| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 符号说明及縮写词 | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-40页 |
| 1.1 粘细菌简介 | 第17-29页 |
| 1.1.1 粘细菌的基本特征及分类地位 | 第17-18页 |
| 1.1.2 粘细菌社会学行为特征 | 第18-24页 |
| 1.1.2.1 双运动系统支配的菌株滑行运动 | 第18-20页 |
| 1.1.2.2 子实体的发育及抗逆性粘孢子的形成 | 第20-22页 |
| 1.1.2.3 自然环境下的群体捕食行为 | 第22-24页 |
| 1.1.3 粘细菌的次级代谢产物 | 第24-29页 |
| 1.1.3.1 粘细菌的次级代谢产物种类及特点 | 第24-27页 |
| 1.1.3.2 纤维堆囊菌及其次级代谢产物研究 | 第27-29页 |
| 1.2 基因组精简研究进展 | 第29-33页 |
| 1.2.1 合成生物学简介 | 第29页 |
| 1.2.2 基因组最小化 | 第29-33页 |
| 1.2.2.1 必需基因的研究方法 | 第30-33页 |
| 1.2.2.2 创造最小基因组的策略 | 第33页 |
| 1.3 基因组岛研究进展 | 第33-37页 |
| 1.3.1 基因组岛的定义及生物学功能 | 第34-35页 |
| 1.3.2 基因组岛的特征及预测方法 | 第35-37页 |
| 1.4 次级代谢产物合成基因簇研究进展 | 第37-38页 |
| 1.5 本论文开展思路和研究内容 | 第38-40页 |
| 第二章 ：黄色粘球菌DK1622基因组中必需基因与非必需基因的分析 | 第40-51页 |
| 2.1 实验材料 | 第41-42页 |
| 2.1.1 粘细菌基因组信息 | 第41页 |
| 2.1.2 生物信息数据库及分析软件 | 第41-42页 |
| 2.2 实验方法 | 第42页 |
| 2.2.1 DK1622基因组比较基因组学分析 | 第42页 |
| 2.2.2 DK1622基因组岛预测分析 | 第42页 |
| 2.2.3 DK1622次级代谢基因簇预测分析方法 | 第42页 |
| 2.3 结果与分析 | 第42-49页 |
| 2.3.1 DK1622基因组比较基因组学分析 | 第42-43页 |
| 2.3.2 DK1622的基因组岛预测结果 | 第43-46页 |
| 2.3.3 DK1622的次级代谢产物合成基因簇预测结果 | 第46-49页 |
| 2.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第三章 ：黄色粘球菌DK1622中基因组岛的连续敲除及突变株的表型特征分析 | 第51-76页 |
| 3.1 实验材料 | 第53-56页 |
| 3.1.1 菌株及质粒 | 第53-54页 |
| 3.1.2 培养基 | 第54页 |
| 3.1.3 实验试剂和仪器耗材 | 第54-56页 |
| 3.2 实验方法 | 第56-65页 |
| 3.2.1 基因组岛敲除载体的构建 | 第56-61页 |
| 3.2.1.1 引物的设计及合成 | 第57-58页 |
| 3.2.1.2 同源臂的扩增及连接 | 第58-59页 |
| 3.2.1.3 同源臂片段和质粒的预处理 | 第59-60页 |
| 3.2.1.4 质粒和同源臂的连接及转化 | 第60-61页 |
| 3.2.1.5 敲除质粒的提取及验证 | 第61页 |
| 3.2.2 基因组岛连续敲除突变株的构建 | 第61-63页 |
| 3.2.2.1 敲除载体电转化突变株 | 第62页 |
| 3.2.2.2 基因组岛连续敲除突变株的筛选及纯化 | 第62-63页 |
| 3.2.3 基因组岛连续敲除突变株的表型特征分析 | 第63-65页 |
| 3.2.3.1 生长能力分析 | 第63页 |
| 3.2.3.2 运动能力分析 | 第63-64页 |
| 3.2.3.3 子实体发育及生孢能力分析 | 第64页 |
| 3.2.3.4 捕食能力分析 | 第64-65页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第65-75页 |
| 3.3.1 基因组岛敲除载体的构建及验证 | 第65-68页 |
| 3.3.2 基因组岛连续敲除突变株的构建 | 第68-70页 |
| 3.3.3 基因组岛连续敲除突变株的表型分析 | 第70-75页 |
| 3.3.3.1 生长能力的分析 | 第70-71页 |
| 3.3.3.2 运动能力分析 | 第71-72页 |
| 3.3.3.3 子实体发育及粘孢子形成能力的分析 | 第72-73页 |
| 3.3.3.4 捕食能力的分析 | 第73-75页 |
| 3.4 本章小结 | 第75-76页 |
| 第四章 ：黄色粘球菌DK1622中次级代谢产物合成基因簇的敲除及突变株的表型特征分析 | 第76-92页 |
| 4.1 实验材料 | 第77页 |
| 4.1.1 菌株及质粒 | 第77页 |
| 4.1.2 培养基 | 第77页 |
| 4.1.3 实验试剂和仪器耗材 | 第77页 |
| 4.2 实验方法 | 第77-80页 |
| 4.2.1 次级代谢产物合成基因簇敲除载体的构建 | 第77-80页 |
| 4.2.1.1 引物的设计及合成 | 第78页 |
| 4.2.1.2 上、下游同源臂的扩增及融合 | 第78-79页 |
| 4.2.1.3 同源臂片段和质粒的预处理 | 第79-80页 |
| 4.2.1.4 质粒和同源臂的连接及转化 | 第80页 |
| 4.2.1.5 敲除质粒的提取及验证 | 第80页 |
| 4.2.2 次级代谢产物合成基因簇敲除突变株的构建 | 第80页 |
| 4.2.3 次级代谢产物合成基因簇敲除突变株的表型特征分析 | 第80页 |
| 4.2.3.1 生长能力分析 | 第80页 |
| 4.2.3.2 运动能力分析 | 第80页 |
| 4.2.3.3 子实体发育及生孢能力分析 | 第80页 |
| 4.2.3.4 捕食能力分析 | 第80页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第80-91页 |
| 4.3.1 次级代谢产物合成基因簇敲除载体的构建及验证 | 第80-85页 |
| 4.3.1.1 上、下游同源臂的扩增结果分析 | 第80-82页 |
| 4.3.1.2 上下游同源臂融合PCR扩增结果分析 | 第82-83页 |
| 4.3.1.3 次级代谢产物合成基因簇敲除载体的构建及验证结果 | 第83-85页 |
| 4.3.2 次级代谢产物合成基因簇敲除突变株的筛选、纯化及验证 | 第85-86页 |
| 4.3.3 次级代谢产物合成基因簇敲除突变株的表型特征分析 | 第86-91页 |
| 4.3.3.1 生长能力分析 | 第86-87页 |
| 4.3.3.2 运动能力分析 | 第87-88页 |
| 4.3.3.3 子实体发育及生孢能力分析 | 第88-89页 |
| 4.3.3.4 捕食能力分析 | 第89-91页 |
| 4.4 本章小结 | 第91-92页 |
| 总结与展望 | 第92-95页 |
| 附录 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第104-105页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第105页 |
