| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-41页 |
| ·硫循环 | 第14-15页 |
| ·硫氧化微生物 | 第15-25页 |
| ·无色硫细菌（Colorless Sulfur Bacteria） | 第22-23页 |
| ·绿色硫细菌（Green Sulfur Bacteria, GSB） | 第23-24页 |
| ·紫色硫细菌（Purple Sulfur Bacteria，PSB） | 第24-25页 |
| ·紫色非硫细菌（Purple Non-sulfur Bacteria，PNSB） | 第25页 |
| ·硫氧化途径和相关酶系 | 第25-34页 |
| ·硫代硫酸盐和连多硫酸盐的氧化 | 第26-30页 |
| ·硫化氢的氧化 | 第30-31页 |
| ·单质硫的氧化 | 第31-33页 |
| ·硫氧化古菌的硫氧化途径及其硫氧化酶 | 第33-34页 |
| ·Propidium Monoazide 结合PCR 技术在微生物活细胞检测中的应用 | 第34-39页 |
| ·微生物活细胞检测方法 | 第35-36页 |
| ·PMA 结合PCR 检测微生物活细胞的机理 | 第36-37页 |
| ·PMA 与EMA 的比较 | 第37-38页 |
| ·PMA 结合PCR 技术在微生物活细胞检测的关键影响因素 | 第38-39页 |
| ·本课题的研究意义和研究内容 | 第39-41页 |
| ·本课题的研究意义 | 第39-40页 |
| ·本课题的研究内容 | 第40-41页 |
| 第二章 基于PMA 的微生物分子生态学方法 | 第41-57页 |
| ·引言 | 第41-42页 |
| ·材料和方法 | 第42-46页 |
| ·菌种 | 第42页 |
| ·样品采集 | 第42页 |
| ·样品PMA 处理 | 第42页 |
| ·PMA 处理的选择与优化 | 第42-43页 |
| ·传统DGGE 在微生物生态学应用中的局限性和基于活细胞的PMA-巢式PCR-DGGE 微生物分子生态学研究方法的建立 | 第43-44页 |
| ·DNA 提取和纯化 | 第44页 |
| ·16S rRNA 基因PCR 扩增 | 第44-45页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第45-46页 |
| ·结果与讨论 | 第46-55页 |
| ·基于PMA 和PCR 结合的细菌活细胞检测方法的建立 | 第46-49页 |
| ·基于活细胞的PMA-巢式PCR-DGGE 环境微生物分子生态学研究方法的建立 | 第49-55页 |
| ·本章 小结 | 第55-57页 |
| 第三章 印染废水处理系统中微生物及硫氧化菌群落结构分析 | 第57-88页 |
| ·引言 | 第57-58页 |
| ·材料和方法 | 第58-64页 |
| ·样品采集 | 第58-59页 |
| ·DNA 提取和纯化 | 第59页 |
| ·细菌和古菌16S rRNA 基因PCR 扩增 | 第59-60页 |
| ·细菌和古菌16S rRNA 基因克隆文库构建和限制性片段长度多态性分析（RFLP） | 第60-61页 |
| ·硫氧化细菌功能基因引物设计及PCR 扩增 | 第61-63页 |
| ·硫氧化细菌功能基因克隆文库构建和RFLP 分析 | 第63页 |
| ·DGGE | 第63页 |
| ·序列进化树分析 | 第63-64页 |
| ·核酸序列 | 第64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-85页 |
| ·样品基因组DNA 提取结果 | 第64页 |
| ·细菌和古菌16S rRNA 基因PCR 扩增和克隆文库构建 | 第64-66页 |
| ·细菌和古菌16S rRNA 基因克隆文库限制性片段长度多态性分析 | 第66-68页 |
| ·细菌和古菌克隆文库中16S rRNA 基因序列系统发育分析 | 第68-72页 |
| ·PMA 处理对微生物群落结构的影响 | 第72-73页 |
| ·硫氧化细菌特异引物和功能基因的PCR 扩增 | 第73-74页 |
| ·基于功能基因的硫氧化细菌克隆文库构建和RFLP 分析 | 第74-79页 |
| ·soxB, dsrA 和sqr 克隆文库中soxB, dsrA 和sqr 基因的系统发育分析 | 第79-85页 |
| ·本章 小结 | 第85-88页 |
| 第四章 硫氧化细菌的富集、筛选和鉴定分析 | 第88-104页 |
| ·引言 | 第88-90页 |
| ·材料与方法 | 第90-94页 |
| ·样品 | 第90-91页 |
| ·培养基 | 第91页 |
| ·富集培养和菌株分离 | 第91-92页 |
| ·富集样品总基因组DNA 提取和分离菌株基因组提取 | 第92页 |
| ·富集样品的DGGE 分析 | 第92页 |
| ·分离菌株16S rDNA 鉴定 | 第92页 |
| ·序列进化树分析 | 第92页 |
| ·Na_2S_20_3 和S0_4~(2-)测定方法 | 第92-94页 |
| ·核酸序列 | 第94页 |
| ·结果与讨论 | 第94-102页 |
| ·富集培养 | 第94-95页 |
| ·富集过程中微生物群落结构变化的DGGE 分析 | 第95-97页 |
| ·硫氧化细菌的分离、鉴定和特性研究 | 第97-99页 |
| ·DGGE 图谱上DNA 条带和分离菌株16S rRNA 基因序列系统发育分析 | 第99-102页 |
| ·本章 小结 | 第102-104页 |
| 第五章 硫氧化细菌Halothiobacillus JFA2 的生理生化鉴定及其生物学特性研究 | 第104-124页 |
| ·引言 | 第104页 |
| ·材料与方法 | 第104-108页 |
| ·培养基及菌株JFA2 的活化 | 第104-105页 |
| ·形态鉴定 | 第105页 |
| ·生理生化鉴定 | 第105页 |
| ·生长曲线测定 | 第105页 |
| ·pH、温度、溶氧对生长的影响 | 第105-106页 |
| ·碳源、氮源利用实验 | 第106页 |
| ·金属离子对生长的影响 | 第106页 |
| ·菌株JFA2 的需盐性和耐盐性 | 第106页 |
| ·含硫化合物利用 | 第106-107页 |
| ·菌株JFA2 功能基因的检测 | 第107-108页 |
| ·结果与讨论 | 第108-122页 |
| ·菌株JFA2 16S rRNA 基因鉴定及进化分析 | 第108-109页 |
| ·菌株JFA2 生理生化鉴定 | 第109-110页 |
| ·菌株JFA2 菌落及菌体形态 | 第110-111页 |
| ·菌株JFA2 生长曲线测定 | 第111-113页 |
| ·pH、温度、溶氧对菌株JFA2 生长的影响 | 第113-114页 |
| ·碳源、氮源利用实验 | 第114-116页 |
| ·金属离子对生长的影响 | 第116-118页 |
| ·菌株JFA2 的需盐性和耐盐性 | 第118-119页 |
| ·含硫底物利用 | 第119-120页 |
| ·菌株JFA2 的代谢途径分析 | 第120-122页 |
| ·本章 小结 | 第122-124页 |
| 结论与展望 | 第124-129页 |
| 结论 | 第124-127页 |
| ·基于活细胞的微生物分子生态学方法 | 第124页 |
| ·印染废水处理系统中细菌、古菌和硫氧化菌的群落结构 | 第124-125页 |
| ·硫氧化细菌的富集、筛选和鉴定分析 | 第125-126页 |
| ·菌株JFA2 的生理生化鉴定及其生物学特性 | 第126-127页 |
| 创新性成果 | 第127页 |
| 展望 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-155页 |
| 附录主要实验仪器和试剂 | 第155-158页 |
| 攻读博士/硕士学位期间取得的研究成果 | 第158-160页 |
| 致谢 | 第160-161页 |
| 附件 | 第161页 |
