| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-29页 |
| 1.1 引言 | 第15页 |
| 1.2 计算机辅助药物设计 | 第15-21页 |
| 1.2.1 基于受体的药物设计 | 第16-18页 |
| 1.2.1.1 配体的从头设计 | 第16-17页 |
| 1.2.1.2 分子对接 | 第17-18页 |
| 1.2.1.3 分子动力学模拟 | 第18页 |
| 1.2.2 基于配体的药物设计 | 第18-21页 |
| 1.2.2.1 定量构效关系 | 第19页 |
| 1.2.2.2 药效团模型 | 第19-20页 |
| 1.2.2.3 分子描述符与分子指纹 | 第20-21页 |
| 1.2.2.4 相似度搜索 | 第21页 |
| 1.3 虚拟筛选与分子相似度 | 第21-27页 |
| 1.3.1 虚拟筛选的概念 | 第21-22页 |
| 1.3.2 基于分子相似度的药物虚拟筛选 | 第22-25页 |
| 1.3.2.1 2D分子相似度检索 | 第22-23页 |
| 1.3.2.2 3D分子形状相似度检索 | 第23-24页 |
| 1.3.2.3 药效团匹配 | 第24页 |
| 1.3.2.4 基于分子相似度的虚拟筛选方法的优劣势对比 | 第24-25页 |
| 1.3.3 虚拟筛选方法的评价 | 第25-27页 |
| 1.3.3.1 受试者工作特征曲线 | 第25-26页 |
| 1.3.3.2 活性化合物富集系数 | 第26页 |
| 1.3.3.3 活性化合物命中率 | 第26-27页 |
| 1.4 本文的研究内容及意义 | 第27-29页 |
| 1.4.1 设计思路与创新点 | 第27页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第27-28页 |
| 1.4.2.1 杂交相似度的计算方法的建立 | 第27-28页 |
| 1.4.2.2 基于分子杂交相似度虚拟筛选方法的有效性确证 | 第28页 |
| 1.4.2.3 HybridSim-VS在线虚拟筛选平台的开发 | 第28页 |
| 1.4.3 研究意义 | 第28-29页 |
| 第二章 基于分子杂交相似度的虚拟筛选方法建立 | 第29-58页 |
| 2.1 引言 | 第29页 |
| 2.2 基于分子杂交相似度的虚拟筛选方法建立 | 第29-32页 |
| 2.2.1 设计思路 | 第29页 |
| 2.2.2 技术路线 | 第29-30页 |
| 2.2.3 相似度计算方法 | 第30-32页 |
| 2.2.3.1 2D分子指纹相似度的计算 | 第30页 |
| 2.2.3.2 3D分子形状相似度的计算 | 第30-31页 |
| 2.2.3.3 杂交相似度的计算 | 第31-32页 |
| 2.3 虚拟筛选方法的验证与评价 | 第32-56页 |
| 2.3.1 基准测试数据集来源 | 第32-34页 |
| 2.3.2 数据集的前处理 | 第34页 |
| 2.3.3 杂交相似度计算方法的比较与选择 | 第34-35页 |
| 2.3.4 虚拟筛选 | 第35-36页 |
| 2.3.4.1 模板化合物的选择 | 第35-36页 |
| 2.3.4.2 虚拟筛选流程 | 第36页 |
| 2.3.5 虚拟筛选结果分析与讨论 | 第36-56页 |
| 2.3.5.1 ROC曲线下面积 | 第36-42页 |
| 2.3.5.2 活性化合物富集因子 | 第42-47页 |
| 2.3.5.3 活性化合物命中率 | 第47-53页 |
| 2.3.5.4 相似度打分分布规律 | 第53-54页 |
| 2.3.5.5 骨架多样性分析 | 第54-56页 |
| 2.4 本章小结 | 第56-58页 |
| 第三章 HYBRIDSIM-VS在线虚拟筛选平台的开发 | 第58-75页 |
| 3.1 引言 | 第58页 |
| 3.2 需求分析与设计思路 | 第58-59页 |
| 3.3 基于WEB的虚拟筛选平台的开发 | 第59-65页 |
| 3.3.1 网络平台化合物数据库 | 第59-61页 |
| 3.3.1.1 数据来源及分类 | 第59-61页 |
| 3.3.1.2 数据库预处理 | 第61页 |
| 3.3.2 开发工具 | 第61-65页 |
| 3.3.2.1 开发工具总揽 | 第61-62页 |
| 3.3.2.2 Django | 第62-63页 |
| 3.3.2.3 Celery | 第63-65页 |
| 3.4 HYBRIDSIM-VS功能及界面展示 | 第65-71页 |
| 3.4.1 HybridSim-VS功能 | 第65-67页 |
| 3.4.1.1 虚拟筛选功能 | 第65-66页 |
| 3.4.1.2 辅助分析功能 | 第66-67页 |
| 3.4.2 HybridSim-VS界面介绍 | 第67-71页 |
| 3.4.2.1 主页 | 第67-68页 |
| 3.4.2.2 虚拟筛选界面 | 第68-70页 |
| 3.4.2.3 结果查询及展示界面 | 第70-71页 |
| 3.4.2.4 下载页面 | 第71页 |
| 3.4.2.5 使用指南 | 第71页 |
| 3.5 HYBRIDSIM-VS平台测试 | 第71-72页 |
| 3.6 应用案例研究 | 第72-74页 |
| 3.7 本章小结 | 第74-75页 |
| 结论与展望 | 第75-77页 |
| 结论 | 第75页 |
| 创新之处 | 第75-76页 |
| 展望 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-85页 |
| 附录 | 第85-111页 |
| 附录 1 | 第85-89页 |
| 附录 2 | 第89-101页 |
| 附录 3 | 第101-111页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 附件 | 第113页 |
