| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 缩略词和名词术语表 | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-23页 |
| 1.1 玉米基因组学研究 | 第9-14页 |
| 1.1.1 玉米遗传图谱阶段 | 第9-12页 |
| 1.1.2 玉米序列分析阶段 | 第12-14页 |
| 1.2 玉米自交系之间的差异 | 第14-17页 |
| 1.2.1 玉米自交系之间的形态学差异 | 第14-15页 |
| 1.2.2 玉米自交系之间的遗传学差异 | 第15-17页 |
| 1.3 第二代及第三代测序技术及应用 | 第17-21页 |
| 1.3.1 第二代测序技术-大规模平行测序 | 第17-19页 |
| 1.3.2 第三代测序技术-高通量、单分子测序 | 第19-21页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 Mo17基因组组装 | 第23-45页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 材料和方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第23页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第23-26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-44页 |
| 2.3.1 Mo17基因组大小估计 | 第26-27页 |
| 2.3.2 Mo17基因组组装结果统计 | 第27-28页 |
| 2.3.3 Mo17基因组组装结果的验证 | 第28-35页 |
| 2.3.4 Mo17染色体序列的构建及验证 | 第35-42页 |
| 2.3.5 Mo17染色体及原始测序序列的下载 | 第42-44页 |
| 2.4 结论与讨论 | 第44-45页 |
| 第三章 Mo17基因组注释 | 第45-55页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 材料与方法 | 第45-48页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第45页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第45-48页 |
| 3.3 结果与分析 | 第48-53页 |
| 3.3.1 Mo17基因组重复序列的组成 | 第48-50页 |
| 3.3.2 玉米基因组转座子插入时间估计 | 第50-51页 |
| 3.3.3 Mo17基因组基因注释 | 第51-53页 |
| 3.4 结论和讨论 | 第53-55页 |
| 第四章 Mo17基因组与其他玉米基因组的比较 | 第55-68页 |
| 4.1 引言 | 第55页 |
| 4.2 材料与方法 | 第55-56页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第55页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第55-56页 |
| 4.3 结果与分析 | 第56-66页 |
| 4.3.1 Mo17基因组与其他玉米基因组之间的SNPs及INDELs鉴定 | 第56-61页 |
| 4.3.2 Mo17基因组与其他玉米基因组之间的PAV序列、PAV序列簇以及PAV基因的鉴定 | 第61-65页 |
| 4.3.3 B73与Mo17亚基因组结构及基因选择分析 | 第65-66页 |
| 4.4 结论与讨论 | 第66-68页 |
| 第五章 全文结论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-77页 |
| 附图及附表 | 第77-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 作者简历 | 第90页 |
