| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 第一部分 肺炎链球菌胆碱激酶LicA的结构酶学研究 | 第11-55页 |
| 第一章 LicA研究背景 | 第11-23页 |
| 1.1 引言 | 第11-16页 |
| 1.1.1 肺炎链球菌概述 | 第11-14页 |
| 1.1.2 胆碱对于肺炎链球菌重要意义 | 第14-15页 |
| 1.1.3 肺炎链球菌的胆碱合成代谢通路研究背景 | 第15-16页 |
| 1.2 胆碱激酶 | 第16-20页 |
| 1.2.1 胆碱激酶概述 | 第16-17页 |
| 1.2.2 结构研究状况 | 第17-20页 |
| 1.2.3 功能研究状况 | 第20页 |
| 1.3 肺炎链球菌LicA研究进展 | 第20-23页 |
| 第二章 实验材料、设备与方法 | 第23-31页 |
| 2.1 实验材料与仪器设备 | 第23-24页 |
| 2.1.1 质粒、菌株 | 第23页 |
| 2.1.2 酶类及其它试剂 | 第23-24页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-31页 |
| 2.2.1 基因克隆、位点特异性突变和重组质粒的构建 | 第24-25页 |
| 2.2.2 LicA蛋白的大量表达与纯化 | 第25-26页 |
| 2.2.3 蛋白质结晶、晶体优化及X射线衍射数据收集 | 第26-27页 |
| 2.2.3.1 晶体的初筛与优化及复合物晶体获得 | 第26-27页 |
| 2.2.3.2 衍射数据的收集与处理 | 第27页 |
| 2.2.4 晶体结构解析、模型构建及结构修正 | 第27-29页 |
| 2.2.5 LicA及其突变体蛋白的酶活测定 | 第29页 |
| 2.2.6 抑制剂结合实验 | 第29-30页 |
| 2.2.7 抑制剂的体外和体内效应 | 第30-31页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第31-48页 |
| 3.1 LicA的结晶、数据收集、结构解析及修正 | 第31-37页 |
| 3.1.1 LicA及其复合物晶体的生长和优化 | 第31-32页 |
| 3.1.2 LicA及其复合物晶体的结构解析及模型质量分析 | 第32-37页 |
| 3.2 LicA的整体结构及活性位点 | 第37-43页 |
| 3.2.1 LicA的整体结构 | 第37-38页 |
| 3.2.2 LicA-choline复合物结构中的胆碱结合位点 | 第38-39页 |
| 3.2.3 LicA-AMP-MES复合物结构中的AMP和MES结合位点 | 第39-40页 |
| 3.2.4 LicA-ADP-HEPES复合物结构中的ADP和HEPES结合位点 | 第40-41页 |
| 3.2.5 结构比对 | 第41-43页 |
| 3.3 LicA酶活测定 | 第43-44页 |
| 3.4 底物胆碱进入通道及相关结构细节对于活性的影响 | 第44-45页 |
| 3.5 抑制剂HC-3的效应鉴定 | 第45-47页 |
| 3.6 总结 | 第47-48页 |
| 小结 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| 第二部分 肺炎链球菌磷酸胆碱转移酶LicD2的纯化摸索和初步晶体学研究 | 第55-71页 |
| 第四章 LicD2研究背景 | 第55-61页 |
| 4.1 肺炎链球菌磷酸胆碱转移酶LicD2研究背景 | 第55-57页 |
| 4.2 磷酸胆碱转移酶 | 第57-61页 |
| 4.2.1 磷酸胆碱转移酶概述 | 第57-59页 |
| 4.2.2 Group ⅩⅩⅢ核苷酸转移酶超家族 | 第59页 |
| 4.2.3 Group ⅩⅩⅢ核苷酸转移酶超家族蛋白催化机理 | 第59-61页 |
| 第五章 材料与方法 | 第61-64页 |
| 5.1 重组质粒的构建 | 第61页 |
| 5.2 LicD2蛋白的表达和纯化 | 第61-62页 |
| 5.3 动态光散射测定蛋白质在溶液中的聚集状态 | 第62页 |
| 5.4 LicD2蛋白的晶体初筛和优化 | 第62页 |
| 5.5 LicD2与底物相互作用检测 | 第62-64页 |
| 第六章 结果与讨论 | 第64-68页 |
| 6.1 LicD2的序列分析 | 第64页 |
| 6.2 LicD2蛋白纯化摸索 | 第64-66页 |
| 6.3 LicD2蛋白与底物相互作用 | 第66-67页 |
| 6.4 LicD2及其底物复合物晶体初筛与优化 | 第67-68页 |
| 小结 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-71页 |
| 第三部分 合作项目 | 第71-77页 |
| 第七章 其他工作 | 第71-75页 |
| 7.1 肺炎链球菌β半乳糖苷酶BgaC的晶体初筛及优化(与成望合作) | 第71-72页 |
| 7.2 金黄色葡萄球菌SraP配体结合区(SraPBR)与A549细胞黏附实验(与杨益虎合作) | 第72-73页 |
| 7.3 杂交瘤细胞培养及单克隆抗体的表达与纯化 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-77页 |
| 附录 | 第77-99页 |
| 致谢 | 第99-101页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第101页 |
