| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1. 前言 | 第12-33页 |
| 1.1 玉米及其分类 | 第12-15页 |
| 1.2 已克隆的玉米驯化基因 | 第15-17页 |
| 1.3 测序技术的发展及其在玉米驯化研究中的应用 | 第17-19页 |
| 1.4 转录组测序及其应用 | 第19-22页 |
| 1.5 可变剪切的发现及其发生机制 | 第22-24页 |
| 1.6 真核生物基因组中的可变剪切 | 第24-26页 |
| 1.7 可变剪切在植物胁迫响应中的作用 | 第26-30页 |
| 1.7.1 可变剪切在非生物胁迫响应中的作用 | 第26-28页 |
| 1.7.2 可变剪切在植物生物胁迫响应中的作用 | 第28-30页 |
| 1.8 可变剪切与物种进化的关系 | 第30-31页 |
| 1.9 研究目的与意义 | 第31-33页 |
| 2. 材料与方法 | 第33-44页 |
| 2.1 研究材料 | 第33-34页 |
| 2.2 RNA提取及纯化 | 第34页 |
| 2.3 文库构建及转录组测序 | 第34-35页 |
| 2.4 杂质数据的去除与转录本重构 | 第35-37页 |
| 2.5 大刍草转录组数据功能注释 | 第37-38页 |
| 2.6 玉米与大刍草序列多样性分析 | 第38-39页 |
| 2.7 简单重复序列鉴定以及引物设计 | 第39-40页 |
| 2.8 结构变异及遗传多样性分析 | 第40-41页 |
| 2.9 同源基因鉴定及选择压力计算 | 第41页 |
| 2.10 玉米与大刍草同源基因的可变剪切分析 | 第41-44页 |
| 3. 结果与分析 | 第44-76页 |
| 3.1 转录组测序及序列拼接 | 第44-47页 |
| 3.2 大刍草转录组的功能注释 | 第47-51页 |
| 3.3 玉米与大刍草间转录本序列多样性分析 | 第51-55页 |
| 3.4 大刍草转录组序列SSR鉴定及引物设计 | 第55-58页 |
| 3.5 不同物种间结构变异分析及系统发育树构建 | 第58-60页 |
| 3.6 玉米驯化过程中直系同源基因的鉴定 | 第60-62页 |
| 3.7 玉米及大刍草转录组可变剪切分析 | 第62-69页 |
| 3.7.1 不同物种间可变剪切位点的差异 | 第63-65页 |
| 3.7.2 不同物种的可变剪切及类型 | 第65-69页 |
| 3.7.3 可变剪切与基因结构的关系 | 第69页 |
| 3.8 转座子插入与内含子保留关系研究 | 第69-71页 |
| 3.9 玉米驯化过程中可变剪切水平差异研究 | 第71-73页 |
| 3.10 玉米驯化改良过程中选择基因的鉴定 | 第73-76页 |
| 4. 讨论 | 第76-84页 |
| 4.1 转录组测序为大刍草研究提供了基因组信息 | 第76页 |
| 4.2 大刍草SSR标记的开发将推动玉米的遗传改良研究 | 第76-77页 |
| 4.3 序列多样性分析有助于优异等位基因的挖掘 | 第77-79页 |
| 4.4 基因失活是引起不同物种间序列差异的重要原因 | 第79-80页 |
| 4.5 不同物种间的可变剪切存在显著差异 | 第80页 |
| 4.6 可变剪切水平的改变增强了玉米的适应性 | 第80-82页 |
| 4.7 可变剪切水平的改变遭受到强烈的选择作用 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-100页 |
| 附录 | 第100-120页 |
| 附录1 位于玉米基因间区域受到选择的大刍草特异转录本 | 第100-106页 |
| 附录2 不同重复单元SSR的分布情况 | 第106-107页 |
| 附录3 玉米与大刍草间受正向选择的基因 | 第107-111页 |
| 附录4 玉米改良过程中遭受选择的可变剪切水平增加的基因 | 第111-117页 |
| 附录5 玉米改良过程中遭受选择的可变剪切水平降低的基因 | 第117-118页 |
| 附录6 与光周期相关可变剪切水平增加的基因 | 第118-119页 |
| 附录7 作者简介及博士期间发表论文 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120-122页 |
