| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-48页 |
| ·引言 | 第15-17页 |
| ·论文研究背景 | 第17-25页 |
| ·蛋白质组质谱实验平台及其实验策略 | 第17-22页 |
| ·蛋白质组质谱数据处理总体简介 | 第22-25页 |
| ·蛋白质组质谱数据处理的若干关键问题及其研究现状 | 第25-44页 |
| ·串联质谱图谱质量评估 | 第25-27页 |
| ·串联质谱图谱肽序列标签生成 | 第27-28页 |
| ·串联质谱图谱从头测序 | 第28-37页 |
| ·稳定同位素标记定量数据处理 | 第37-44页 |
| ·论文的研究内容和创新点 | 第44-46页 |
| ·论文的组织结构 | 第46-48页 |
| 第二章 串联质谱图谱质量评估问题研究 | 第48-74页 |
| ·引言 | 第48-49页 |
| ·肽序列长度校正 | 第49-53页 |
| ·特征 | 第49-51页 |
| ·方法 | 第51页 |
| ·数据集 | 第51页 |
| ·结果 | 第51-53页 |
| ·图谱质量评估方法 | 第53-65页 |
| ·图谱特征 | 第54-61页 |
| ·特征选择 | 第61-62页 |
| ·图谱分类 | 第62-65页 |
| ·数据集 | 第65-66页 |
| ·训练集 | 第65页 |
| ·多平台数据测试集 | 第65-66页 |
| ·算法重复性验证测试集 | 第66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-73页 |
| ·特征选择结果 | 第66-67页 |
| ·图谱质量评估结果 | 第67-72页 |
| ·讨论 | 第72-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第三章 肽序列标签生成方法研究 | 第74-95页 |
| ·引言 | 第74-75页 |
| ·肽序列标签生成方法 | 第75-80页 |
| ·图谱预处理 | 第76-78页 |
| ·种子峰生成 | 第78页 |
| ·候选肽序列标签生成 | 第78-79页 |
| ·肽序列标签打分 | 第79-80页 |
| ·数据集 | 第80-82页 |
| ·ISB 数据集 | 第81-82页 |
| ·BPRC 数据集 | 第82页 |
| ·结果与讨论 | 第82-94页 |
| ·标签正确率 | 第83-85页 |
| ·图谱正确率 | 第85-86页 |
| ·标签输出率 | 第86-93页 |
| ·讨论 | 第93-94页 |
| ·本章小结 | 第94-95页 |
| 第四章 基于虚拟搜库技术的串联质谱从头测序问题研究 | 第95-111页 |
| ·引言 | 第95-96页 |
| ·肽序列从头测序方法 | 第96-102页 |
| ·肽序列标签生成 | 第97页 |
| ·虚拟库计算 | 第97-100页 |
| ·虚拟库搜索 | 第100-102页 |
| ·数据集 | 第102-103页 |
| ·ISB267 数据集 | 第102页 |
| ·BPRC316 数据集 | 第102-103页 |
| ·结果与讨论 | 第103-110页 |
| ·结果 | 第103-106页 |
| ·讨论 | 第106-110页 |
| ·本章小结 | 第110-111页 |
| 第五章 稳定同位素标记定量数据处理方法研究 | 第111-124页 |
| ·引言 | 第111-113页 |
| ·通用定量数据处理方法 | 第113-118页 |
| ·通用定量算法 | 第114-117页 |
| ·IdxRAW 文件结构 | 第117-118页 |
| ·数据集 | 第118-120页 |
| ·BSA 数据集 | 第119页 |
| ·MaxQuant 数据集和~(18)0 数据集 | 第119-120页 |
| ·结果与讨论 | 第120-123页 |
| ·定量精度 | 第120-121页 |
| ·SILAC 多重定量结果 | 第121页 |
| ·讨论 | 第121-123页 |
| ·本章小结 | 第123-124页 |
| 第六章 生物信息学基础软件工具开发 | 第124-135页 |
| ·引言 | 第124页 |
| ·模体识别工具箱 | 第124-130页 |
| ·一个整合生物学通路和蛋白相互作用网络的Cytoscape 插件 | 第130-134页 |
| ·本章小结 | 第134-135页 |
| 第七章 结论与展望 | 第135-141页 |
| ·论文工作总结 | 第135-136页 |
| ·未来工作展望 | 第136-141页 |
| 致谢 | 第141-143页 |
| 参考文献 | 第143-163页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第163-166页 |