| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 引言 | 第9-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-29页 |
| ·复杂生命系统研究方法 | 第10-12页 |
| ·系统生物学 | 第10-11页 |
| ·生物信息学 | 第11页 |
| ·网络生物学 | 第11-12页 |
| ·代谢网络研究进展 | 第12-26页 |
| ·代谢网络概述 | 第12页 |
| ·基因组尺度代谢网络构建方法 | 第12-18页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型的初步构建阶段 | 第13-15页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型的手工校正阶段 | 第15-17页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型的转换与模拟 | 第17-18页 |
| ·代谢网络的分析方法 | 第18-20页 |
| ·代谢网络的可视化分析及结构分析 | 第18-19页 |
| ·代谢网络模型的模拟计算的原理和算法 | 第19-20页 |
| ·代谢网络研究设计的技术和软件介绍 | 第20-26页 |
| ·系统生物学标记语言SBML | 第20-23页 |
| ·COBRA工具包 | 第23-25页 |
| ·Perl | 第25页 |
| ·Cytoscape | 第25-26页 |
| ·克雷伯氏菌及其代谢研究进展 | 第26-27页 |
| ·克雷伯氏菌简介 | 第26页 |
| ·克雷伯氏菌代谢途径改造的研究进展 | 第26-27页 |
| ·本论文研究的主要内容及意义 | 第27-29页 |
| 2 克雷伯氏菌代谢网络的重建 | 第29-45页 |
| ·代谢网络重构数据来源介绍 | 第29-34页 |
| ·KEGG PATHWAY数据库 | 第30-31页 |
| ·The KEGG Markup Language | 第31-33页 |
| ·KEGG的数据获取方法 | 第33-34页 |
| ·代谢网络的构建方法 | 第34-41页 |
| ·代谢物网络的重构 | 第39-40页 |
| ·代谢酶网络的重构 | 第40-41页 |
| ·代谢网络的拓扑结构分析 | 第41-44页 |
| ·图的相关术语 | 第41-42页 |
| ·代谢网络的度分布 | 第42页 |
| ·代谢网络的最短路径分布 | 第42-43页 |
| ·代谢网络的聚类分析 | 第43-44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 3 克雷伯氏杆菌代谢网络结构的对比分析 | 第45-49页 |
| ·代谢网络的网络参数比较 | 第45-46页 |
| ·网络的全局拓扑特征比较 | 第45页 |
| ·节点度分布的比较 | 第45-46页 |
| ·克雷伯氏菌与大肠杆菌的不同性质分类的酶的连接度 | 第46页 |
| ·模块化分析比较 | 第46-48页 |
| ·整体上的模块比较 | 第46-47页 |
| ·1,3-丙二醇的关键酶的相邻模块比较 | 第47-48页 |
| ·本章小结 | 第48-49页 |
| 4 基因组尺度代谢网络模型的修正与模拟 | 第49-61页 |
| ·网络模型的转化与修正 | 第49-50页 |
| ·1,3-丙二醇基因工程菌的模拟比较分析 | 第50-56页 |
| ·1,3-丙二醇基因工程菌研究概况 | 第50-51页 |
| ·模拟基因工程菌的模型修改方法 | 第51页 |
| ·基因工程菌的模拟结果与比较 | 第51-56页 |
| ·克雷伯氏菌的1,3-丙二醇生产模拟分析 | 第56-59页 |
| ·本章小结 | 第59-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 附录A 文中所用程序源代码示例 | 第68-72页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |