昆虫基因组注释方法改进及两种昆虫基因组分析
| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-25页 |
| 1 引言 | 第13-14页 |
| 2 基因组学研究相关技术 | 第14-20页 |
| ·基因组测序技术 | 第14-15页 |
| ·基因组组装 | 第15-18页 |
| ·基因组注释 | 第18-20页 |
| 3 昆虫基因组测序现状及存在的问题 | 第20-23页 |
| ·昆虫基因组测序现状 | 第20-22页 |
| ·昆虫基因组测序存在的困难 | 第22-23页 |
| 4 本文研究目的和意义 | 第23-25页 |
| 第二章 昆虫基因组注释方法优化与平台构建 | 第25-37页 |
| 摘要 | 第25页 |
| 1 引言 | 第25-27页 |
| 2 材料和方法 | 第27-30页 |
| ·数据准备 | 第27页 |
| ·重复序列的注释 | 第27-28页 |
| ·转录证据的收集 | 第28页 |
| ·从头预测证据收集 | 第28-29页 |
| ·同源证据收集 | 第29页 |
| ·三类证据整合 | 第29-30页 |
| ·从头预测基因的重新评估 | 第30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-34页 |
| ·OMIGA注释平台流程 | 第30-33页 |
| ·OMIGA注释结果评估 | 第33-34页 |
| 4 讨论 | 第34-37页 |
| 第三章 二化螟基因组组装、注释和分析 | 第37-49页 |
| 摘要 | 第37页 |
| 1 引言 | 第37-38页 |
| 2 材料和方法 | 第38-40页 |
| ·昆虫 | 第38页 |
| ·基因组、转录组测序和组装 | 第38-39页 |
| ·编码基因和重复序列注释 | 第39页 |
| ·直系同源分析 | 第39页 |
| ·可变剪接 | 第39-40页 |
| ·GO分析 | 第40页 |
| ·microRNA基因 | 第40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-47页 |
| ·基因组组装 | 第40-41页 |
| ·编码基因注释 | 第41-44页 |
| ·重复序列注释 | 第44页 |
| ·可变剪接 | 第44-45页 |
| ·P450基因家族 | 第45-46页 |
| ·OBP和CSP基因家族 | 第46页 |
| ·RNA干扰通路的核心基因 | 第46-47页 |
| ·microRNA | 第47页 |
| 4 讨论 | 第47-49页 |
| 第四章 腰带长体茧蜂基因组组装、注释和分析 | 第49-87页 |
| 摘要 | 第49页 |
| 1 引言 | 第49-50页 |
| 2 材料和方法 | 第50-55页 |
| ·基因组和转录组测序 | 第50-51页 |
| ·基因组组装 | 第51-52页 |
| ·基因组总体特征 | 第52-53页 |
| ·非编码RNA注释 | 第53页 |
| ·蛋白编码基因注释 | 第53页 |
| ·直系同源及基因组微共线性分析 | 第53-54页 |
| ·基因家族识别和分析 | 第54-55页 |
| ·代谢通路注释 | 第55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-85页 |
| ·基因组组装和特征分析 | 第55-59页 |
| ·基因组注释和进化分析 | 第59-69页 |
| ·寄主搜索 | 第69-75页 |
| ·解毒代谢 | 第75-79页 |
| ·毒性蛋白 | 第79-81页 |
| ·免疫逃避 | 第81-82页 |
| ·多胚发育 | 第82-83页 |
| ·性别决定 | 第83-85页 |
| 4 讨论 | 第85-87页 |
| 第五章 全文总结与展望 | 第87-89页 |
| 1 全文总结 | 第87-88页 |
| 2 论文创新点 | 第88页 |
| 3 展望 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-99页 |
| 附录 | 第99-101页 |
| 攻读博士期间论文发表情况 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
