| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-15页 |
| 第一章 研究背景与文献综述 | 第15-35页 |
| ·DNA分子测序的理论与方法 | 第15-17页 |
| ·引言 | 第15-16页 |
| ·纳米孔中DNA的移位时间与阻断电流 | 第16-17页 |
| ·纳米孔在DNA测序中的应用 | 第17-21页 |
| ·生物纳米孔在DNA测序中的应用 | 第17-20页 |
| ·固态纳米孔在DNA测序中的应用 | 第20-21页 |
| ·杂化纳米孔在DNA测序中的应用 | 第21页 |
| ·石墨烯纳米孔DNA测序 | 第21-25页 |
| ·石墨烯简介 | 第21-23页 |
| ·石墨烯纳米孔在DNA测序中的实验研究 | 第23-24页 |
| ·石墨烯纳米孔在DNA测序中的理论研究 | 第24-25页 |
| ·选题意义和本论文工作 | 第25-28页 |
| ·选题意义 | 第25-26页 |
| ·本论文工作 | 第26-28页 |
| 参考文献 | 第28-35页 |
| 第二章 分子模拟计算研究方法 | 第35-54页 |
| ·引言 | 第35页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第35-41页 |
| ·分子力场 | 第35-38页 |
| ·周期性边界条件 | 第38-40页 |
| ·统计系综 | 第40-41页 |
| ·分子动力学模拟 | 第41-46页 |
| ·基本原理-运动方程 | 第41-42页 |
| ·运动方程求解 | 第42-44页 |
| ·分子动力学轨迹演化及分析 | 第44-46页 |
| ·操控式分子动力学(SMD) | 第46-50页 |
| ·PMF (Potential of Mean Force) | 第46-47页 |
| ·SMD模拟原理 | 第47-50页 |
| 参考文献 | 第50-54页 |
| 第三章 单层石墨烯对DNA测序影响因素的理论研究 | 第54-72页 |
| ·引言 | 第54-55页 |
| ·体系建立 | 第55-57页 |
| ·纳米孔的电阻 | 第57-59页 |
| ·离子浓度的影响 | 第59-62页 |
| ·应用偏压的影响 | 第62-63页 |
| ·理论模型 | 第63-66页 |
| ·小结 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 第四章 DNA片段穿过多层石墨烯的理论研究 | 第72-86页 |
| ·引言 | 第72-73页 |
| ·体系建立 | 第73-74页 |
| ·空置纳米孔的电阻 | 第74-75页 |
| ·石墨烯片层的数量效应 | 第75-77页 |
| ·理论模型 | 第77-79页 |
| ·dA和dT的动力学 | 第79-82页 |
| ·小结 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-86页 |
| 第五章 DNA测序中石墨烯纳米孔构型的影响 | 第86-96页 |
| ·引言 | 第86-87页 |
| ·体系建立 | 第87-88页 |
| ·DNA移位的动力学过程 | 第88-90页 |
| ·碱基的特征峰 | 第90-93页 |
| ·小结 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-96页 |
| 第六章 石墨烯纳米孔中时间分辨的DNA测序 | 第96-107页 |
| ·引言与体系 | 第96-97页 |
| ·孔径对碱基移位行为的影响 | 第97-98页 |
| ·电场力的影响 | 第98-100页 |
| ·保留时间 | 第100-103页 |
| ·小结 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-107页 |
| 第七章 总结和展望 | 第107-110页 |
| ·引言 | 第107页 |
| ·总结 | 第107-108页 |
| ·展望 | 第108-110页 |
| 博士期间的学术研究成果 | 第110-111页 |