| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-23页 |
| 1.1 泛素–蛋白酶体系统（ubiquitin–proteasome system,UPS） | 第11-17页 |
| 1.1.1 泛素化信号通路 | 第11-12页 |
| 1.1.2 E3的种类 | 第12-14页 |
| 1.1.3 F-box蛋白的结构 | 第14-15页 |
| 1.1.4 F-box蛋白的分布 | 第15页 |
| 1.1.5 F-box蛋白的功能 | 第15-17页 |
| 1.2 重复基因的分子进化机制 | 第17-23页 |
| 1.2.1 基因重复在基因组进化中的重要作用 | 第17-18页 |
| 1.2.2 重复基因的产生方式 | 第18-19页 |
| 1.2.3 重复基因的分化方式 | 第19-23页 |
| 第二章 灵长总目中F-box基因家族的进化 | 第23-35页 |
| 2.1 材料和方法 | 第23-25页 |
| 2.1.1 灵长总目的8个基因组中F-box基因的识别 | 第23页 |
| 2.1.2 系统发育分析 | 第23页 |
| 2.1.3 基因获得与丢失事件及其机制 | 第23-24页 |
| 2.1.4 选择压力分析 | 第24-25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-32页 |
| 2.2.1 F-box蛋白及其结构域组成的确定 | 第25页 |
| 2.2.2 直系同源组的划分 | 第25-27页 |
| 2.2.3 F-box基因数目的变异和其机制 | 第27-30页 |
| 2.2.4 直系同源基因的序列分歧和区域、种系特异性的正选择 | 第30-31页 |
| 2.2.5 单个位点的分子适应性进化及其对功能的影响 | 第31-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-35页 |
| 2.3.1 F-box基因数目的进化保守性和变异 | 第32-33页 |
| 2.3.2 F-box蛋白C端结构域经历了适应性正选择 | 第33-34页 |
| 2.3.3 动植物中F-box基因的比较 | 第34-35页 |
| 第三章 线虫属F-box基因家族的进化 | 第35-47页 |
| 3.1 材料和方法 | 第35-36页 |
| 3.1.1 数据下载 | 第35页 |
| 3.1.2 线虫属的基因组中F-box基因和所含结构域的预测 | 第35页 |
| 3.1.3 F-box基因同源关系的确定 | 第35页 |
| 3.1.4 F-box基因数目的变异及其机理的确定 | 第35-36页 |
| 3.1.5 F-box并系同源基因结构的分化 | 第36页 |
| 3.1.6 F-box基因功能的分化 | 第36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-44页 |
| 3.2.1 线虫属中F-box基因的预测和蛋白结构域的确定 | 第36-37页 |
| 3.2.2 F-box基因并系同源组和直系同源组的确定 | 第37-39页 |
| 3.2.3 新杆状线虫属进化过程中F-box基因数目变化及其机制 | 第39-40页 |
| 3.2.4 F-box基因并系同源基因的基因结构分化 | 第40页 |
| 3.2.5 F-box基因功能的分化 | 第40-44页 |
| 3.3 讨论 | 第44-47页 |
| 3.3.1 新杆线虫属中F-box基因识别方法的评估 | 第44页 |
| 3.3.2 F-box基因数目在物种内和物种间的剧烈变化 | 第44-45页 |
| 3.3.3 新杆状线虫属F-box基因结构和功能的分化 | 第45-47页 |
| 第四章 人类E3泛素连接酶的群体遗传学研究 | 第47-57页 |
| 4.1 材料和方法 | 第47-49页 |
| 4.1.1 人类基因组中E3泛素连接酶基因的预测和搜集 | 第47页 |
| 4.1.2 人类群体中E3基因包含的SNP数据的获得 | 第47页 |
| 4.1.3 E3基因所受选择压力的分析 | 第47-49页 |
| 4.2 结果与分析 | 第49-55页 |
| 4.2.1 人类基因组中E3基因的数目和所包含的结构域 | 第49页 |
| 4.2.2 人类群体中E3基因包含的SNP数目和分布 | 第49-51页 |
| 4.2.3 E3基因所受自然选择压力的分析 | 第51-55页 |
| 4.3 讨论 | 第55-57页 |
| 4.3.1 亚群间E3基因的单核苷酸多样性的差异 | 第55页 |
| 4.3.2 E3基因进化过程中受到的选择压力 | 第55-57页 |
| 第五章 牛FBXO32基因的多态性及与生长性状的关联 | 第57-69页 |
| 5.1 实验材料和方法 | 第57-59页 |
| 5.1.1 基因组DNA样品和数据的获取 | 第57页 |
| 5.1.2 单核苷酸多态性的检测和基因分型 | 第57-58页 |
| 5.1.3 统计分析 | 第58-59页 |
| 5.2 结果和讨论 | 第59-69页 |
| 5.2.1 FBXO32基因在7个牛群体中的遗传多样性 | 第59-64页 |
| 5.2.2 连锁不平衡和单倍型分析 | 第64-66页 |
| 5.2.3 关联分析 | 第66-69页 |
| 第六章 总结和展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-81页 |
| 附录 | 第81-111页 |
| 致谢 | 第111-113页 |
| 个人简历 | 第113页 |
