| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-20页 |
| 第1章 绪论 | 第20-28页 |
| ·计算生物学概述 | 第20-22页 |
| ·研究现状及课题背景 | 第22-25页 |
| ·研究现状 | 第22-24页 |
| ·课题背景 | 第24-25页 |
| ·论文内容及结构安排 | 第25-27页 |
| ·论文内容 | 第25-26页 |
| ·论文结构 | 第26-27页 |
| ·本章小结 | 第27-28页 |
| 第2章 RNA分子结构的表示方法 | 第28-42页 |
| ·引言 | 第28-30页 |
| ·RNA二级结构 | 第30-33页 |
| ·二级结构 | 第30-31页 |
| ·子结构 | 第31-33页 |
| ·RNA结构表示方法 | 第33-37页 |
| ·平面图表示法 | 第33-34页 |
| ·点-括号对表示法 | 第34-35页 |
| ·树表示法 | 第35-36页 |
| ·RNA-Z曲线 | 第36-37页 |
| ·其他基于碱基序列编码的表示方法 | 第37页 |
| ·RNA二级结构矩阵的奇异值分解表示 | 第37-41页 |
| ·结构矩阵 | 第37-39页 |
| ·奇异值分解 | 第39-41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 第3章 RNA二级结构预测 | 第42-64页 |
| ·引言 | 第42-43页 |
| ·二级结构预测 | 第43-62页 |
| ·最大碱基配对算法 | 第43-44页 |
| ·最小自由能算法 | 第44-46页 |
| ·划分函数算法 | 第46页 |
| ·共变模型预测算法 | 第46-47页 |
| ·随机上下文无关文法预测 | 第47-50页 |
| ·螺旋区组合算法 | 第50-51页 |
| ·方法总结及常用预测软件 | 第51-56页 |
| ·基于离散Hopfield网络RNA二级结构预测 | 第56-62页 |
| ·本章小结 | 第62-64页 |
| 第4章 RNA二级结构比对 | 第64-86页 |
| ·引言 | 第64-65页 |
| ·二级结构比对 | 第65-69页 |
| ·普适的RNA二级结构比对 | 第65-67页 |
| ·RNA二级结构构象比对 | 第67-69页 |
| ·基于奇异值分解向量的二级结构比对 | 第69-85页 |
| ·基于奇异值分解的任意RNA二级结构比对 | 第69-71页 |
| ·基于奇异值分解的RNA二级结构构象比对 | 第71-85页 |
| ·本章小结 | 第85-86页 |
| 第5章 RNACluster.RNA结构构象比对及聚类的整合平台 | 第86-102页 |
| ·引言 | 第86页 |
| ·RNACluster软件平台 | 第86-89页 |
| ·基于MST表示的聚类算法 | 第89-94页 |
| ·聚类发现 | 第89-93页 |
| ·聚类簇有效性的统计学衡量以及簇的紧致性 | 第93-94页 |
| ·簇的中心结构 | 第94页 |
| ·应用 | 第94-101页 |
| ·应用一:构象聚类分析 | 第94-97页 |
| ·应用二:构象转换分析 | 第97-100页 |
| ·应用三:簇的紧致性在区分非编码RNA及其混乱序列中的应用 | 第100-101页 |
| ·本章小结 | 第101-102页 |
| 第6章 RNACompress:RNA结构压缩及基于kolmogorov复杂度理论的信息度衡量 | 第102-125页 |
| ·引言 | 第102页 |
| ·RNACompress:RNA结构压缩 | 第102-112页 |
| ·基于上下文无关文法的RNA二级结构描述 | 第103-106页 |
| ·压缩算法 | 第106-112页 |
| ·压缩性能测试 | 第112-115页 |
| ·kolmogorov复杂度理论及其应用 | 第115-124页 |
| ·kolmogorov复杂度理论 | 第115-116页 |
| ·基于RNACompress的GTP-binding RNA核酸适体的信息复杂度衡量 | 第116-122页 |
| ·讨论 | 第122-124页 |
| ·本章小结 | 第124-125页 |
| 第7章 非编码RNA基因预测 | 第125-137页 |
| ·引言 | 第125-126页 |
| ·非编码RNA基因预测 | 第126-130页 |
| ·非编码RNA简介 | 第126-128页 |
| ·非编码RNA基因预测 | 第128-130页 |
| ·microRNA功能研究 | 第130-131页 |
| ·非编码RNA网上数据库资源 | 第131-134页 |
| ·研究展望 | 第134-136页 |
| ·本章小结 | 第136-137页 |
| 第8章 总结与展望 | 第137-140页 |
| ·总结 | 第137-138页 |
| ·展望 | 第138-140页 |
| 参考文献 | 第140-162页 |
| 作者简历 | 第162-163页 |
| 攻读博士期间主要研究成果 | 第163-164页 |
