| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 引言 | 第10-21页 |
| 1.1 木薯概况 | 第10页 |
| 1.2 木薯干旱胁迫相关研究 | 第10-11页 |
| 1.3 DNA甲基化 | 第11-17页 |
| 1.3.1 DNA甲基化简介 | 第11-12页 |
| 1.3.2 DNA甲基化调节生物体基因的表达 | 第12-13页 |
| 1.3.3 干旱胁迫与DNA甲基化 | 第13-14页 |
| 1.3.4 DNA甲基化的检测方法 | 第14-17页 |
| 1.4 GO功能分析 | 第17-18页 |
| 1.5 RNA-seq(转录组测序) | 第18-19页 |
| 1.6 研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 1.7 技术路线 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-33页 |
| 2.1 实验仪器和试剂 | 第21页 |
| 2.1.1 仪器设备 | 第21页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第21页 |
| 2.2 实验材料与处理 | 第21-22页 |
| 2.3 植物DNA的准备 | 第22-23页 |
| 2.3.1 植物DNA的提取 | 第22页 |
| 2.3.2 提取DNA的检测和浓度均一化 | 第22-23页 |
| 2.4 AFSM建库及检测 | 第23-30页 |
| 2.4.1 植物基因组DNA的酶切 | 第23-24页 |
| 2.4.2 酶切产物接头的连接 | 第24-26页 |
| 2.4.3 连接后产物的纯化 | 第26-27页 |
| 2.4.4 纯化产物的PCR建库 | 第27-28页 |
| 2.4.5 单克隆检测 | 第28-30页 |
| 2.5 甲基化数据挖掘及分析 | 第30-31页 |
| 2.5.1 数据的过滤 | 第30页 |
| 2.5.2 利用Bowtie进行短序列的比对 | 第30页 |
| 2.5.3 挖掘甲基化位点 | 第30页 |
| 2.5.4 甲基化位点数据的统计 | 第30-31页 |
| 2.6 甲基化位点基因功能分析 | 第31页 |
| 2.6.1 RNA-seq分析甲基化基因表达量 | 第31页 |
| 2.6.2 基因的GO分析 | 第31页 |
| 2.7 RNA-seq分析 | 第31-33页 |
| 2.7.1 样品RNA的提取 | 第31页 |
| 2.7.2 RNA-seq的建库和测序及数据分析 | 第31-33页 |
| 3 结果分析 | 第33-55页 |
| 3.1 木薯的干旱表型及DNA样品准备 | 第33-36页 |
| 3.1.1 木薯干旱处理的变化 | 第33-35页 |
| 3.1.2 木薯DNA提取结果 | 第35-36页 |
| 3.2 AFSM建库质量评估 | 第36-39页 |
| 3.2.1 AFSM方法的PCR建库 | 第36-37页 |
| 3.2.2 单克隆检测 | 第37-39页 |
| 3.3 AFSM甲基化位点分析 | 第39-41页 |
| 3.4 DNA甲基化位点基因的GO分析 | 第41-51页 |
| 3.4.1 木薯甲基化位点与抗旱性基因的关联分析 | 第41-42页 |
| 3.4.2 SC124和Arg7叶片甲基化位点GO分析 | 第42-46页 |
| 3.4.3 SC 124和Arg7茎秆甲基化位点GO分析 | 第46-50页 |
| 3.4.4 SC124块根中甲基化位点GO分析 | 第50-51页 |
| 3.5 甲基化位点的RNA-seq分析 | 第51-55页 |
| 4 讨论 | 第55-60页 |
| 4.1 木薯干旱胁迫表型差异 | 第55页 |
| 4.2 甲基化检测方法的选择 | 第55-56页 |
| 4.3 AFSM建库 | 第56页 |
| 4.4 甲基化位点数据的挖掘 | 第56-57页 |
| 4.5 干旱胁迫基因功能和甲基化关联 | 第57-59页 |
| 4.6 RNA-seq分析 | 第59-60页 |
| 5 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-69页 |
| 附录 | 第69-74页 |
| 附录一: Barcode标签序列 | 第69-70页 |
| 附录二: 基于Perl语言的甲基化位点挖掘程序 | 第70-74页 |
| 参与的科研项目及发表论文情况 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |