| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 目录 | 第11-16页 |
| 缩写词 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-43页 |
| ·植物线粒体基因组 | 第17-23页 |
| ·植物线粒体基因组大小、结构变异 | 第17页 |
| ·植物线粒体基因组分子结构模型 | 第17-18页 |
| ·植物线粒体基因组的基因 | 第18-19页 |
| ·水稻线粒体基因组 | 第19-23页 |
| ·植物线粒体基因组基因的进化 | 第23-25页 |
| ·核糖体RNA基因的进化 | 第23页 |
| ·转移RNA基因的进化 | 第23-24页 |
| ·植物线粒体蛋白质基因进化 | 第24页 |
| ·线粒体基因的转移 | 第24-25页 |
| ·高等植物线粒体基因组的异质性 | 第25-29页 |
| ·重复序列介导的重组导致的异质性 | 第26页 |
| ·小规模的线粒体基因组突变 | 第26页 |
| ·父系渗漏 | 第26-27页 |
| ·异质性的遗传和体细胞分离 | 第27-28页 |
| ·异质性的鉴定 | 第28-29页 |
| ·重复序列与线粒体基因组重组 | 第29-32页 |
| ·线粒体基因组重复序列 | 第29页 |
| ·重复序列介导的线粒体基因组重组机制 | 第29-31页 |
| ·线粒体基因组重组对于植物线粒体稳定性的作用 | 第31-32页 |
| ·植物线粒体基因组重组相关基因的克隆及功能研究 | 第32-33页 |
| ·植物线粒体基因组与细胞质雄性不育关系 | 第33-38页 |
| ·CMS现象 | 第34页 |
| ·线粒体基因与CMS | 第34-36页 |
| ·CMS涉及的核质互作-不育与恢复 | 第36-37页 |
| ·水稻线粒体基因组雄性不育与育性恢复 | 第37-38页 |
| ·植物线粒体与核及质体之间的交流信号 | 第38页 |
| ·高通量测序技术的发展 | 第38-41页 |
| ·第一代DNA测序技术 | 第39页 |
| ·第二代DNA测序技术 | 第39-40页 |
| ·第三代测序技术 | 第40-41页 |
| ·本研究目的与意义 | 第41-43页 |
| 第二章 一年生野生稻线粒体基因组 | 第43-86页 |
| ·材料与方法 | 第44-54页 |
| ·水稻材料 | 第44-47页 |
| ·水稻超纯线粒体及线粒体基因组DNA提取 | 第47-48页 |
| ·基因组总DNA提取 | 第48-49页 |
| ·Southern杂交 | 第49-51页 |
| ·Trizol法提取RNA | 第51页 |
| ·Northern杂交 | 第51-52页 |
| ·Solexa测序 | 第52页 |
| ·线粒体基因组组装及注释 | 第52-53页 |
| ·Nuclear-like和Chlo-like序列 | 第53页 |
| ·保守序列 | 第53页 |
| ·线粒体基因组重复序列分析 | 第53页 |
| ·共线性分析 | 第53-54页 |
| ·结果与分析 | 第54-66页 |
| ·一年生野生稻W20线粒体基因组DNA提取及鉴定 | 第54-55页 |
| ·W20线粒体基因组测序与注释 | 第55-57页 |
| ·水稻线粒体基因组类核和类叶绿体序列 | 第57-59页 |
| ·水稻线粒体基因组保守序列比较分析 | 第59-61页 |
| ·W20线粒体基因组嵌合基因的鉴定及表达分析 | 第61-64页 |
| ·水稻线粒体基因组重复序列 | 第64-65页 |
| ·重复序列介导的W20线粒体基因组重组 | 第65-66页 |
| ·讨论 | 第66-71页 |
| ·水稻线粒体基因组大小和结构的分化 | 第66-68页 |
| ·植物线粒体基因组的类核和类叶绿体序列 | 第68-69页 |
| ·植物线粒体基因组短重复序列与杂合态及鉴定 | 第69-71页 |
| 附表 | 第71-86页 |
| 第三章 水稻线粒体基因组特异序列与进化 | 第86-101页 |
| ·材料与方法 | 第87-89页 |
| ·水稻材料 | 第87页 |
| ·水稻基因组总DNA提取 | 第87页 |
| ·线粒体基因组RNA提取和cDNA反转录合成 | 第87-88页 |
| ·线粒体基因组特异序列分析 | 第88页 |
| ·PCR产物克隆测序 | 第88页 |
| ·系统进化树的构建 | 第88-89页 |
| ·结果与分析 | 第89-98页 |
| ·水稻线粒体基因组中的特异序列分析 | 第89-90页 |
| ·水稻线粒体基因组特异序列中ORFs及表达 | 第90-92页 |
| ·水稻线粒体基因组特异序列与AA基因组线粒体组型 | 第92-97页 |
| ·水稻线粒体基因组特异序列与线粒体基因组进化 | 第97-98页 |
| ·讨论 | 第98-101页 |
| ·水稻线粒体基因组特异序列分化及应用 | 第98-100页 |
| ·水稻线粒体基因组特异序列的表达 | 第100-101页 |
| 第四章 水稻细胞质雄性不育线粒体基因组特异序列鉴定 | 第101-111页 |
| ·材料与方法 | 第102-103页 |
| ·水稻材料 | 第102页 |
| ·水稻总DNA提取 | 第102页 |
| ·水稻总RNA提取及cDNA转录 | 第102页 |
| ·Southern杂交 | 第102页 |
| ·不育特异序列搜索 | 第102-103页 |
| ·结果与分析 | 第103-108页 |
| ·比较基因组学分析水稻不育线粒体基因组特异序列 | 第103页 |
| ·基于MSS开发细胞质雄性不育特异分子标记 | 第103-106页 |
| ·不育细胞质特异MSS在线粒体基因组位点保守性 | 第106-107页 |
| ·不育特异细胞质特异MSS中ORFs鉴定 | 第107-108页 |
| ·讨论 | 第108-111页 |
| 第五章 一年生野生稻与栽培稻杂交过程中线粒体基因组重组 | 第111-124页 |
| ·材料与方法 | 第112-113页 |
| ·水稻材料 | 第112页 |
| ·水稻总DNA提取 | 第112页 |
| ·同源基因克隆测序 | 第112页 |
| ·重组半定量PCR分析 | 第112页 |
| ·重组qPCR分析 | 第112-113页 |
| ·亚细胞定位预测 | 第113页 |
| ·序列比对分析 | 第113页 |
| ·结果与分析 | 第113-120页 |
| ·野生稻与栽培稻杂交回交群体构建 | 第113页 |
| ·野生稻与栽培稻中控制线粒体基因组重组相关基因序列分析 | 第113-116页 |
| ·远源杂交过程中短重复序列介导的线粒体基因组重组 | 第116-117页 |
| ·杂交过程中不育相关基因orf79的重组 | 第117-120页 |
| ·讨论 | 第120-122页 |
| ·杂交与线粒体基因组杂合态 | 第120-121页 |
| ·不育相关基因orf79的稳定性 | 第121-122页 |
| 附表 | 第122-124页 |
| 第六章 线粒体嵌合基因orf288的进化和功能初步研究 | 第124-136页 |
| ·材料与方法 | 第125-128页 |
| ·水稻材料 | 第125页 |
| ·克隆测序 | 第125页 |
| ·半定量RT-PCR | 第125页 |
| ·orf288及重组型特异序列亚化学计量迁移分析 | 第125-126页 |
| ·转基因载体构建 | 第126-127页 |
| ·农杆菌介导籼稻转化 | 第127-128页 |
| ·转基因植株花粉育性鉴定 | 第128页 |
| ·序列比对分析 | 第128页 |
| ·结果与分析 | 第128-133页 |
| ·水稻线粒体基因组orf288及嵌合基因的结构 | 第128-130页 |
| ·orf288及其嵌合基因型特异序列亚化学计量迁移 | 第130-131页 |
| ·orf290和orf310对水稻育性的影响 | 第131-133页 |
| ·讨论 | 第133-136页 |
| ·线粒体基因组嵌合基因的进化 | 第133-135页 |
| ·水稻配子体细胞质不育相关ORFs | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-158页 |
| 博士在读期间发表和待发表的论文及申请专利 | 第158-159页 |
| 致谢 | 第159页 |
