| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| ·宏基因组及宏基因组学 | 第12-15页 |
| ·宏基因组与宏基因组学概念 | 第12-13页 |
| ·宏基因组学技术的研究策略 | 第13-15页 |
| ·宏基因组学技术的几方面应用 | 第15-17页 |
| ·用于筛选新的功能基因组 | 第15-16页 |
| ·用于分子生态学研究 | 第16-17页 |
| ·几个宏基因组学的研究热点 | 第17-18页 |
| ·测序技术简介 | 第18-21页 |
| ·第一代测序技术 | 第18-19页 |
| ·第二代测序技术 | 第19页 |
| ·第三代测序技术 | 第19-21页 |
| ·测序技术在宏基因组研究中的应用 | 第21页 |
| ·本文主要的研究内容 | 第21-24页 |
| 第二章 宏基因组中微生物群落鉴定的研究现状 | 第24-36页 |
| ·宏基因组中 DNA 片段的特点 | 第24-25页 |
| ·对宏基因组中 DNA 片段的分类学鉴定要求 | 第25-26页 |
| ·鉴定宏基因组中的微生物群落的系统构成与关键技术 | 第26-27页 |
| ·目前已有的物种特征及鉴定方案 | 第27-34页 |
| ·DNA 片段的物种标签 | 第28-32页 |
| ·特征鉴定方案 | 第32-34页 |
| ·小结 | 第34-36页 |
| 第三章 DNA 片段数字特征提取 | 第36-50页 |
| ·DNA 片段物种标签的研究背景 | 第36-38页 |
| ·特征提取方法 | 第38-44页 |
| ·初始 Genebarcode 的制作 | 第38-39页 |
| ·预处理 | 第39-40页 |
| ·特征提取 | 第40-42页 |
| ·基因间的相似度距离计算 | 第42-44页 |
| ·K-NN 分类方法 | 第44页 |
| ·实验结果及分析 | 第44-48页 |
| ·识别微生物全基因组序列 | 第44-46页 |
| ·识别不同长度的基因组序列 | 第46-47页 |
| ·与其它鉴定系统的性能比较 | 第47-48页 |
| ·小结 | 第48-50页 |
| 第四章 基于双超球 SVDD 推理模型的宏基因组物种多样性鉴定 | 第50-70页 |
| ·SVDD 模型的基本原理 | 第50-55页 |
| ·SVDD 的研究现状 | 第50-51页 |
| ·经典 SVDD 方法的数学理论 | 第51-54页 |
| ·参数选择对 SVDD 方法的影响 | 第54-55页 |
| ·鉴定宏基因组中 DNA 片段的背景及实验构建 | 第55-56页 |
| ·双超球 SVDD 分类推理模型 | 第56-61页 |
| ·提取 DNA 片段的特征向量 | 第56-57页 |
| ·训练阶段 | 第57-58页 |
| ·分类鉴定阶段 | 第58-60页 |
| ·分类精度的测量方法 | 第60-61页 |
| ·实验数据及结果 | 第61-67页 |
| ·训练集合测试集的构建 | 第61-62页 |
| ·参数选择 | 第62-63页 |
| ·分类器性能评估 | 第63-65页 |
| ·与其它分类鉴定平台比较 | 第65-67页 |
| ·小结 | 第67-70页 |
| 第五章 对宏基因组 DNA 片段在种、属分类层次的鉴定 | 第70-88页 |
| ·背景 | 第70-72页 |
| ·加权 SVDD 算法 | 第72-76页 |
| ·计算权重 | 第72-73页 |
| ·特征空间核均值加权 SVDD 模型 | 第73-75页 |
| ·核参数选择及决定函数 | 第75-76页 |
| ·基于 UCI 数据库的实验结果及比较 | 第76-79页 |
| ·实验数据 | 第76-77页 |
| ·不含噪声数据的实验结果 | 第77页 |
| ·含噪声数据的实验结果 | 第77-79页 |
| ·鉴定宏基因组中的 DNA 片段的生物群落 | 第79-87页 |
| ·系统分类流程 | 第79-80页 |
| ·提取 DNA 组成向量 | 第80页 |
| ·决定策略 | 第80-81页 |
| ·分类精度的测量方法 | 第81-82页 |
| ·参数评估与选择 | 第82页 |
| ·鉴定结果 | 第82-87页 |
| ·小结 | 第87-88页 |
| 第六章 结论 | 第88-92页 |
| ·本文的主要工作和取得的研究成果 | 第88-89页 |
| ·进一步拟进行的研究工作 | 第89-90页 |
| ·结束语 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-104页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第104-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |