| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-21页 |
| 1.1 RNA聚合酶简介 | 第9-14页 |
| 1.1.1 单体T7 RNA聚合酶 | 第12-13页 |
| 1.1.2 多体Pol II RNA聚合酶 | 第13-14页 |
| 1.2 RNA聚合酶移位机理 | 第14-17页 |
| 1.2.1 T7 RNA聚合酶移位机理 | 第14-16页 |
| 1.2.2 Pol II多体RNA聚合酶移位机理 | 第16-17页 |
| 1.3 RNA聚合酶选择机制简介 | 第17-18页 |
| 1.4 本文的主要工作 | 第18-21页 |
| 第二章 理论与方法 | 第21-35页 |
| 2.1 分子动力学计算的原理 | 第22-24页 |
| 2.2 分子力场简介 | 第24-27页 |
| 2.3 模拟中常用的方法和技术 | 第27-30页 |
| 2.4 软件介绍 | 第30-31页 |
| 2.4.1 GROMACS | 第30-31页 |
| 2.4.2 VMD | 第31页 |
| 2.5 模拟的一般步骤 | 第31-35页 |
| 第三章 Pol II的移位机理 | 第35-57页 |
| 3.1 引言 | 第35-37页 |
| 3.2 模拟系统 | 第37-39页 |
| 3.3 模拟结果 | 第39-54页 |
| 3.3.1 BH在不同系统中的灵活性 | 第40-42页 |
| 3.3.2 BH的flipped-out构象 | 第42-46页 |
| 3.3.3 BH的straight构象比flipped-out构象更稳定 | 第46-49页 |
| 3.3.4 BH的弯曲可以促进上游混合链的移位 | 第49-54页 |
| 3.4 结果讨论 | 第54-56页 |
| 3.5 结论 | 第56-57页 |
| 第四章 T7 RNA聚合酶的移位机理 | 第57-79页 |
| 4.1 引言 | 第57-62页 |
| 4.2 系统构建 | 第62页 |
| 4.3 模拟结果 | 第62-78页 |
| 4.3.1 移位前状态的O-helix两端残基的稳定性和活性位点的混合碱基对的稳定性 | 第62-69页 |
| 4.3.2 移位后状态的O-helix两端残基的稳定性和活性位点的混合碱基对的稳定性 | 第69-72页 |
| 4.3.3 移位前后构象之间存在内部势能差 | 第72-75页 |
| 4.3.4 计算的内部构象势能差与实验结果定量吻合 | 第75-78页 |
| 4.4 结论 | 第78-79页 |
| 第五章 T7 RNA聚合酶的选择机理 | 第79-101页 |
| 5.1 引言 | 第79-80页 |
| 5.2 模拟结果 | 第80-99页 |
| 5.2.1 中间态的确认 | 第80-86页 |
| 5.2.2 中间态对底物NTP的选择 | 第86-99页 |
| 5.2.2.1 活性位点处底物NTP的稳定性 | 第87-94页 |
| 5.2.2.2 活性位点附近i+2 对混合碱基对的稳定性 | 第94-95页 |
| 5.2.2.3 残基Y639在NTP选择过程中的作用 | 第95-99页 |
| 5.3 结果讨论 | 第99-100页 |
| 5.4 本章小结 | 第100-101页 |
| 第六章 总结和展望 | 第101-105页 |
| 6.1 论文总结 | 第101-102页 |
| 6.2 展望 | 第102-105页 |
| 6.2.1 模拟方法展望 | 第102-103页 |
| 6.2.2 未来的工作展望 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-112页 |
| 个人简历及发表文章目录 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
