| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-18页 |
| 1.1 造礁石珊瑚与共生藻的特殊共生关系 | 第11页 |
| 1.2 造礁石珊瑚共生藻的系群(Clade)组成及环境适应性 | 第11-12页 |
| 1.3 造礁石珊瑚-共生藻的共生专一性和可塑性 | 第12-13页 |
| 1.3.1 造礁石珊瑚-共生藻的共生专一性 | 第12-13页 |
| 1.3.2 造礁石珊瑚-共生藻的共生可塑性 | 第13页 |
| 1.4 共生藻的传统形态学分类 | 第13-14页 |
| 1.5 共生藻的分子学分类 | 第14-17页 |
| 1.5.1 限制性酶切片段多样性用于研究造礁石珊瑚共生藻多态性 | 第15-16页 |
| 1.5.2 核糖体RNA基因(ITS)序列分析用于共生藻的分子学分类 | 第16页 |
| 1.5.3 ITS2的高通量测序解析造礁石珊瑚共生藻的类型组成 | 第16-17页 |
| 1.6 研究的目的与意义 | 第17-18页 |
| 第二章 PCR-RFLP法研究海南周边海域造礁石珊瑚共生藻的组成 | 第18-26页 |
| 2.1 材料与方法 | 第18-21页 |
| 2.1.1 造礁石珊瑚样本的采集 | 第18页 |
| 2.1.2 实验仪器设备 | 第18-19页 |
| 2.1.3 实验试剂和试剂盒 | 第19-20页 |
| 2.1.4 造礁石珊瑚的鉴定 | 第20页 |
| 2.1.5 造礁石珊瑚共生藻基因组DNA的提取 | 第20页 |
| 2.1.6 共生藻28 S rDNA基因5'端序列PCR-RFLP | 第20-21页 |
| 2.2 结果与分析 | 第21-23页 |
| 2.3 讨论 | 第23-26页 |
| 2.3.1 造礁石珊瑚共生藻的DNA多态性 | 第23页 |
| 2.3.2 造礁石珊瑚共生藻的共生多型性 | 第23-24页 |
| 2.3.3 D系群共生藻 | 第24-25页 |
| 2.3.4 核糖体编码区基因的局限性 | 第25-26页 |
| 第三章 ITS序列分析法研究海南周边海域造礁石珊瑚共生藻的组成 | 第26-41页 |
| 3.1 材料与方法 | 第26-28页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第26页 |
| 3.1.2 主要仪器设备 | 第26页 |
| 3.1.3 共生藻DNA的提取 | 第26页 |
| 3.1.4 共生藻ITS序列的PCR扩增 | 第26页 |
| 3.1.5 共生藻ITS序列的测定 | 第26页 |
| 3.1.6 共生藻ITS序列的系统进化分析 | 第26-28页 |
| 3.2 结果 | 第28-37页 |
| 3.2.1 共生藻核糖体ITS序列的碱基含量 | 第30-31页 |
| 3.2.2 各海域共生藻ITS序列系统进化分析 | 第31-37页 |
| 3.2.3 直接测序和克隆测序结果的比较 | 第37页 |
| 3.3 讨论 | 第37-41页 |
| 3.3.1 共生藻基因序列的碱基组成 | 第37页 |
| 3.3.2 共生藻类型与珊瑚种属的关系 | 第37-38页 |
| 3.3.3 造礁石珊瑚共生藻对环境的适应性 | 第38-39页 |
| 3.3.4 共生藻亚系群的进化关系分析 | 第39页 |
| 3.3.5 同一造礁石珊瑚共生藻ITS序列异质性分析 | 第39-40页 |
| 3.3.6 直接测序和克隆测序方法的分析 | 第40-41页 |
| 第四章 高通量测序法研究海南岛造礁石珊瑚共生藻的组成 | 第41-52页 |
| 4.1 材料与方法 | 第41-45页 |
| 4.1.1 造礁石珊瑚样本的采集 | 第41页 |
| 4.1.2 实验主要仪器 | 第41页 |
| 4.1.3 实验关键试剂 | 第41-42页 |
| 4.1.4 造礁石珊瑚的鉴定 | 第42页 |
| 4.1.5 造礁石珊瑚共生藻基因组DNA的提取 | 第42页 |
| 4.1.6 PCR扩增共生藻ITS2基因序列 | 第42页 |
| 4.1.7 共生藻ITS2基因序列的Illumina MiSeq测序 | 第42页 |
| 4.1.8 测序数据预处理与生物信息学分析 | 第42-45页 |
| 4.2 结果与分析 | 第45-49页 |
| 4.2.1 数据的优化、统计及多样性分析 | 第45页 |
| 4.2.2 基于ITS2序列的共生藻多样性分析 | 第45-48页 |
| 4.2.3 基于OTUs的共生藻多样性分析 | 第48-49页 |
| 4.3 讨论 | 第49-52页 |
| 4.3.1 造礁石珊瑚共生藻类型与宿主珊瑚的种属专一性 | 第49-50页 |
| 4.3.2 海南岛周边海域共生藻类型的地理分布及环境适应性 | 第50页 |
| 4.3.3 与环境相适应的共生藻的OTUs组成及可塑性 | 第50-51页 |
| 4.3.4 ITS2标记的局限性 | 第51-52页 |
| 第五章 三种分子学法综合分析海南岛造礁石珊瑚共生藻多样性 | 第52-58页 |
| 1、三种分子学方法综合分析海南岛造礁石珊瑚共生藻的组成 | 第52-53页 |
| 2、直接/克隆测序与高通量测序法得到共生藻类型的差异性分析 | 第53-56页 |
| 3、海南岛优势种造礁石珊瑚共生藻的地域演化 | 第56-57页 |
| 4、三种分子学方法实验结果的适用性 | 第57-58页 |
| 第六章 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-70页 |
| 附表 | 第70-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
