| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第11-26页 |
| 1.1 蚬壳花椒物种概述 | 第11-13页 |
| 1.1.1 树种特性 | 第11-12页 |
| 1.1.2 地理分布及生境状况 | 第12页 |
| 1.1.3 保护及科研价值 | 第12-13页 |
| 1.1.4 经济价值 | 第13页 |
| 1.2 蚬壳花椒种子萌发研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 GA对林木种子萌发的研究 | 第13-15页 |
| 1.2.2 蚬壳花椒种子人工萌发研究 | 第15页 |
| 1.2.3 蚬壳花椒种子人工解休眠促进萌发研究的主要问题 | 第15-16页 |
| 1.3 转录组的研究进展 | 第16-24页 |
| 1.3.1 转录组概述 | 第16页 |
| 1.3.2 转录组学在药用植物中的应用 | 第16-18页 |
| 1.3.3 测序技术的发展 | 第18-21页 |
| 1.3.4 转录组测序 | 第21-24页 |
| 1.4 研究背景、目的及意义 | 第24-26页 |
| 1.4.1 研究背景 | 第24页 |
| 1.4.2 研究目的及意义 | 第24-25页 |
| 1.4.3 主要研究内容 | 第25页 |
| 1.4.4 技术路线 | 第25-26页 |
| 2 蚬壳花椒种子萌发的转录组学研究 | 第26-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第26页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第26页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第26页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第26页 |
| 2.2 实验方法 | 第26-34页 |
| 2.2.1 蚬壳花椒总RNA提取 | 第26-27页 |
| 2.2.2 转录组测序 | 第27-28页 |
| 2.2.3 转录组数据的组装 | 第28-29页 |
| 2.2.4 转录组数据的分析 | 第29-34页 |
| 2.3 结果与分析 | 第34-48页 |
| 2.3.1 RNA提取及质量检测 | 第35-36页 |
| 2.3.2 转录组测序产量统计 | 第36-37页 |
| 2.3.3 数据组装 | 第37-39页 |
| 2.3.4 ALL-Unigene的功能注释及COG分类 | 第39-41页 |
| 2.3.5 ALL-Unigene的GO分类 | 第41-42页 |
| 2.3.6 ALL-Unigene代谢通路分析 | 第42-43页 |
| 2.3.7 编码蛋白框(CDS)预测 | 第43-44页 |
| 2.3.8 差异表达基因分析及GO分析 | 第44-47页 |
| 2.3.9 SSR分析 | 第47-48页 |
| 2.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 3 高通量测序中与种子萌发相关的PP2C基因验证 | 第49-61页 |
| 3.1 实验材料 | 第49-51页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第49页 |
| 3.1.2 试剂与药品 | 第49页 |
| 3.1.3 主要仪器与软件 | 第49页 |
| 3.1.4 菌株与载体 | 第49-50页 |
| 3.1.5 培养基与相关溶液 | 第50-51页 |
| 3.2 实验方法 | 第51-56页 |
| 3.2.1 中间保守区序列克隆的引物设计 | 第51-52页 |
| 3.2.2 总RNA提取及纯化 | 第52-53页 |
| 3.2.3 PP2C中间保守区的克隆 | 第53页 |
| 3.2.4 3'和5'RACE | 第53-54页 |
| 3.2.5 胶回收 | 第54-55页 |
| 3.2.6 TA克隆 | 第55-56页 |
| 3.2.7 序列分析 | 第56页 |
| 3.3 结果与分析 | 第56-60页 |
| 3.3.1 总RNA的电泳检测 | 第56-57页 |
| 3.3.2 PP2C基因中间部分同源片段的克隆 | 第57页 |
| 3.3.3 PP2C基因cDNA序列末端的扩增 | 第57-58页 |
| 3.3.4 胶回收 | 第58页 |
| 3.3.5 TA克隆 | 第58-59页 |
| 3.3.6 测序与拼接 | 第59页 |
| 3.3.7 与高通量测序结果比对 | 第59-60页 |
| 3.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 4 结论、讨论与展望 | 第61-65页 |
| 4.1 主要研究结论 | 第61-62页 |
| 4.2 讨论 | 第62-63页 |
| 4.2.1 总RNA提取 | 第62页 |
| 4.2.2 功能注释 | 第62页 |
| 4.2.3 差异表达基因与抗性相关的代谢通路分析 | 第62-63页 |
| 4.2.4 SSR分析 | 第63页 |
| 4.3 创新性 | 第63-64页 |
| 4.4 不足与展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 附录A | 第73-81页 |
| 附表1 差异表达基因的GO功能富集分析 | 第73-75页 |
| 附表2 差异基因的KEGG pathway注释结果统计 | 第75-79页 |
| 附表3 英文缩略词注释表 | 第79-81页 |
| 附录B 攻读硕士学位期间的学术成果 | 第81-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
