缩写词 | 第14-16页 |
摘要 | 第16-22页 |
ABSTRACT | 第22-29页 |
第一章 引言 | 第30-53页 |
1 植物体胚发生研究进展 | 第31-39页 |
1.1 激素调控植物体胚发生研究进展 | 第31-33页 |
1.2 植物体胚发生相关基因的表达调控研究 | 第33-36页 |
1.2.1 体胚发生相关转录因子的功能研究 | 第34-36页 |
1.2.2 激素应答基因的表达调控 | 第36页 |
1.2.3 植物体胚发生信号转导途径相关基因 | 第36页 |
1.3 植物体胚发生的转录组学研究 | 第36-37页 |
1.4 植物体胚发生的蛋白质组学研究 | 第37-39页 |
2 龙眼体胚发生机制的研究进展 | 第39-44页 |
2.1 龙眼胚性愈伤组织诱导 | 第39页 |
2.2 龙眼高频体胚发生与植株再生 | 第39-40页 |
2.3 龙眼胚性愈伤组织体胚发生同步化调控与组织形态学观察 | 第40页 |
2.4 龙眼体胚胎发生过程的生理生化变化 | 第40-41页 |
2.5 龙眼体胚胎发生的蛋白质组学研究 | 第41-43页 |
2.6 龙眼体胚胎发生相关基因克隆及其表达调控 | 第43-44页 |
2.7 龙眼体胚胎发生过程中转录组学研究 | 第44页 |
3 龙眼遗传转化研究进展 | 第44-45页 |
4 龙眼全基因组测序 | 第45-46页 |
5 植物开花时间调控研究进展 | 第46-51页 |
5.1 光周期途径 | 第46-48页 |
5.2 春化途径 | 第48页 |
5.3 自主途径 | 第48-49页 |
5.4 赤霉素途径 | 第49页 |
5.5 其它开花时间调控基因 | 第49-51页 |
6 本研究的内容与意义 | 第51-53页 |
6.1 本研究的意义 | 第51页 |
6.2 本研究的主要内容 | 第51-53页 |
6.2.1 龙眼体胚发生过程中不同发育阶段材料的培养 | 第51-52页 |
6.2.2 龙眼体胚发生早期转录组分析 | 第52页 |
6.2.3 龙眼体胚发生早期的蛋白质组分析 | 第52页 |
6.2.4 龙眼胚性愈伤组织中开花时间相关基因的克隆及表达模式分析 | 第52页 |
6.2.5 龙眼胚性愈伤组织中开花时间相关基因的功能研究 | 第52页 |
6.2.6 龙眼原位转化快速转基因方法研究 | 第52-53页 |
第二章 龙眼体胚发生早期转录组学分析 | 第53-92页 |
1 材料与方法 | 第54-57页 |
1.1 植物材料 | 第54页 |
1.2 RNA提取 | 第54页 |
1.3 cDNA文库构建与高通量测序 | 第54-55页 |
1.4 测序数据的生物信息学分析 | 第55-56页 |
1.4.1 数据过滤及与龙眼基因组比对 | 第55页 |
1.4.2 基因结构优化与分析 | 第55页 |
1.4.3 转录本和基因的表达定量分析 | 第55-56页 |
1.4.4 差异表达基因筛选 | 第56页 |
1.4.5 差异表达基因的GO及KEGG富集分析 | 第56页 |
1.4.6 差异表达基因的转录因子分析 | 第56页 |
1.5 qRT-PCR验证 | 第56-57页 |
2 结果与分析 | 第57-87页 |
2.1 转录组测序质量分析 | 第57页 |
2.2 转录组序列与龙眼基因组序列的比对分析 | 第57-58页 |
2.3 基因结构优化分析 | 第58-59页 |
2.4 基因表达量水平分析及差异表达基因的筛选 | 第59-63页 |
2.5 差异表达基因的功能富集分析 | 第63-66页 |
2.5.1 差异表达基因的GO分类及富集分析 | 第63页 |
2.5.2 差异表达基因的KEGG途径富集分析 | 第63-66页 |
2.6 龙眼体胚发生过程转录因子的差异表达分析 | 第66-69页 |
2.7 龙眼体胚发生过程激素信号传导途径相关基因差异表达分析 | 第69-74页 |
2.7.1 生长素信号途径的基因转录模式分析 | 第69-70页 |
2.7.2 细胞分裂素信号途径的基因转录模式分析 | 第70-71页 |
2.7.3 脱落酸等其它信号转导途径的基因转录模式分析 | 第71-74页 |
2.8 龙眼体胚发生过程DNA复制与细胞周期相关基因差异表达分析 | 第74页 |
2.9 龙眼体胚发生过程胞外蛋白编码基因差异表达分析 | 第74-76页 |
2.10 龙眼体胚发生过程类黄酮生物合成相关基因差异表达分析 | 第76-78页 |
2.11 龙眼体胚发生过程脂肪酸生物合成相关基因差异表达分析 | 第78-79页 |
2.12 龙眼体胚发生过程分子标记基因筛选 | 第79-84页 |
2.13 龙眼体胚发生过程分子标记基因qRT-PCR验证 | 第84-87页 |
3 讨论 | 第87-92页 |
3.1 生长素和细胞分裂素在体胚发生过程中的作用 | 第87-89页 |
3.2 龙眼体胚发生过程的分子标记基因 | 第89-92页 |
第三章 基于iTRAQ标记的龙眼体胚发生早期蛋白质组学分析 | 第92-146页 |
第一节 龙眼体胚发生早期蛋白质组学分析 | 第93-134页 |
1 材料与方法 | 第93-96页 |
1.1 植物材料 | 第93页 |
1.2 蛋白质提取与定量检测 | 第93-94页 |
1.3 蛋白质的iTRAQ标记 | 第94页 |
1.4 iTRAQ标记多肽的SCX分离 | 第94页 |
1.5 基于TripleTOF 5600的LC-ES1-MS/MS液相串联质谱分析 | 第94-95页 |
1.6 蛋白质鉴定与定量分析 | 第95页 |
1.7 蛋白质功能注释 | 第95-96页 |
2 结果与分析 | 第96-127页 |
2.1 基于iTRAQ标记的蛋白质鉴定 | 第96-98页 |
2.2 蛋白质的GO与COG功能注释及KEGG途径分析 | 第98-102页 |
2.3 差异富集蛋白质的鉴定及表达模式聚类分析 | 第102-104页 |
2.4 体胚发生关键蛋白在龙眼体胚发生早期的差异分析 | 第104页 |
2.5 龙眼体胚发生早期激素代谢与信号转导途径中差异蛋白分析 | 第104-105页 |
2.6 龙眼体胚发生早期逆境应答蛋白的差异表达分析 | 第105-110页 |
2.7 龙眼体胚发生早期脂质代谢相关蛋白差异分析 | 第110-112页 |
2.8 龙眼体胚发生早期能量及糖类相关蛋白的差异表达 | 第112-116页 |
2.9 龙眼体胚发生早期蛋白代谢与细胞骨架结构相关蛋白差异分析 | 第116页 |
2.10 龙眼体胚发生早期其他极差异表达蛋白 | 第116-120页 |
2.11 龙眼体胚发生早期蛋白组学与转录组学关联分析 | 第120-127页 |
2.11.1 蛋白质组与转录组关联数量分析 | 第120-121页 |
2.11.2 蛋白组与转录组关联表达相关性分析 | 第121-127页 |
3 讨论 | 第127-134页 |
3.1 iTRAQ标记蛋白质组学在龙眼体胚发生过程中的应用 | 第127-128页 |
3.2 差异表达的体胚发生标记蛋白在龙眼体胚发生早期的作用 | 第128页 |
3.3 植物激素代谢与信号转导相关蛋白参与龙眼体胚发生的调控 | 第128-129页 |
3.4 胁迫应答相关蛋白质的差异表达可能具有促进龙眼体胚发生的作用 | 第129-130页 |
3.5 能量与糖类代谢的动态变化与龙眼体胚发生过程关系密切 | 第130-131页 |
3.6 脂类代谢相关蛋白参与龙眼体胚发生早期的调控 | 第131-132页 |
3.7 蛋白质代谢在龙眼体胚发生早期可能起着关键的调控作用 | 第132页 |
3.8 细胞骨架相关蛋白对龙眼球形胚的发育有促进作用 | 第132-133页 |
3.9 转录组与蛋白组学关联分析挖掘龙眼体胚发生相关基因与蛋白质 | 第133-134页 |
第二节 龙眼体胚发生相关蛋白Remorin家族基因克隆及体胚发生过程定量验证 | 第134-146页 |
1 材料与方法 | 第134-137页 |
1.1 供试材料及其DNA和RNA提取与cDNA合成 | 第134页 |
1.2 引物设计及PCR扩增 | 第134-136页 |
1.3 生物信息学分析 | 第136-137页 |
1.4 龙眼体胚发生过程DlRemorin的qRT-PCR分析 | 第137页 |
2 结果与分析 | 第137-144页 |
2.1 龙眼EC中DlRemorin家族成员cDNA和DNA全长序列获得 | 第137-139页 |
2.2 龙眼EC中DlRemorin家族成员的序列分析 | 第139-140页 |
2.3 龙眼EC中DlRemorin家族成员生物信息学分析 | 第140-143页 |
2.4 龙眼体胚发生过程DlRemorin家族成员的表达分析 | 第143-144页 |
3 讨论 | 第144-146页 |
3.1 DlRemorin可能参与龙眼体胚发生过程的细胞信号转导调控 | 第144页 |
3.2 DlRemorin在龙眼体胚发育过程的调控作用 | 第144-146页 |
第四章 龙眼EC中开花时间相关基因克隆及表达分析 | 第146-214页 |
第一节 龙眼EC中DlMFT和DlTFL1基因克隆及表达分析 | 第148-175页 |
1 材料与方法 | 第148-153页 |
1.1 植物材料 | 第148-150页 |
1.2 方法 | 第150-153页 |
1.2.1 DNA和RNA提取及cDNA合成 | 第150页 |
1.2.2 cDNA全长序列克隆 | 第150-151页 |
1.2.3 gDNA序列及启动子克隆 | 第151-152页 |
1.2.4 生物信息学分析 | 第152-153页 |
2 结果与分析 | 第153-171页 |
2.1 龙眼EC中DlTFL1与DlMFT cDNA全长克隆及序列分析 | 第153-154页 |
2.2 DlTFL1和DlMFT基因组序列扩增及启动子克隆 | 第154页 |
2.3 DITFL1与DIMFT生物信息学分析 | 第154-155页 |
2.4 植物FT/TFL1家族氨基酸序列多重比对与进化树分析 | 第155-158页 |
2.5 调控DlMFT与DlTFL1的miRNA预测 | 第158页 |
2.6 DlTFLl和DlMFT启动子功能元件分析 | 第158-159页 |
2.7 龙眼DlTFL1相DlMFT启动子转录起始位点预测 | 第159-162页 |
2.8 DlMFT在不同组织部位和龙眼胚胎发育及种子萌发过程表达分析 | 第162-164页 |
2.9 DlMFT在不同激素处理下的表达分析 | 第164-165页 |
2.10 DlMFT在不同胁迫处理下的表达分析 | 第165-166页 |
2.11 DlTFL1在龙眼体胚及不同组织部位的表达分析 | 第166-168页 |
2.12 DlTFL1在不同激素处理下的表达分析 | 第168-169页 |
2.13 DlTFL1在不同胁迫处理下的表达分析 | 第169-171页 |
3 讨论 | 第171-175页 |
3.1 DlMFT在龙眼胚胎发育和种子萌发过程中起着重要的作用 | 第171页 |
3.2 DlMFT通过激素信号途径参与调节龙眼体胚发生 | 第171-172页 |
3.3 DlMFT在非生物胁迫下的响应调节机制 | 第172-174页 |
3.4 DlTFL1可能参与龙眼体胚发生早期及开花时间调控 | 第174-175页 |
第二节 龙眼EC中光敏色素与隐花色素基因克隆及表达分析 | 第175-186页 |
1 材料与方法 | 第175-176页 |
1.1 供试材料及其DNA和RNA提取与cDNA合成 | 第175页 |
1.2 引物设计及PCR扩增 | 第175页 |
1.3 生物信息学分析 | 第175页 |
1.4 实时荧光定量PCR分析 | 第175-176页 |
2 结果与分析 | 第176-184页 |
2.1 DlPhys与DlCrys家族成员cDNA全长获得及其序列分析 | 第176-177页 |
2.2 DlPhys和DlCrys生物信息学分析 | 第177-178页 |
2.3 氨基酸序列比对及进化树分析 | 第178-180页 |
2.4 调控DlPhys和DlCrys基因家族的miRNA预测 | 第180-181页 |
2.5 龙眼胚胎发育过程及不同组织部位中DlPhys与DlCrsy的表达分析 | 第181-182页 |
2.6 不同光质处理下DlPhys与DlCrys的表达分析 | 第182-183页 |
2.7 不同激素处理下DlPhys与DlCrys的表达分析 | 第183-184页 |
3 讨论 | 第184-186页 |
3.1 DlPhys与DlCrys可能参与光信号传导、种子萌发和成花过程调控 | 第184-185页 |
3.2 DlPhys与DlCrys可能参与龙眼胚胎发生及激素信号转导过程调控 | 第185页 |
3.3 dlo-miR417/ -2878等miRNA可能参与DlPhys和DlCrys的调控 | 第185-186页 |
第三节 龙眼EC中生物钟相关基因克隆及表达分析 | 第186-196页 |
1 材料与方法 | 第186页 |
1.1 供试材料及其DNA和RNA提取与cDNA合成 | 第186页 |
1.2 引物设计及PCR扩增 | 第186页 |
1.3 实时荧光定量PCR分析 | 第186页 |
2 结果与分析 | 第186-194页 |
2.1 龙眼EC中DlELF4家族成员cDNA全长序列获得及其序列分析 | 第186-187页 |
2.2 龙眼EC中其它生物钟相关基因cDNA全长序列获得及其序列分析 | 第187-188页 |
2.3 龙眼体胚及晚期合子胚发育过程和不同组织部位中DlELF4家族表达分析 | 第188-190页 |
2.4 不同光质及外源激素处理下DlELF4家族的表达分析 | 第190-191页 |
2.5 龙眼体胚及晚期合子胚发育过程、不同组织部位中DlELl、DlELF3、DlCO10和DlGI的表达分析 | 第191-193页 |
2.6 GA3和BR处理下DlEL1、DlELF3、DlCO10和DlGI的表达分析 | 第193-194页 |
3 讨论 | 第194-196页 |
3.1 DlELF4家族可能参与龙眼胚胎发育过程及激素信号转导和胁迫应答 | 第194页 |
3.2 DlELF4家族可能参与龙眼花的形成及果实发育过程 | 第194-196页 |
第四节 龙眼EC中GRAS家族6个成员的克隆与表达分析 | 第196-208页 |
1 材料与方法 | 第196-198页 |
1.1供试材料及其DNA和RNA提取与cDNA合成 | 第196页 |
1.2 引物设计及PCR扩增 | 第196页 |
1.3 实时荧光定量PCR分析 | 第196-198页 |
2 结果与分析 | 第198-205页 |
2.1 龙眼EC中GRAS家族6个成员cDNA全长序列获得 | 第198页 |
2.2 龙眼EC中GRAS家族6个成员序列分析 | 第198-199页 |
2.3 GRAS家族的进化分析 | 第199-200页 |
2.4 龙眼体胚发生过程及外源GA3处理下DlGRAS4与DlGRAS54的表达分析 | 第200-201页 |
2.5 龙眼不同组织部位中DlGAI与DlGAIP-B的表达分析 | 第201-203页 |
2.6 不同激素及非生物胁迫下DlGAI与DlGAIP-B的表达分析 | 第203-205页 |
3 讨论 | 第205-208页 |
3.1 龙眼体胚发生过程中DlGRAS4和DlGRAS54可能通过赤霉素途径参与体胚发生过程的调控 | 第205-206页 |
3.2 DlGAI和DlGAIP-B可能参与龙眼种子发育和萌发、花器官发育过程调控 | 第206页 |
3.3 DlGAI和DlGAIP-B可能参与激素信号转导的调控及非生物胁迫响应 | 第206-208页 |
第五节 龙眼EC中自主途径及下游开花时间相关基因克隆与表达分析 | 第208-214页 |
1 材料与方法 | 第208页 |
1.1 供试材料及其DNA和RNA提取与cDNA合成 | 第208页 |
1.2 引物设计及PCR扩增 | 第208页 |
1.3 实时荧光定量PCR分析 | 第208页 |
2 结果与分析 | 第208-213页 |
2.1 龙眼EC中自主途径及下游开花时间相关基因cDNA全长序列获得 | 第208-209页 |
2.2 龙眼胚胎发生过程及不同组织部位中胚花基因DlEMF的表达分析 | 第209-210页 |
2.3 GA_3和BR处理下胚花基因DlEMF的表达分析 | 第210-211页 |
2.4 龙眼胚胎发生过程及不同组织部位中DlFLD、DlFPA1和DlFPA2的表达分析 | 第211-212页 |
2.5 GA_3和BR处理下DlFLD、DlFPA1和DlFPA2的表达分析 | 第212-213页 |
3 讨论 | 第213-214页 |
第五章 龙眼EC中开花时间相关基因的功能分析 | 第214-253页 |
第一节 龙眼胚性愈伤组织中DlMFT与DlTFL1的功能分析 | 第214-233页 |
1 材料与方法 | 第214-223页 |
1.1 供试材料 | 第214页 |
1.2 植物表达载体与转化菌株 | 第214页 |
1.3 主要试剂 | 第214-215页 |
1.4 方法 | 第215-223页 |
1.4.1 植物表达载体的构建 | 第215-220页 |
1.4.2 重组质粒的酶切与转化农杆菌及PCR验证 | 第220页 |
1.4.3 DlTFL1和DlMFT的亚细胞定位 | 第220-221页 |
1.4.4 DlTFL1和DlMFT启动子瞬时转化本氏烟 | 第221-222页 |
1.4.5 DlTFL1和DlMFT转化本氏烟 | 第222页 |
1.4.6 转基因植株的PCR检测 | 第222-223页 |
1.4.7 转基因植株的实时荧光定量PCR分析 | 第223页 |
1.4.8 转基因植株的功能分析 | 第223页 |
2 结果与分析 | 第223-231页 |
2.1 DlMFT与DlTFL1植物表达载体构建及转化农杆菌的PCR鉴定 | 第223-224页 |
2.2 DlMFTpro及DlTFL/pro启动子功能研究 | 第224页 |
2.3 DlMFT的亚细胞定位 | 第224-226页 |
2.4 DlMFT和DlTFL1转基因植株的获得及PCR检测 | 第226-227页 |
2.5 DlMFT和DlTFLl T1代转基因植株qRT-PCR分析 | 第227-228页 |
2.6 DlMFT转基因植株功能分析 | 第228-230页 |
2.7 DlTFL1转基因植株功能分析 | 第230-231页 |
3 讨论 | 第231-233页 |
3.1 龙眼DlMFT抑制种子萌发对开花时间调控作用不明显 | 第231页 |
3.2 龙眼DlTFL1对植物的开花具有抑制作用 | 第231-233页 |
第二节 龙眼胚性愈伤组织中DlSHR的功能分析 | 第233-253页 |
1 材料与方法 | 第233-236页 |
1.1 供试材料 | 第233页 |
1.2 植物表达载体与转化菌株 | 第233页 |
1.4 方法 | 第233-236页 |
1.4.1 DlSHR过表达植物载体的构建 | 第233-234页 |
1.4.2 DlSHR过表达载体酶切验证、转化农杆菌及PCR验证 | 第234页 |
1.4.3 DlSHR转化本氏烟 | 第234-235页 |
1.4.4 DlSHR过表达植株DNA水平检测 | 第235页 |
1.4.5 DlSHR过表达植株的表型观察 | 第235页 |
1.4.6 DlSHR过表达植株qRT-PCR分析 | 第235页 |
1.4.7 DlSHR过表达株系与对照的比较转录组分析 | 第235-236页 |
2 结果与分析 | 第236-251页 |
2.1 DlSHR过表达载体的酶切、测序与PCR鉴定 | 第236页 |
2.2 T0代DlSHR过表达植株的PCR检测 | 第236-237页 |
2.3 DlSHR转基因植株T0代的表型观察 | 第237-243页 |
2.3.1 转基因植株的整体表型观察 | 第237页 |
2.3.2 转基因植株的叶表表型观察 | 第237-240页 |
2.3.3 转基因植株根部的解剖显微观察 | 第240-243页 |
2.4 DlSHR转基因植株T1代的表型观察与qRT-PCR分析 | 第243-245页 |
2.5 DlSHR转基因植株的转录组学分析 | 第245-251页 |
2.5.1 DlSHR转基因植株的转录组基础数据分析 | 第245页 |
2.5.2 差异表达基因的功能注释 | 第245-246页 |
2.5.3 转基因植株中植物激素信号转导途径相关基因的差异表达分析 | 第246-248页 |
2.5.4 转基因植株中DlSHR互作蛋白分析 | 第248页 |
2.5.5 DlSHR转基因植株中DELLA家族相关基因的差异表达分析 | 第248页 |
2.5.6 DlSHR转基因植株中锌指蛋白Jackdaw差异差异分析 | 第248-249页 |
2.5.7 DlSHR转基因植株中EXORDlUM-like的差异表达分析 | 第249-250页 |
2.5.8 DlSHR转基因植株富含脯氨酸蛋白编码基因的差异表达分析 | 第250-251页 |
3 讨论 | 第251-253页 |
3.1 DlSHR能促进基本组织细胞的分裂和分化 | 第251-252页 |
3.2 DlSHR通过激素信号转导途径和EXL等基因调节植物的生长发育 | 第252-253页 |
第六章 龙眼快速遗传转化体系的建立 | 第253-261页 |
1 材料与方法 | 第253-255页 |
1.1 材料 | 第253页 |
1.2 方法 | 第253-255页 |
1.2.1 龙眼实生幼苗的培育 | 第253-254页 |
1.2.2 表达载体根癌农杆菌菌液的制备 | 第254页 |
1.2.3 龙眼实生幼苗的去顶芽与去顶材料的制备、侵染和共培养 | 第254页 |
1.2.4 去顶芽和去顶的幼苗抗性芽筛选与培养 | 第254页 |
1.2.5 再生抗性植株的PCR检测 | 第254-255页 |
1.2.6 转基因植株的移植 | 第255页 |
1.2.7 转基因植株中目标基因的qRT-PCR分析 | 第255页 |
2 结果与分析 | 第255-259页 |
2.1 转基因龙眼植株的获得 | 第255-257页 |
2.2 转基因龙眼植株的PCR检测 | 第257-258页 |
2.3 转基因龙眼植株的实时荧光定量PCR验证 | 第258-259页 |
3 讨论 | 第259-261页 |
第七章 结论与展望 | 第261-265页 |
1 龙眼体胚发生早期的转录组学分析 | 第261页 |
2 基于iTRAQ标记的龙眼体胚发生早期的蛋白质组学分析 | 第261-262页 |
3 龙眼开花时间相关基因的克隆及其表达分析 | 第262-263页 |
4 龙眼胚性愈伤组织中开花时间相关基因的功能研究 | 第263页 |
5 龙眼快速转基因方法体系的建立 | 第263页 |
本研究的创新点 | 第263-264页 |
展望 | 第264-265页 |
参考文献 | 第265-290页 |
附录 | 第290-300页 |
攻读博士期间发表的论文 | 第300页 |
攻读博士期间申请的发明专利 | 第300-301页 |
致谢 | 第301页 |