| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 引言 | 第6-10页 |
| 1 研究对象和计算方法 | 第10-14页 |
| 1.1 研究对象 | 第10-11页 |
| 1.2 计算方法 | 第11-14页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟 | 第11-12页 |
| 1.2.2 MD轨迹分析 | 第12页 |
| 1.2.3 MM-GB/SA方法 | 第12-14页 |
| 2 FXa复合物构型分析 | 第14-36页 |
| 2.1 FXa复合物的RMSD分析 | 第14-22页 |
| 2.2 FXa复合物的结构比较 | 第22-27页 |
| 2.3 水分子数目对FXa复合物结构和结合能的影响 | 第27-35页 |
| 2.4 小结 | 第35-36页 |
| 3 FXa复合物的结合自由能 | 第36-45页 |
| 3.1 结合自由能的计算 | 第36-39页 |
| 3.2 结合自由能分析 | 第39-41页 |
| 3.3 FXa复合物的自由能变化与结构的关系 | 第41-43页 |
| 3.4 小结 | 第43-45页 |
| 4 氢键分析 | 第45-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-57页 |
| 致谢 | 第57页 |