| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 导论 | 第12-42页 |
| 1.1 微生物生态学 | 第12-14页 |
| 1.2 土壤微生物多样性 | 第14-16页 |
| 1.3 湿地环境中的微生物生态 | 第16-18页 |
| 1.4 土壤微生物在生物地球化学循环中的作用 | 第18-24页 |
| 1.4.1 甲烷氧化和氨氧化过程的微生物学机制 | 第19-20页 |
| 1.4.2 甲烷氧化菌对碳素生物循环的影响 | 第20-21页 |
| 1.4.3 氨氧化菌对环境中氮素生物循环的影响 | 第21-22页 |
| 1.4.4 甲烷氧化与氨氧化过程的耦合 | 第22-24页 |
| 1.5 土壤微生物碳氮功能群多样性研究方法 | 第24-25页 |
| 1.6 微生物生态学研究技术进展 | 第25-33页 |
| 1.6.1 Biolog微生物自动鉴定系统 | 第26-27页 |
| 1.6.2 磷脂脂肪酸分析 | 第27页 |
| 1.6.3 限制性片段长度多态性 | 第27-28页 |
| 1.6.4 末端限制性片段长度多态性 | 第28-29页 |
| 1.6.5 随机引物扩增多态性 | 第29页 |
| 1.6.6 单链构象多态性 | 第29页 |
| 1.6.7 变性梯度凝胶电泳 | 第29-30页 |
| 1.6.8 实时荧光定量PCR | 第30-31页 |
| 1.6.9 荧光原位杂交技术 | 第31页 |
| 1.6.10 稳定同位素标记 | 第31页 |
| 1.6.11 克隆文库 | 第31-32页 |
| 1.6.12 454高通量测序 | 第32页 |
| 1.6.13 PhyloChip~(TM)芯片 | 第32-33页 |
| 1.6.14 Geochip~(TM)芯片 | 第33页 |
| 1.7 生物信息学在微生物生态学中的应用 | 第33-39页 |
| 1.8 论文选题背景与技术路线 | 第39-42页 |
| 1.8.1 选题背景 | 第39-41页 |
| 1.8.2 技术路线 | 第41-42页 |
| 第二章 沉积物微生物总DNA快速提取方法的建立 | 第42-57页 |
| 2.1 前言 | 第42-45页 |
| 2.2 材料与方法 | 第45-52页 |
| 2.2.1 研究区概况 | 第45-46页 |
| 2.2.2 样品采集与处理 | 第46-47页 |
| 2.2.3 理化性质测定 | 第47-48页 |
| 2.2.4 黑臭沉积物微生物总DNA快速提取方法建立的依据 | 第48-50页 |
| 2.2.5 PCR扩增验证 | 第50-51页 |
| 2.2.6 基因组DNA和PCR产物的琼脂糖凝胶电泳 | 第51-52页 |
| 2.3 结果与分析 | 第52-55页 |
| 2.3.1 沉积物微生物总DNA快速提取方法 | 第52-53页 |
| 2.3.2 PCR评价效果 | 第53-54页 |
| 2.3.3 理化性质分析 | 第54-55页 |
| 2.4 讨论 | 第55-57页 |
| 第三章 氨氧化细菌群落结构空间异质性及其成因分析 | 第57-73页 |
| 3.1 前言 | 第57页 |
| 3.2 材料与方法 | 第57-62页 |
| 3.2.1 样品采集与处理 | 第57-58页 |
| 3.2.2 沉积物/土壤微生物总DNA提取 | 第58页 |
| 3.2.3 氨氧化细菌amoA基因片段巢式PCR扩增 | 第58-59页 |
| 3.2.4 PCR产物纯化 | 第59页 |
| 3.2.5 PCR产物与pEASY-T1载体连接 | 第59页 |
| 3.2.6 制备大肠杆菌感受态细胞 | 第59-60页 |
| 3.2.7 转化 | 第60页 |
| 3.2.8 转化子DNA提取 | 第60-61页 |
| 3.2.9 菌落PCR鉴定重组克隆 | 第61页 |
| 3.2.10 测序数据分析 | 第61-62页 |
| 3.3 结果与分析 | 第62-69页 |
| 3.3.1 沉积物/土壤微生物总DNA提取与氨氧化细菌amoA基因扩增 | 第62-65页 |
| 3.3.2 氨氧化细菌amoA基因多样性分析 | 第65-67页 |
| 3.3.3 氨氧化细菌amoA基因亲缘关系分析 | 第67-68页 |
| 3.3.4 氨氧化细菌群落结构空间异质性成因分析 | 第68-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-73页 |
| 第四章 细菌群落结构空间异质性及其成因分析 | 第73-109页 |
| 4.1 前言 | 第73-74页 |
| 4.2 材料与方法 | 第74-80页 |
| 4.2.1 样品采集与处理 | 第74页 |
| 4.2.2 沉积物/土壤微生物总DNA提取 | 第74-75页 |
| 4.2.3 16S rDNA V1-V3区PCR扩增 | 第75页 |
| 4.2.4 PCR产物纯化与测序 | 第75页 |
| 4.2.5 测序数据生物信息分析 | 第75-80页 |
| 4.3 结果与分析 | 第80-106页 |
| 4.3.1 高通量测序数据 | 第80-83页 |
| 4.3.2 细菌群落结构的组成、丰度与多样性 | 第83-102页 |
| 4.3.3 细菌群落结构的空间异质性成因分析 | 第102-106页 |
| 4.4 讨论 | 第106-109页 |
| 第五章 主要结论与创新 | 第109-112页 |
| 5.1 主要结论 | 第109-110页 |
| 5.2 创新之处 | 第110页 |
| 5.3 下一步工作设想 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 附录1 缩写列表 | 第136-137页 |
| 附录2 常用分子生物学软件 | 第137-138页 |
| 附录3 博士期间参与课题和论文发表情况 | 第138页 |
| 参与课题 | 第138页 |
| 发表论文 | 第138页 |
