| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩写词 | 第8-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-32页 |
| ·黄花苜蓿抗逆性研究进展及其研究意义 | 第16-17页 |
| ·植物响应非生物胁迫研究进展 | 第17-26页 |
| ·非生物胁迫信号感知、信号传导和应答模式 | 第17-19页 |
| ·植物响应干旱、高盐和低温胁迫的研究进展 | 第19-20页 |
| ·植物激素参与非生物胁迫响应的研究进展 | 第20-21页 |
| ·miRNA及其靶基因参与调控非生物胁迫响应研究进展 | 第21-23页 |
| ·转运蛋白参与非生物胁迫响应研究进展 | 第23-26页 |
| ·基于第二代测序技术的转录组学研究进展 | 第26-30页 |
| ·基于转录组测序数据完善基因组注释 | 第27-28页 |
| ·转录组测序促进非模式物种的研究 | 第28-29页 |
| ·转录组测序分析非编码小RNA | 第29页 |
| ·基于转录组学构建共表达网络 | 第29-30页 |
| ·研究目的和意义 | 第30-32页 |
| 第二章 非生物胁迫的黄花苜蓿转录谱分析 | 第32-82页 |
| ·引言 | 第32页 |
| ·实验材料与方法 | 第32-37页 |
| ·植物材料 | 第32-33页 |
| ·低温、干旱、高盐胁迫处理以及相对电导率的检测 | 第33页 |
| ·转录组mRNA-seq数据获取及生物信息学分析方法 | 第33-34页 |
| ·转录组sRNA-seq数据获取及生物信息学分析方法 | 第34-35页 |
| ·实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证 | 第35-37页 |
| ·检测低温胁迫及生长素对黄花苜蓿根部表型影响的方法 | 第37页 |
| ·非生物胁迫的黄花苜蓿差异基因表达谱分析 | 第37-59页 |
| ·非生物胁迫处理条件的确定与处理流程 | 第37-38页 |
| ·黄花苜蓿转录组mRNA的获得与拼接 | 第38-40页 |
| ·差异基因的筛选和功能注释 | 第40-46页 |
| ·构建差异表达转录本间的关系网络Transcript-Net | 第46-50页 |
| ·非生物胁迫影响植物激素信号通路的分析 | 第50-52页 |
| ·非生物胁迫影响结瘤信号通路的分析 | 第52-53页 |
| ·qRT-PCR对转录本表达模式定量分析 | 第53-55页 |
| ·豆科物种间比较转录组分析 | 第55-57页 |
| ·黄花苜蓿非生物胁迫表达谱数据库的构建 | 第57-59页 |
| ·非生物胁迫的黄花苜蓿差异表达miRNA的表达谱分析 | 第59-68页 |
| ·非生物胁迫的黄花苜蓿miRNA筛选 | 第59-62页 |
| ·非生物胁迫黄花苜蓿miRNA差异表达模式及功能注释 | 第62-68页 |
| ·非生物胁迫的黄花苜蓿差异miRNA与差异基因的整合分析 | 第68-76页 |
| ·miRNA靶基因预测 | 第68-69页 |
| ·miRNA及其调控靶基因的功能和网络分析 | 第69-73页 |
| ·挖掘表达呈负相关的差异miRNA及差异靶基因 | 第73-76页 |
| ·讨论 | 第76-82页 |
| ·黄花苜蓿对干旱、高盐及低温胁迫响应的差异分析 | 第76-78页 |
| ·非生物胁迫影响黄花苜蓿激素代谢通路和信号传导 | 第78-79页 |
| ·非生物胁迫对黄花苜蓿结瘤信号途径关键基因的影响 | 第79-80页 |
| ·非生物胁迫下黄花苜蓿差异miRNA调控的差异靶基因的功能分析 | 第80页 |
| ·miRNA与mRNA的整合分析及调控网络的构建 | 第80-82页 |
| 第三章 苜蓿转运蛋白的预测及其参与非生物胁迫响应的分析 | 第82-98页 |
| ·引言 | 第82页 |
| ·实验数据采集 | 第82-83页 |
| ·苜蓿转运蛋白预测 | 第83-84页 |
| ·构建苜蓿转运蛋白数据库 | 第84-90页 |
| ·数据库设计 | 第84-85页 |
| ·数据库功能 | 第85-90页 |
| ·非生物胁迫的黄花苜蓿转运蛋白家族分析 | 第90-94页 |
| ·ABC转运蛋白家族的进化和转录本表达谱分析 | 第90-93页 |
| ·水通道蛋白家族的进化和转录本表达谱分析 | 第93-94页 |
| ·讨论 | 第94-98页 |
| ·苜蓿转运蛋白数据库方便数据使用 | 第94-95页 |
| ·苜蓿转运蛋白家族参与响应非生物胁迫的分析 | 第95-98页 |
| 第四章 结论与展望 | 第98-100页 |
| 附录 | 第100-106页 |
| 附录1 实时荧光定量PCR分析转录本所用引物 | 第100-102页 |
| 附录2 实时荧光定量PCR分析miRNA所用引物 | 第102-103页 |
| 附录3 分析InParanoid结果的Python程序 | 第103-104页 |
| 附录4 相对电导率实验原始数据 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 作者简历 | 第118页 |
