低温胁迫下菊花叶片转录组比较分析
| 致谢 | 第4-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-15页 |
| 1.1 低温下植物内部生理变化 | 第10-11页 |
| 1.1.1 含水量的变化 | 第10页 |
| 1.1.2 呼吸速率的变化 | 第10页 |
| 1.1.3 植物内源激素含量的变化 | 第10页 |
| 1.1.4 保护物质的积累 | 第10-11页 |
| 1.2 抗寒相关基因的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.2.1 抗冻蛋白基因 | 第11页 |
| 1.2.2 低温诱导蛋白基因 | 第11页 |
| 1.2.3 脂肪酸去饱和酶基因 | 第11-12页 |
| 1.3 菊花抗寒性研究进展 | 第12-13页 |
| 1.3.1 菊花抗寒性评价方法 | 第12页 |
| 1.3.2 菊花低温胁迫生理研究 | 第12页 |
| 1.3.3 菊花低温胁迫分子研究 | 第12-13页 |
| 1.4 转录组测序的应用 | 第13-15页 |
| 1.4.1 Unigene功能注释 | 第13页 |
| 1.4.2 差异基因表达分析 | 第13页 |
| 1.4.3 非模式生物转录组的研究进展 | 第13-15页 |
| 2 引言 | 第15-16页 |
| 3 材料与方法 | 第16-22页 |
| 3.1 实验材料与处理 | 第16页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第16页 |
| 3.1.2 材料处理 | 第16页 |
| 3.1.3 数据材料 | 第16页 |
| 3.2 工具酶及生化制剂 | 第16页 |
| 3.3 主要仪器 | 第16页 |
| 3.4 PCR引物 | 第16-17页 |
| 3.5 药品的配制 | 第17-18页 |
| 3.5.1 CTAB缓冲液配制 | 第17-18页 |
| 3.5.2 TAE电泳缓冲液配制 | 第18页 |
| 3.6 实验方法 | 第18-20页 |
| 3.6.1 采用改良CTAB法提取RNA | 第18页 |
| 3.6.2 RNA琼脂糖凝胶电泳检测 | 第18页 |
| 3.6.3 RNA纯度及浓度检测 | 第18-19页 |
| 3.6.4 RNA反转录 | 第19页 |
| 3.6.5 Real Time PCR | 第19-20页 |
| 3.7 转录组数据分析方法 | 第20-22页 |
| 3.7.1 Unigene功能注释 | 第20页 |
| 3.7.2 Unigene表达量计算 | 第20-21页 |
| 3.7.3 差异表达基因筛选 | 第21页 |
| 3.7.4 差异表达基因KEGG通路富集性分析 | 第21-22页 |
| 4 结果与分析 | 第22-37页 |
| 4.1 测序结果及质量评估 | 第22页 |
| 4.2 转录组的数据拼接 | 第22-23页 |
| 4.3 基因结构分析 | 第23-25页 |
| 4.3.1 ORF预测 | 第23-24页 |
| 4.3.2 简单重复序列分析 | 第24-25页 |
| 4.4 Unigene功能注释 | 第25-27页 |
| 4.4.1 unigene的COG分类 | 第25-26页 |
| 4.4.2 unigene的GO分类 | 第26-27页 |
| 4.5 差异表达基因功能注释和富集性分析 | 第27-34页 |
| 4.5.1 差异表达基因筛选与注释 | 第27页 |
| 4.5.2 差异基因GO分析 | 第27-28页 |
| 4.5.3 差异基因GO富集层次分析 | 第28-31页 |
| 4.5.4 差异表达基因的COG注释 | 第31-32页 |
| 4.5.5 差异表达基因KEGG注释 | 第32-34页 |
| 4.5.6 差异表达基因KEGG通路富集性分析 | 第34页 |
| 4.6 实时荧光定量PCR验证分析 | 第34-37页 |
| 5 讨论 | 第37-41页 |
| 5.1 脱落酸信号转导代谢途径分析 | 第37-39页 |
| 5.2 不饱和脂肪酸生物合成途径分析 | 第39-41页 |
| 6 小结 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-49页 |
| 英文摘要 | 第49-51页 |
