| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-13页 |
| 前言 | 第14-17页 |
| 第一章 高通量单核苷酸多态分型平台存在的质量问题 | 第17-26页 |
| 1.1 高通量单核苷酸多态分型平台介绍 | 第17-21页 |
| 1.1.1 TaqMan(?) SNP分型平台 | 第17-18页 |
| 1.1.2 GenomeLab~(TM) SNPstream分型平台 | 第18-19页 |
| 1.1.3 BeadLab(Illumina)分型平台 | 第19-20页 |
| 1.1.4 Human Mapping 500K(Affymetrix)芯片 | 第20-21页 |
| 1.2 分型数据的质量问题 | 第21-22页 |
| 1.3 本研究要解决的问题 | 第22页 |
| 1.4 参考文献 | 第22-26页 |
| 第二章 测序证实缺失偏倚在高通量分型技术中存在 | 第26-34页 |
| 2.1 材料和方法 | 第26-31页 |
| 2.1.1 研究位点和样本的选择 | 第26-28页 |
| 2.1.2 测序条件 | 第28-31页 |
| 2.1.3 缺失偏倚检验 | 第31页 |
| 2.2 结果 | 第31-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-33页 |
| 2.4 参考文献 | 第33-34页 |
| 第三章 建立缺失偏倚模型和分型错误模型 | 第34-39页 |
| 3.1 非偏倚缺失模型和缺失偏倚模型 | 第35-36页 |
| 3.2 分型错误模型 | 第36-37页 |
| 3.3 缺失偏倚/分型错误过渡模型 | 第37-39页 |
| 第四章 哈迪——温伯格平衡检验对缺失偏倚的检测 | 第39-44页 |
| 4.1 研究方法 | 第39-41页 |
| 4.2 缺失偏倚对哈迪——温伯格平衡检验Ⅰ类错误的影响 | 第41-42页 |
| 4.3 讨论 | 第42页 |
| 4.4 参考文献 | 第42-44页 |
| 第五章 缺失偏倚、分型错误对等位基因频率估计的影响 | 第44-51页 |
| 5.1 研究方法 | 第44-45页 |
| 5.2 结果 | 第45-49页 |
| 5.2.1 缺失偏倚对等位基因频率估计的影响 | 第45-46页 |
| 5.2.2 从等位基因频率估计的角度论缺失偏倚和分型错误的取舍 | 第46-49页 |
| 5.3 讨论 | 第49页 |
| 5.4 参考文献 | 第49-51页 |
| 第六章 缺失偏倚、分型错误对病例/对照关联分析的影响 | 第51-71页 |
| 6.1 研究方法 | 第51-54页 |
| 6.1.1 疾病模型的建立 | 第51-52页 |
| 6.1.2 病例/对照关联分析统计功效的计算 | 第52-53页 |
| 6.1.3 关联分析统计功效在缺失偏倚模型、分型错误模型下的计算 | 第53-54页 |
| 6.2 结果 | 第54-67页 |
| 6.2.1 缺失偏倚对病例/对照关联分析Ⅰ类错误的影响 | 第54页 |
| 6.2.2 缺失偏倚对病例/对照关联分析统计功效的影响 | 第54-59页 |
| 6.2.3 从病例/对照关联分析的角度论缺失偏倚和分型错误的取舍 | 第59-65页 |
| 6.2.4 缺失偏倚/分型错误过渡模型对病例/对照关联分析统计功效的影响 | 第65-67页 |
| 6.3 讨论 | 第67-69页 |
| 6.4 参考文献 | 第69-71页 |
| 第七章 拷贝数变异的研究现状和意义 | 第71-86页 |
| 7.1 拷贝数变异位点的检测分型方法 | 第71-73页 |
| 7.1.1 特定拷贝数变异位点的检测分型方法 | 第72页 |
| 7.1.2 全基因组范畴拷贝数变异的检测分型方法 | 第72-73页 |
| 7.2 拷贝数变异位点的基因组分布和重要的功能提示 | 第73-76页 |
| 7.2.1 拷贝数变异位点在基因组中的分布 | 第73-74页 |
| 7.2.2 拷贝数变异位点在人类基因组和黑猩猩基因组中的比较 | 第74-75页 |
| 7.2.3 拷贝数变异位点与基因表达、表型(如疾病)的相关性 | 第75-76页 |
| 7.3 拷贝数变异位点的形成机制 | 第76-78页 |
| 7.3.1 非等位同源重组机制 | 第76-77页 |
| 7.3.2 非同源末端连接机制 | 第77-78页 |
| 7.3.3 复制叉停留模板转换/基于短片段同源序列的断点复制机制 | 第78页 |
| 7.4 拷贝数变异位点的突变率估计 | 第78-80页 |
| 7.5 本文涉及的拷贝数变异研究内容和意义 | 第80页 |
| 7.6 参考文献 | 第80-86页 |
| 第八章 近似估计拷贝数变异位点突变率的统计方法 | 第86-97页 |
| 8.1 概述拷贝数变异位点突变率近似估计的统计方法 | 第86-88页 |
| 8.2 拷贝数变异位点突变数目估计的具体实现 | 第88-94页 |
| 8.2.1 由周边单核苷酸多态性位点构建研究区域的祖先重组图谱 | 第88-90页 |
| 8.2.2 由最大期望算法推导拷贝数变异位点的等位基因 | 第90-93页 |
| 8.2.3 根据祖先重组图谱追溯拷贝数变异位点突变事件和统计量的定义 | 第93-94页 |
| 8.3 拷贝数变异突变率的近似估计及突变热点的检测 | 第94页 |
| 8.4 参考文献 | 第94-97页 |
| 第九章 对估计拷贝数变异位点突变率的统计方法的评价 | 第97-106页 |
| 9.1 模拟数据的产生 | 第97-99页 |
| 9.1.1 对软件SIMCOAL2的扩展 | 第97-99页 |
| 9.1.2 通过模拟评估方法所涉及的群体历史模型 | 第99页 |
| 9.2 拷贝数变异位点突变率近似估计方法的有效性 | 第99-100页 |
| 9.2.1 统计量M在不同突变率下的表现 | 第99-100页 |
| 9.2.2 统计量M在不同群体历史模型下的表现 | 第100页 |
| 9.3 拷贝数变异位点突变率近似估计方法的稳定性 | 第100-103页 |
| 9.3.1 不同周边单核苷酸多态数目的影响 | 第100-101页 |
| 9.3.2 不同样本量的影响 | 第101-102页 |
| 9.3.3 不同重组率的影响 | 第102-103页 |
| 9.3.4 染色体间拷贝数变异位点突变率估计 | 第103页 |
| 9.4 讨论 | 第103-104页 |
| 9.5 参考文献 | 第104-106页 |
| 第十章 欧亚非三群体拷贝数变异位点的突变率近似估计 | 第106-135页 |
| 10.1 样本与方法 | 第106-109页 |
| 10.1.1 样本和数据 | 第106-107页 |
| 10.1.2 欧亚非三群体拷贝数变异M的估计及相关性的比较 | 第107页 |
| 10.1.3 欧亚非三群体拷贝数变异的突变率近似估计的研究方法 | 第107-109页 |
| 10.1.3.1 不同群体历史模型下的模拟 | 第107-109页 |
| 10.1.3.2 拷贝数变异突变热点的识别及与其他拷贝数变异的比较 | 第109页 |
| 10.2 欧亚非三群体拷贝数变异M的估计及分析 | 第109-113页 |
| 10.2.1 欧亚非三群体拷贝数变异的分布 | 第109-110页 |
| 10.2.2 欧亚非三群体拷贝数变异统计量M的分布 | 第110页 |
| 10.2.3 两两群体间统计量M的相关性比较 | 第110-113页 |
| 10.3 群体中拷贝数变异位点的突变率近似估计及分析 | 第113-116页 |
| 10.3.1 不同群体历史模型、不同突变率下模拟所得的统计量M分布 | 第113-114页 |
| 10.3.2 不同突变率下拷贝数变异的群体分布 | 第114-116页 |
| 10.3.3 分子实验验证的拷贝数变异突变率 | 第116页 |
| 10.4 拷贝数变异突变热点与其他拷贝数变异位点的比较 | 第116-121页 |
| 10.4.1 大片段性复制区域与拷贝数变异区域的重叠性 | 第117-118页 |
| 10.4.2 拷贝数变异位点尺寸在突变热点和非热点下的比较 | 第118-119页 |
| 10.4.3 拷贝数变异产生机制在突变热点和非热点下的比较 | 第119-120页 |
| 10.4.4 拷贝数变异突变热点与致病基因的关系 | 第120-121页 |
| 10.5 拷贝数变异缺失、重复突变率的比较 | 第121-122页 |
| 10.6 讨论 | 第122-123页 |
| 10.7 参考文献 | 第123-127页 |
| 10.8 附表:132个CNV突变热点信息总结 | 第127-135页 |
| 后记 | 第135-137页 |
| 致谢 | 第137-139页 |
| 发表论文检索 | 第139-140页 |
