| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第1章 前言 | 第14-24页 |
| 1.1 保护遗传学 | 第14-16页 |
| 1.1.1 保护遗传学简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 保护遗传学的应用 | 第15-16页 |
| 1.1.3 保护遗传学中的分子标记 | 第16页 |
| 1.2 舟山新木姜子的研究背景 | 第16-22页 |
| 1.2.1 东亚岛屿的地质历史动态背景 | 第16-18页 |
| 1.2.2 舟山新木姜子的概况 | 第18-20页 |
| 1.2.3 舟山新木姜子的研究现状 | 第20-22页 |
| 1.3 存在的问题 | 第22页 |
| 1.4 本研究的内容、目的及意义 | 第22-24页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第22-23页 |
| 1.4.2 研究目的及意义 | 第23-24页 |
| 第2章 舟山新木姜子的样品采集和总基因组DNA提取 | 第24-30页 |
| 2.1 野外调查和样品采集 | 第24-27页 |
| 2.2 总基因组DNA提取 | 第27-28页 |
| 2.3 仪器、试剂及来源 | 第28-30页 |
| 第3章 舟山新木姜子转录组测序及EST-SSR引物开发 | 第30-43页 |
| 3.1 舟山新木姜子转录组测序 | 第31-32页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第31页 |
| 3.1.2 RNA提取 | 第31页 |
| 3.1.3 转录组测序、组装和注释 | 第31-32页 |
| 3.2 EST-SSR引物设计与检测 | 第32-33页 |
| 3.2.1 引物设计 | 第32-33页 |
| 3.2.2 引物扩增效率检测 | 第33页 |
| 3.2.3 微卫星位点的多态性检测 | 第33页 |
| 3.3 实验结果 | 第33-42页 |
| 3.3.1 舟山新木姜子转录组数据分析 | 第34-36页 |
| 3.3.2 转录组中EST-SSR的频率和分布 | 第36-38页 |
| 3.3.3 EST-SSR引物开发及多态性分析 | 第38-42页 |
| 3.4 结论 | 第42-43页 |
| 第4章 基于EST-SSR标记的数据分析 | 第43-59页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第43页 |
| 4.2 EST-SSR数据的分析 | 第43-47页 |
| 4.2.1 中性检验 | 第43-44页 |
| 4.2.2 居群遗传多样性、哈迪-温伯格平衡和连锁不平衡分析 | 第44-45页 |
| 4.2.3 居群遗传结构分析 | 第45页 |
| 4.2.4 居群动态历史分析 | 第45-47页 |
| 4.3 实验结果 | 第47-59页 |
| 4.3.1 中性检验 | 第47-48页 |
| 4.3.2 居群遗传多样性、哈迪-温伯格平衡和连锁不平衡 | 第48-51页 |
| 4.3.3 居群遗传结构 | 第51-55页 |
| 4.3.4 居群动态历史变化 | 第55-59页 |
| 第5章 基于核基因ITS标记的数据分析 | 第59-69页 |
| 5.1 实验材料 | 第59页 |
| 5.2 实验方法 | 第59-62页 |
| 5.2.1 总基因组DNA提取 | 第59页 |
| 5.2.2 居群扩增及序列检测 | 第59-60页 |
| 5.2.3 单倍型谱系关系分析 | 第60-61页 |
| 5.2.4 居群遗传多样性分析 | 第61页 |
| 5.2.5 居群遗传结构分析 | 第61-62页 |
| 5.2.6 祖先分布区重建 | 第62页 |
| 5.3 实验结果 | 第62-69页 |
| 5.3.1 核基因ITS序列特征 | 第62-63页 |
| 5.3.2 单倍型谱系关系 | 第63-64页 |
| 5.3.3 居群遗传多样性 | 第64-67页 |
| 5.3.4 谱系地理结构和居群遗传结构 | 第67页 |
| 5.3.5 祖先分布区 | 第67-69页 |
| 第6章 基于叶绿体DNA标记的数据分析 | 第69-89页 |
| 6.1 实验材料 | 第69-70页 |
| 6.2 实验方法 | 第70-75页 |
| 6.2.1 总基因组DNA提取 | 第70页 |
| 6.2.2 居群扩增及序列检测 | 第70-72页 |
| 6.2.3 单倍型谱系关系分析 | 第72页 |
| 6.2.4 居群遗传多样性分析 | 第72页 |
| 6.2.5 谱系地理结构和居群遗传结构分析 | 第72-73页 |
| 6.2.6 居群动态历史分析 | 第73-74页 |
| 6.2.7 生态位模型模拟物种分布区 | 第74-75页 |
| 6.3 实验结果 | 第75-89页 |
| 6.3.1 叶绿体DNA序列特征 | 第75-77页 |
| 6.3.2 单倍型谱系关系 | 第77-79页 |
| 6.3.3 居群遗传多样性 | 第79-82页 |
| 6.3.4 谱系地理结构和居群遗传结构 | 第82-83页 |
| 6.3.5 居群动态历史 | 第83-87页 |
| 6.3.6 舟山新木姜子过去、现在和未来的分布区模拟 | 第87-89页 |
| 第7章 讨论 | 第89-100页 |
| 7.1 舟山新木姜子转录组及EST-SSR引物开发 | 第89-90页 |
| 7.2 舟山新木姜子的遗传多样性和遗传结构 | 第90-94页 |
| 7.2.1 遗传多样性 | 第90-91页 |
| 7.2.2 遗传结构和谱系分化 | 第91-93页 |
| 7.2.3 北部谱系的遗传多样性、遗传结构和谱系分化 | 第93-94页 |
| 7.3 舟山新木姜子的动态历史 | 第94-98页 |
| 7.4 对舟山新木姜子的保护和管理建议 | 第98-100页 |
| 第8章 总结与展望 | 第100-102页 |
| 8.1 总结 | 第100-101页 |
| 8.2 展望 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-116页 |
| 附录 | 第116-124页 |
| 在读期间的主要成果 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
