| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-17页 |
| 1.1 果桑的概述 | 第11-13页 |
| 1.1.1 果桑的生物学特征 | 第11页 |
| 1.1.2 桑树的经济价值 | 第11-12页 |
| 1.1.3 果桑资源概况和分布范围 | 第12-13页 |
| 1.2 叶绿体基因组的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.1 叶绿体基因组研究概况 | 第13页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组结构及特点 | 第13-14页 |
| 1.3 叶绿体基因组的应用 | 第14-15页 |
| 1.3.1 系统发育分析 | 第14页 |
| 1.3.2 叶绿体基因工程 | 第14-15页 |
| 1.4 高通量测序的产生 | 第15页 |
| 1.5 高通量测序的应用 | 第15页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第15-17页 |
| 第二章 材料和方法 | 第17-25页 |
| 2.1 材料 | 第17-18页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第17页 |
| 2.1.2 试验药品 | 第17页 |
| 2.1.3 试验仪器与设备 | 第17-18页 |
| 2.2 试验方法 | 第18-22页 |
| 2.2.1 总DNA提取 | 第18页 |
| 2.2.2 Illumine Hiseq文库构建及测序 | 第18-22页 |
| 2.3 叶绿体基因组的拼接和补洞 | 第22-23页 |
| 2.4 注释 | 第23页 |
| 2.5 叶绿体基因组物理图谱绘制和全序列比对 | 第23页 |
| 2.6 叶绿体基因组重复序列结构分析 | 第23页 |
| 2.7 叶绿体基因组序列的聚类分析图构建 | 第23-25页 |
| 第三章 结果与分析 | 第25-38页 |
| 3.1 总DNA的提取结果 | 第25页 |
| 3.2 文库构建与测序结果统计 | 第25-26页 |
| 3.3 叶绿体基因组序列结果分析 | 第26-33页 |
| 3.3.1 基本组织结构 | 第26-28页 |
| 3.3.2 基因内容和基因顺序 | 第28-30页 |
| 3.3.3 内含子 | 第30页 |
| 3.3.4 密码子偏好性 | 第30-32页 |
| 3.3.5 叶绿体基因组重复序列的分析 | 第32-33页 |
| 3.4 叶绿体基因组比对 | 第33-35页 |
| 3.4.1 IR区的收缩与扩张 | 第33-35页 |
| 3.4.2 叶绿体基因组全序列比对 | 第35页 |
| 3.5 基于叶绿体基因组全序列的桑属聚类分析 | 第35-38页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第38-42页 |
| 4.1 讨论 | 第38-40页 |
| 4.1.1 组织结构和基因分析 | 第38页 |
| 4.1.2 AT含量及密码子偏好性 | 第38-39页 |
| 4.1.3 叶绿体基因组的分子标记位点 | 第39页 |
| 4.1.4 IR区域的比较分析 | 第39页 |
| 4.1.5 基于叶绿体基因组的桑属系统发育分析 | 第39-40页 |
| 4.2 结论 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 作者简介 | 第48页 |