| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 目次 | 第11-16页 |
| 第一部分 前言 | 第16-34页 |
| 1 麋鹿研究综述 | 第16-24页 |
| ·麋鹿的种群历史和发展现状 | 第16-19页 |
| ·麋鹿的形态特征和生活习性 | 第19-20页 |
| ·形态特征 | 第19页 |
| ·生活习性 | 第19-20页 |
| ·麋鹿的研究概况 | 第20-24页 |
| ·基础生物学研究 | 第20-22页 |
| ·分子生物学研究 | 第22-24页 |
| 2 主要组织相容性复合体(MHC)及其应用 | 第24-32页 |
| ·MHC的分类 | 第24-25页 |
| ·MHCⅠ类分子的组织分布、结构和功能 | 第25-28页 |
| ·MHCⅠ类分子的结构 | 第25-27页 |
| ·MHCⅠ类分子的组织分布和功能 | 第27-28页 |
| ·MHCⅡ类分子的组织分布、结构和功能 | 第28-29页 |
| ·MHCⅡ类分子的结构 | 第28-29页 |
| ·MHCⅡ类分子的组织分布和功能 | 第29页 |
| ·MHC基因在保护生物学中的应用 | 第29-30页 |
| ·脊椎动物MHC基因分离的方法和概况 | 第30-32页 |
| 3 本研究的立项依据、研究内容 | 第32-34页 |
| 第二部分 研究内容 | 第34-114页 |
| 4 HURRAH分离MHC基因方法的建立 | 第34-54页 |
| ·材料 | 第34-35页 |
| ·主要试剂 | 第34页 |
| ·主要仪器和设备 | 第34-35页 |
| ·分离表达的MHCcDNA序列(HUR) | 第35-49页 |
| ·cDNA的合成 | 第35-40页 |
| ·总RNA的提取 | 第35-36页 |
| ·血液总RNA的分析 | 第36-38页 |
| ·第一链全长cDNA的合成 | 第38-39页 |
| ·第一链全长cDNA的扩增 | 第39-40页 |
| ·扩增产物的柱层析 | 第40页 |
| ·通用探针的制备 | 第40-44页 |
| ·通用引物(universal primers,u-primers)的设计 | 第40-43页 |
| ·通用探针的制备 | 第43-44页 |
| ·探针标记效率的检测以及探针的纯化 | 第44页 |
| ·磁珠杂交获取表达MHC序列 | 第44-45页 |
| ·生物素探针和cDNA的杂交富集 | 第44-45页 |
| ·MHC基因的cDNA克隆与测序 | 第45页 |
| ·SSCP-HD带型的复原 | 第45-49页 |
| ·设计cDNA通用引物(cc-series) | 第45-46页 |
| ·cDNA水平SSCP-HD带型的复原 | 第46-48页 |
| ·获取遗漏的MHC表达序列全长 | 第48-49页 |
| ·基因组DNA序列的分离与MHC基因数量的确定(RAH) | 第49-52页 |
| ·分离MHC的基因组DNA序列 | 第49-51页 |
| ·基因组DNA的提取(以血液、耳皮和粪便样品为例) | 第49-50页 |
| ·基因组DNA特异性引物(gs-series)的设计 | 第50-51页 |
| ·长程PCR(LR-PCR)分离基因组DNA序列 | 第51页 |
| ·寻找群体中最纯合的个体 | 第51-52页 |
| ·设计基因组DNA通用引物(cg-series) | 第51-52页 |
| ·SSCP扫描寻找最纯合的个体 | 第52页 |
| ·确定MHC基因数目 | 第52页 |
| ·小结 | 第52-54页 |
| 5 麋鹿MHC Ⅱ(ELDA-Ⅱ)类基因的分离 | 第54-76页 |
| ·材料 | 第54页 |
| ·样品来源 | 第54页 |
| ·主要试剂 | 第54页 |
| ·主要仪器和设备 | 第54页 |
| ·实验方法和步骤 | 第54-58页 |
| ·分离表达的Ⅱ类MHC序列 | 第55页 |
| ·确定Elda-Ⅱ基因数量 | 第55-57页 |
| ·数据分析 | 第57-58页 |
| ·序列比对和分析 | 第57-58页 |
| ·系统发育分析 | 第58页 |
| ·结果和讨论 | 第58-75页 |
| ·分离表达麋鹿MHCⅡ类cDNA序列 | 第58-64页 |
| ·麋鹿血液总RNA的提取 | 第58-59页 |
| ·糜鹿第一链cDNA的扩增 | 第59-60页 |
| ·MHC Ⅱ类基因通用生物素探针的标记 | 第60页 |
| ·Elda-Ⅱ基因的cDNA克隆结果 | 第60-64页 |
| ·Elda-Ⅱ类基因cDNA SSCP-HD带型的复原 | 第64页 |
| ·确定Elda-Ⅱ类基因的数量 | 第64-67页 |
| ·麋鹿基因组DNA的提取结果 | 第64页 |
| ·Elda-Ⅱ类基因部分基因组DNA序列的获取 | 第64-66页 |
| ·基因组DNA SSCP-HD带型的复原 | 第66-67页 |
| ·构建Elda-Ⅱ多基因单倍型 | 第67-75页 |
| ·Elda-Ⅱ核苷酸和氨基酸序列特征 | 第67-69页 |
| ·Elda-Ⅱ的系统进化分析 | 第69-72页 |
| ·Elda-Ⅱ单倍型的发展 | 第72-75页 |
| ·小结 | 第75-76页 |
| 6 麋鹿MHC Ⅰ(ELDA-Ⅰ)类基因的分离 | 第76-92页 |
| ·材料 | 第76页 |
| ·样品来源 | 第76页 |
| ·主要试剂 | 第76页 |
| ·主要仪器和设备 | 第76页 |
| ·实验方法和步骤 | 第76-79页 |
| ·分离表达的Ⅰ类MHC序列 | 第76-77页 |
| ·确定Elda-Ⅰ基因的数量 | 第77-78页 |
| ·数据分析 | 第78-79页 |
| ·序列比对和分析 | 第78-79页 |
| ·系统发育分析 | 第79页 |
| ·结果与讨论 | 第79-90页 |
| ·分离表达Elda-Ⅰ类cDNA序列 | 第79-82页 |
| ·MHCⅠ类基因通用生物素探针的标记 | 第79-80页 |
| ·Elda-Ⅰ基因cDNA克隆结果 | 第80-81页 |
| ·Elda-Ⅰ基因cDNA SSCP-HD带型的复原 | 第81-82页 |
| ·确定Elad-Ⅰ类基因的数量 | 第82-85页 |
| ·麋鹿基因组DNA的提取结果 | 第82页 |
| ·Elad-Ⅰ类基因全长基因组DNA序列的获取 | 第82页 |
| ·基因组DNA SSCP-HD带型的复原 | 第82-84页 |
| ·Elad-Ⅰ类基因数量的确定 | 第84-85页 |
| ·Elad-Ⅰ类基因的鉴定 | 第85-90页 |
| ·Elda-Ⅰ基因的cDNA特征 | 第85-86页 |
| ·Elda-Ⅰ基因的分类 | 第86-90页 |
| ·小结 | 第90-92页 |
| 7 麋鹿MHC基因的适应性进化研究 | 第92-114页 |
| ·材料 | 第92页 |
| ·样品来源 | 第92页 |
| ·主要试剂 | 第92页 |
| ·主要仪器和设备 | 第92页 |
| ·实验方法和步骤 | 第92-98页 |
| ·基因组DNA的提取和纯化 | 第92页 |
| ·座位特异性引物的设计 | 第92-95页 |
| ·Elda-Ⅰ基因exon 2和3的扩增 | 第95页 |
| ·Elda-Ⅰ的SSCP基因分型 | 第95-96页 |
| ·Elda-Ⅰ多态基因的exon 2和3的连锁分析 | 第96-97页 |
| ·数据处理 | 第97-98页 |
| ·序列比对和分析 | 第97页 |
| ·杂合性和Ewens-Watterson检测 | 第97页 |
| ·选择作用分析 | 第97-98页 |
| ·跨物种进化分析 | 第98页 |
| ·结果和讨论 | 第98-112页 |
| ·Elda-MHC基因群体调查的PCR-SSCP结果 | 第98-104页 |
| ·Elda-Ⅰ基因群体调查的PCR-SSCP结果 | 第98-103页 |
| ·Elda-Ⅱ基因群体调查的PCR-SSCP结果 | 第103-104页 |
| ·Elda-MHC基因的遗传多样性 | 第104-108页 |
| ·Elda-MHC基因的等位基因(单倍型)、分布频率和杂合度 | 第104-106页 |
| ·Elda-MHC基因的序列变异 | 第106-108页 |
| ·Elda-MHC的多态性模式 | 第108页 |
| ·Elda-C1的平衡选择 | 第108-110页 |
| ·Elda-MHC多基因连锁单倍型 | 第110-111页 |
| ·麋鹿的适应性进化评估和保护建议 | 第111-112页 |
| ·小结 | 第112-114页 |
| 第三部分 结论 | 第114-116页 |
| 8 主要结论、创新点及展望 | 第114-116页 |
| ·本研究的主要结论 | 第114-115页 |
| ·本研究的创新点 | 第115页 |
| ·展望 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-130页 |
| 作者简历 | 第130页 |
| 攻读博士学位期间的科研成果 | 第130页 |
