·转录因子与 miRNA 的共调控 | 第20-21页 |
| ·基因芯片技术和二代测序技术 | 第21-22页 |
| ·本文研究工作与安排 | 第22-24页 |
| 第二章 转录因子和 miRNA 的靶基因预测方法综述 | 第24-40页 |
| ·转录因子结合位点 | 第24-32页 |
| ·实验方法 | 第24页 |
| ·序列分析方法 | 第24-27页 |
| ·基于基因表达数据预测转录因子的靶基因 | 第27-32页 |
| ·miRNA 的靶基因预测 | 第32-39页 |
| ·实验方法和序列分析方法预测靶基因 | 第32-34页 |
| ·整合序列分析与表达数据预测靶基因 | 第34-39页 |
| ·总结 | 第39-40页 |
| 第三章 利用 GALASSO 方法构建转录因子和 miRNA 的调控网络 | 第40-54页 |
| ·高斯图模型 | 第40-42页 |
| ·LASSO 方法 | 第42-43页 |
| ·GALASSO 方法 | 第43-44页 |
| ·近似性质 | 第44页 |
| ·算法 | 第44-51页 |
| ·坐标下降法 | 第44-46页 |
| ·GALASSO 算法 | 第46-51页 |
| ·模拟数据分析 | 第51-52页 |
| ·总结 | 第52-54页 |
| 第四章 转录因子和 miRNA 的共调控网络及其在乳腺癌中的作用 | 第54-68页 |
| ·网络的构建 | 第54-56页 |
| ·基因表达数据 | 第54-55页 |
| ·TF 和 miRNA 的靶基因预测 | 第55页 |
| ·构建调控网络 | 第55-56页 |
| ·稳健性和准确性的分析 | 第56-57页 |
| ·稳健性分析 | 第56页 |
| ·准确性分析 | 第56-57页 |
| ·基因共表达模式 | 第57页 |
| ·网络结构分析 | 第57-64页 |
| ·网络模式 | 第57-58页 |
| ·TF 和 miRNA 的共调控作用 | 第58-62页 |
| ·前馈环的分析 | 第62-64页 |
| ·网络在癌症中的作用 | 第64-65页 |
| ·功能分析 | 第64-65页 |
| ·例子：miR-155 | 第65页 |
| ·讨论 | 第65-68页 |
| 第五章 CRM 和 miRNA 的合作调控及其在胚胎发育中的作用 | 第68-76页 |
| ·数据 | 第68-69页 |
| ·构造调控网络 | 第68-69页 |
| ·基因表达数据 | 第69页 |
| ·CRM 和 miRNA 的合作调控作用 | 第69-71页 |
| ·共表达的模式 | 第69-70页 |
| ·共表达的显著性 | 第70-71页 |
| ·调控网络分析 | 第71-73页 |
| ·网络模式 | 第71-73页 |
| ·miRNA 及其宿主基因 | 第73页 |
| ·CRM 和 miRNA 在胚胎发育中的功能 | 第73-75页 |
| ·miR-154 | 第73页 |
| ·Tcf3 分析 | 第73-75页 |
| ·总结 | 第75-76页 |
| 第六章 总结与展望 | 第76-78页 |
| 附录 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-88页 |
| 发表/待发表论文目录 | 第88-89页 |
| 致谢 | 第89页 |
