| 中文摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 符号说明 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-27页 |
| 1 肉鸡生长及其影响因素 | 第13-19页 |
| 1.1 骨骼肌生长发育规律 | 第13页 |
| 1.2 影响肉鸡及肌纤维生长发育的因素 | 第13-15页 |
| 1.2.1 品种 | 第13-14页 |
| 1.2.2 性别 | 第14页 |
| 1.2.3 年龄 | 第14页 |
| 1.2.4 营养 | 第14页 |
| 1.2.5 环境 | 第14-15页 |
| 1.2.6 遗传因素 | 第15页 |
| 1.3 调控肉鸡生长发育的主效基因 | 第15-19页 |
| 1.3.1 生肌调节因子(MRFs) | 第15-16页 |
| 1.3.2 胰岛素样生长因子(IGFs)和胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBPs) | 第16-17页 |
| 1.3.3 肌细胞增强因子-2(MEF2) | 第17-18页 |
| 1.3.4 肌球蛋白重链MYHC | 第18页 |
| 1.3.5 肌肉生长抑制素MSTN | 第18-19页 |
| 2 DNA甲基化研究 | 第19-23页 |
| 2.1 DNA甲基化的作用及调控机制 | 第19-20页 |
| 2.2 DNA甲基化的检测方法 | 第20-22页 |
| 2.2.1 全基因组重亚硫酸盐测序(whole-genome bisulfite sequencing, WGBS) | 第20-22页 |
| 2.2.2 降低代表性重亚硫酸盐测序(Reduced Representation BisulfiteSequencing,RRBS) | 第22页 |
| 2.2.3 免疫富集DNA甲基化测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-seq) | 第22页 |
| 2.3 DNA甲基化对动物生长发育的影响 | 第22-23页 |
| 3 畜禽转录组学研究进展 | 第23-25页 |
| 3.1 转录组测序(RNA-seq)技术 | 第23-24页 |
| 3.2 RNA-seq技术在畜禽生长发育中的研究进展 | 第24-25页 |
| 4 研究内容及目的意义 | 第25-27页 |
| 4.1 选题背景和研究内容 | 第25-26页 |
| 4.2 研究目的与意义 | 第26-27页 |
| 第二章 京海黄鸡不同生长阶段mRNA表达差异 | 第27-56页 |
| 1 前言 | 第27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-33页 |
| 2.1 试验群体与样本采集 | 第27-28页 |
| 2.2 主要仪器及试剂 | 第28-29页 |
| 2.2.1 主要仪器与设备 | 第28页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第28-29页 |
| 2.3 试验方法与统计分析 | 第29-33页 |
| 2.3.1 表型数据获取及处理 | 第29页 |
| 2.3.2 总RNA的提取与质量检测 | 第29-30页 |
| 2.3.3 RNA-seq文库构建及测序 | 第30页 |
| 2.3.4 测序数据质量评估及预处理 | 第30-31页 |
| 2.3.5 生物信息学分析 | 第31页 |
| 2.3.6 实时荧光定量PCR验证 | 第31-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-52页 |
| 3.1 京海黄鸡生长曲线拟合 | 第33-34页 |
| 3.2 转录组测序RNA样品质量检测 | 第34-35页 |
| 3.3 RNA-seq测序质量评估与质控 | 第35-40页 |
| 3.3.1 测序错误率分布检测 | 第35-36页 |
| 3.3.2 碱基含量分布检测 | 第36-37页 |
| 3.3.3 测序饱和度和随机性分析 | 第37-39页 |
| 3.3.4 Reads在参考基因组上的分布和基因覆盖度分析 | 第39-40页 |
| 3.4 RNA-seq数据产出及与参考基因组比对分析 | 第40-42页 |
| 3.4.1 RNA-seq数据产出统计 | 第40-41页 |
| 3.4.2 各生长阶段基因表达分析 | 第41-42页 |
| 3.5 不同生长阶段差异表达基因分析 | 第42-51页 |
| 3.5.1 差异表达基因的筛选 | 第42-44页 |
| 3.5.2 差异表达基因功能注释及富集分析 | 第44-51页 |
| 3.6 差异表达基因qRT-PCR技术验证 | 第51-52页 |
| 4 讨论 | 第52-54页 |
| 本章小结 | 第54-56页 |
| 第三章 京海黄鸡全基因组DNA甲基化图谱构建 | 第56-71页 |
| 1 前言 | 第56页 |
| 2 材料与方法 | 第56-60页 |
| 2.1 试验样本 | 第56页 |
| 2.2 主要仪器及试验试剂 | 第56-57页 |
| 2.3 试验方法 | 第57-60页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取 | 第57-58页 |
| 2.3.2 BS-seq文库构建及测序 | 第58页 |
| 2.3.3 甲基化测序原始数据质量控制 | 第58页 |
| 2.3.4 与参考基因组比对分析 | 第58-59页 |
| 2.3.5 甲基化位点检测及甲基化水平分析 | 第59-60页 |
| 3 结果与分析 | 第60-68页 |
| 3.1 基因组DNA提取结果检测 | 第60页 |
| 3.2 原始数据的质量控制 | 第60-62页 |
| 3.3 甲基化测序数据统计分析 | 第62页 |
| 3.4 甲基化C位点的鉴定及分布特征 | 第62-64页 |
| 3.5 全基因组甲基化水平的分布规律 | 第64-66页 |
| 3.6 染色体甲基化分布特点 | 第66-68页 |
| 3.7 基因组不同功能元件的甲基化水平 | 第68页 |
| 4 讨论 | 第68-70页 |
| 本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 不同生长阶段京海黄鸡腿肌甲基化差异 | 第71-100页 |
| 1 前言 | 第71页 |
| 2 材料与方法 | 第71-76页 |
| 2.1 试验样本 | 第71页 |
| 2.2 主要仪器及试验试剂 | 第71-72页 |
| 2.3 试验方法 | 第72-76页 |
| 2.3.1 差异甲基化区域(DMR)的鉴定 | 第72-73页 |
| 2.3.2 差异甲基化基因(DMG)功能富集分析 | 第73页 |
| 2.3.3 重亚硫酸盐测序PCR (BSP)验证 | 第73-76页 |
| 3 结果与分析 | 第76-95页 |
| 3.1 差异甲基化区域检测 | 第76-79页 |
| 3.2 差异甲基化基因鉴定及功能富集分析 | 第79-88页 |
| 3.2.1 差异甲基化基因鉴定 | 第79-80页 |
| 3.2.2 差异甲基化基因功能富集分析 | 第80-86页 |
| 3.2.3 启动子区域差异甲基化基因筛选 | 第86页 |
| 3.2.4 启动子区差异甲基化基因功能富集分析 | 第86-88页 |
| 3.3 差异甲基化区域BSP验证 | 第88-90页 |
| 3.4 差异甲基化与基因表达联合分析 | 第90-93页 |
| 3.5 IGF2BP3和IGF2BP1启动子区甲基化与基因表达的关系 | 第93-95页 |
| 4 讨论 | 第95-98页 |
| 本章小结 | 第98-100页 |
| 全文结论 | 第100-102页 |
| 创新点 | 第102-103页 |
| 研究的不足之处及下一步研究计划 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-119页 |
| 附录 | 第119-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 攻读学位期间发表学术论文 | 第127-129页 |
