| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词 | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-36页 |
| 1.1 三七研究进展 | 第15-21页 |
| 1.1.1 三七药理学及植化成分研究进展 | 第15-17页 |
| 1.1.2 人参皂苷生物合成代谢途径研究进展 | 第17-20页 |
| 1.1.3 三七的生长习性、病害防治和遗传育种研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2 转录组学研究及其在药用植物研究中的应用 | 第21-33页 |
| 1.2.1 转录组学的研究方法 | 第22-29页 |
| 1.2.2 转录组学在药用植物中的应用 | 第29-33页 |
| 1.3 叶绿体基因组的研究 | 第33-36页 |
| 1.3.1 叶绿体基因组的结构特征 | 第33-34页 |
| 1.3.2 叶绿体基因组在药用植物研究中的应用 | 第34-36页 |
| 第二章 基于SMRT测序和Illumina测序的三七转录组分析 | 第36-72页 |
| 2.1 引言 | 第36-37页 |
| 2.2 材料与方法 | 第37-42页 |
| 2.2.1 植物材料 | 第37页 |
| 2.2.2 方法与步骤 | 第37-42页 |
| 2.3 结果 | 第42-69页 |
| 2.3.1 三七不同组织的RNA提取 | 第42-43页 |
| 2.3.2 三七的二代测序和三代测序的比较分析 | 第43-45页 |
| 2.3.3 基因的注释和分类 | 第45-46页 |
| 2.3.4 Nr注释分析 | 第46-47页 |
| 2.3.5 GO功能分类 | 第47页 |
| 2.3.6 CGO功能分类 | 第47-49页 |
| 2.3.7 KEGG pathway注释 | 第49-52页 |
| 2.3.8 编码蛋白框(CDS)的预测 | 第52页 |
| 2.3.9 差异表达分析 | 第52-53页 |
| 2.3.10 与人参皂苷代谢途径相关的基因挖掘及表达模式分析MVK | 第53-69页 |
| 2.4 讨论 | 第69-71页 |
| 2.5 小结 | 第71-72页 |
| 第三章 三七的不同生长时期不同组织中人参皂苷代谢途径的研究 | 第72-95页 |
| 3.1 前言 | 第72-75页 |
| 3.2 材料与方法 | 第75-77页 |
| 3.2.1 植物材料 | 第75-76页 |
| 3.2.2 方法和步骤 | 第76-77页 |
| 3.3 结果 | 第77-92页 |
| 3.3.1 不同年生三七的不同组织的转录组测序结果 | 第77-79页 |
| 3.3.2 表达量的分析及其三个生物学重复的相关性分析 | 第79-81页 |
| 3.3.3 人参皂苷代谢合成通路相关基因在三七不同生长时期,不同组织中的表达情况 | 第81-86页 |
| 3.3.4 CYP450和GT两个重要基因家族的分析 | 第86-89页 |
| 3.3.5 HPLC分析三七不同生长时期不同组织中人参皂苷的积累 | 第89-92页 |
| 3.4 讨论 | 第92-94页 |
| 3.5 小结 | 第94-95页 |
| 第四章 三七转录组中光周期诱导开花的基因及抗病基因的研究 | 第95-113页 |
| 4.1 前言 | 第95-98页 |
| 4.1.1 光周期调控开花途径研究进展 | 第95-97页 |
| 4.1.2 植物R抗病基因的研究进展 | 第97页 |
| 4.1.3 植物转录因子研究进展 | 第97-98页 |
| 4.2 方法 | 第98-99页 |
| 4.2.1 三七中光周期调控开花途径的相关基因分析 | 第98-99页 |
| 4.2.2 三七的抗病相关基因的鉴定 | 第99页 |
| 4.3 结果 | 第99-110页 |
| 4.3.1 光周期调控开花途径的相关基因在三七转录组中的鉴定 | 第99-101页 |
| 4.3.2 光周期调控开花途径的相关基因在10个物种中的进化分析 | 第101-106页 |
| 4.3.3 三七抗病基因的发掘 | 第106-109页 |
| 4.3.4 转录因子鉴定 | 第109-110页 |
| 4.4 讨论 | 第110-112页 |
| 4.5 小结 | 第112-113页 |
| 第五章 叶绿体基因组解析及其在系统发育中的应用 | 第113-119页 |
| 5.1 前言 | 第113-114页 |
| 5.2 材料和方法 | 第114-115页 |
| 5.2.1 样品采集和叶绿体基因组拼接 | 第114页 |
| 5.2.2 叶绿体基因组注释 | 第114-115页 |
| 5.2.3 构建系统发育树 | 第115页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第115-118页 |
| 5.3.1 三七叶绿体基因组的拼接结果 | 第115页 |
| 5.3.2 三七叶绿体基因组的注释结果 | 第115-116页 |
| 5.3.3 三七叶绿体基因组的系统发育分析 | 第116-118页 |
| 5.4 小结 | 第118-119页 |
| 第六章 全文总结 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-139页 |
| 附表 | 第139-143页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文和获奖情况 | 第143页 |
