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一年生大刍草—玉米转录组的比较研究及驯化相关基因鉴定

摘要第6-8页
Abstract第8-10页
缩略词表第11-12页
1. 前言第12-33页
    1.1 玉米及其分类第12-15页
    1.2 已克隆的玉米驯化基因第15-17页
    1.3 测序技术的发展及其在玉米驯化研究中的应用第17-19页
    1.4 转录组测序及其应用第19-22页
    1.5 可变剪切的发现及其发生机制第22-24页
    1.6 真核生物基因组中的可变剪切第24-26页
    1.7 可变剪切在植物胁迫响应中的作用第26-30页
        1.7.1 可变剪切在非生物胁迫响应中的作用第26-28页
        1.7.2 可变剪切在植物生物胁迫响应中的作用第28-30页
    1.8 可变剪切与物种进化的关系第30-31页
    1.9 研究目的与意义第31-33页
2. 材料与方法第33-44页
    2.1 研究材料第33-34页
    2.2 RNA提取及纯化第34页
    2.3 文库构建及转录组测序第34-35页
    2.4 杂质数据的去除与转录本重构第35-37页
    2.5 大刍草转录组数据功能注释第37-38页
    2.6 玉米与大刍草序列多样性分析第38-39页
    2.7 简单重复序列鉴定以及引物设计第39-40页
    2.8 结构变异及遗传多样性分析第40-41页
    2.9 同源基因鉴定及选择压力计算第41页
    2.10 玉米与大刍草同源基因的可变剪切分析第41-44页
3. 结果与分析第44-76页
    3.1 转录组测序及序列拼接第44-47页
    3.2 大刍草转录组的功能注释第47-51页
    3.3 玉米与大刍草间转录本序列多样性分析第51-55页
    3.4 大刍草转录组序列SSR鉴定及引物设计第55-58页
    3.5 不同物种间结构变异分析及系统发育树构建第58-60页
    3.6 玉米驯化过程中直系同源基因的鉴定第60-62页
    3.7 玉米及大刍草转录组可变剪切分析第62-69页
        3.7.1 不同物种间可变剪切位点的差异第63-65页
        3.7.2 不同物种的可变剪切及类型第65-69页
        3.7.3 可变剪切与基因结构的关系第69页
    3.8 转座子插入与内含子保留关系研究第69-71页
    3.9 玉米驯化过程中可变剪切水平差异研究第71-73页
    3.10 玉米驯化改良过程中选择基因的鉴定第73-76页
4. 讨论第76-84页
    4.1 转录组测序为大刍草研究提供了基因组信息第76页
    4.2 大刍草SSR标记的开发将推动玉米的遗传改良研究第76-77页
    4.3 序列多样性分析有助于优异等位基因的挖掘第77-79页
    4.4 基因失活是引起不同物种间序列差异的重要原因第79-80页
    4.5 不同物种间的可变剪切存在显著差异第80页
    4.6 可变剪切水平的改变增强了玉米的适应性第80-82页
    4.7 可变剪切水平的改变遭受到强烈的选择作用第82-84页
参考文献第84-100页
附录第100-120页
    附录1 位于玉米基因间区域受到选择的大刍草特异转录本第100-106页
    附录2 不同重复单元SSR的分布情况第106-107页
    附录3 玉米与大刍草间受正向选择的基因第107-111页
    附录4 玉米改良过程中遭受选择的可变剪切水平增加的基因第111-117页
    附录5 玉米改良过程中遭受选择的可变剪切水平降低的基因第117-118页
    附录6 与光周期相关可变剪切水平增加的基因第118-119页
    附录7 作者简介及博士期间发表论文第119-120页
致谢第120-122页

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