| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-19页 |
| 1 研究背景 | 第19-31页 |
| ·琼胶与琼脂糖 | 第19页 |
| ·琼胶酶及其分类 | 第19-22页 |
| ·多糖降解酶及分类 | 第19-20页 |
| ·琼胶酶 | 第20页 |
| ·琼胶酶的生物来源 | 第20页 |
| ·琼胶酶的化学分类 | 第20-21页 |
| ·琼胶酶的生物学分类 | 第21-22页 |
| ·琼胶酶的其它分类方法 | 第22页 |
| ·琼胶酶的作用机制 | 第22-23页 |
| ·琼胶酶 GH 模块的功能与机制 | 第22-23页 |
| ·琼胶酶 CBM 的功能与机制 | 第23页 |
| ·琼胶酶系与微生物的组学研究 | 第23-24页 |
| ·琼胶酶的用途 | 第24-25页 |
| ·本文的研究 | 第25-26页 |
| 参考文献 | 第26-31页 |
| 2 Flammeovirga sp. MY04 的分离、鉴定及其胞外琼胶酶系的分析 | 第31-47页 |
| ·材料与试剂 | 第31页 |
| ·材料 | 第31页 |
| ·试剂 | 第31页 |
| ·实验方法 | 第31-35页 |
| ·琼胶酶生产菌的分离与纯化 | 第31-32页 |
| ·琼胶酶生产菌的常规鉴定 | 第32页 |
| ·琼胶酶生产菌的分子鉴定 | 第32-33页 |
| ·菌株多糖利用能力的分析 | 第33页 |
| ·胞外粗酶制剂的制备 | 第33页 |
| ·胞外粗酶对多糖的降解作用分析 | 第33-34页 |
| ·胞外粗酶中琼胶酶系的分析 | 第34页 |
| ·胞外总琼胶酶活性影响因素的分析 | 第34-35页 |
| ·胞外酶降解琼脂糖的产物分析 | 第35页 |
| ·结果与分析 | 第35-44页 |
| ·MY04 菌株的常规生理生化特征 | 第35-37页 |
| ·MY04 菌株的分子鉴定 | 第37页 |
| ·MY04 菌株的多糖利用能力 | 第37-38页 |
| ·MY04 菌株液化琼脂糖的特征 | 第38-39页 |
| ·MY04 胞外酶的多糖降解能力 | 第39-40页 |
| ·MY04 的胞外琼胶酶系 | 第40页 |
| ·MY04 胞外琼胶酶系的常规生化性质 | 第40-42页 |
| ·无机盐 NaCl、CaCl2对胞外琼胶酶活性的影响 | 第42-43页 |
| ·MY04 胞外酶降解琼脂糖后的寡糖类型 | 第43-44页 |
| ·讨论 | 第44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-47页 |
| 3 Flammeovirga sp. MY04 基因组 DNA 文库的构建 | 第47-57页 |
| ·菌株与试剂 | 第47页 |
| ·实验方法 | 第47-53页 |
| ·高分子量基因组 DNA 的制备 | 第47-48页 |
| ·基因组 DNA 降解条件的优化 | 第48-49页 |
| ·降解产物的补平与回收 | 第49-50页 |
| ·回收片断的连接与包装 | 第50-51页 |
| ·包装产物的转染 | 第51-52页 |
| ·文库的分析与保存 | 第52-53页 |
| ·结果与分析 | 第53-56页 |
| ·基因组 DNA 的大小与纯度 | 第53-54页 |
| ·基因组 DNA 不完全降解的最佳条件 | 第54页 |
| ·建库所用的 DNA 片段 | 第54-55页 |
| ·文库的质量和容量 | 第55-56页 |
| ·小结 | 第56页 |
| 主要参考文献 | 第56-57页 |
| 4 基因文库中琼胶酶基因的克隆与序列分析 | 第57-81页 |
| ·材料与试剂 | 第57页 |
| ·材料 | 第57页 |
| ·试剂 | 第57页 |
| ·实验方法 | 第57-60页 |
| ·文库的表达法筛选 | 第57-58页 |
| ·文库中随机克隆的末端测序与分析 | 第58页 |
| ·重要功能基因全长序列的克隆 | 第58-59页 |
| ·重要功能基因的序列分析 | 第59-60页 |
| ·结果与分析 | 第60-78页 |
| ·基因文库中琼胶酶基因的活性筛选 | 第60页 |
| ·基因文库中随机克隆的末端测序 | 第60-61页 |
| ·琼胶酶基因 agaG4 的克隆 | 第61-73页 |
| ·琼胶酶基因agaG4的DNA序列分析 | 第73页 |
| ·琼胶酶AgaG4的蛋白序列分析 | 第73-78页 |
| ·讨论 | 第78-79页 |
| ·小结 | 第79页 |
| 参考文献 | 第79-81页 |
| 5 琼胶酶 AgaG4 的异源表达、产物制备与性质鉴定 | 第81-101页 |
| ·材料与试剂 | 第81页 |
| ·材料 | 第81页 |
| ·试剂 | 第81页 |
| ·实验方法 | 第81-87页 |
| ·琼胶酶基因 agaG4 异源表达的构建 | 第81页 |
| ·琼胶酶基因 agaG4 异源表达条件的优化 | 第81-82页 |
| ·重组蛋白 rAgaG4 包涵体的纯化 | 第82页 |
| ·重组蛋白 rAgaG4 的变性/亲和层析纯化 | 第82-83页 |
| ·重组酶 rAgaG4 的复性 | 第83页 |
| ·重组酶 rAgaG4 底物专一性的分析 | 第83页 |
| ·重组酶 rAgaG4 最适温度的分析 | 第83-84页 |
| ·重组酶 rAgaG4 最适 pH 的分析 | 第84页 |
| ·化合物对重组酶 rAgaG4 活性的影响 | 第84页 |
| ·重组酶 rAgaG4 琼脂糖降解模式的 TLC 分析 | 第84-85页 |
| ·重组酶 rAgaG4 琼脂糖降解最终产物的相对含量及产率分析 | 第85页 |
| ·重组酶 rAgaG4 降解琼脂糖后寡糖终产物的纯化 | 第85-86页 |
| ·寡糖终产物的 MALDI-TOF MS 鉴定 | 第86页 |
| ·寡糖终产物及其 2AB 标记物的 MS/MS 鉴定 | 第86页 |
| ·重组酶 rAgaG4 最小新琼寡糖底物的分析 | 第86页 |
| ·重组酶 rAgaG4 最小寡糖产物产生方式的分析 | 第86-87页 |
| ·结果与分析 | 第87-98页 |
| ·琼胶酶基因 agaG4 的异源表达载体 | 第87-88页 |
| ·基因 agaG4 的异源表达条件 | 第88页 |
| ·重组酶 rAgaG4 的纯化与复性 | 第88-89页 |
| ·重组酶 rAgaG4 的底物专一性 | 第89页 |
| ·重组酶 rAgaG4 的最适温度与温度稳定性 | 第89-90页 |
| ·重组酶 rAgaG4 的最适 pH 与酸碱稳定性 | 第90页 |
| ·化学试剂对重组酶 rAgaG4 酶活的影响 | 第90页 |
| ·重组酶 rAgaG4 的琼脂糖降解方式 | 第90-91页 |
| ·重组酶 rAgaG4 琼脂糖降解终产物的结构鉴定 | 第91-93页 |
| ·寡糖终产物中各寡糖组分的相对含量与产率 | 第93-94页 |
| ·重组酶 rAgaG4 的最小新琼寡糖底物与最小寡糖产物 | 第94-96页 |
| ·重组酶 rAgaG4 最小新琼寡糖产物的产生方式 | 第96-98页 |
| ·讨论 | 第98-99页 |
| ·本章小结 | 第99页 |
| 参考文献 | 第99-101页 |
| 6 琼胶酶 AgaG4 的模块结构与酶学特性的关系探讨 | 第101-113页 |
| ·材料与试剂 | 第101页 |
| ·材料 | 第101页 |
| ·试剂 | 第101页 |
| ·实验方法 | 第101-103页 |
| ·琼胶酶基因 agaG4 截短改造的引物设计 | 第101-102页 |
| ·琼胶酶基因 agaG4 的 PCR 截短改造 | 第102页 |
| ·基因截短体重组表达载体的构建 | 第102页 |
| ·重组截短体蛋白的异源表达、纯化与复性 | 第102页 |
| ·重组截短体蛋白与 rAgaG4 的常规酶学性质比较 | 第102页 |
| ·重组截短体蛋白与 rAgaG4 的琼脂糖降解特性比较 | 第102-103页 |
| ·重组截短体蛋白与 rAgaG4 的寡糖降解特性比较 | 第103页 |
| ·结果与分析 | 第103-112页 |
| ·基因截短体的重组表达载体 | 第103-104页 |
| ·重组截短体蛋白的制备 | 第104-105页 |
| ·重组截短体蛋白与 rAgaG4 的常规酶学性质差异 | 第105-106页 |
| ·重组截短体蛋白与 rAgaG4 琼脂糖降解特性的差异 | 第106-108页 |
| ·重组截短体蛋白与 rAgaG4 新琼寡糖降解特性的差异 | 第108-112页 |
| ·本章小结 | 第112页 |
| 主要参考文献 | 第112-113页 |
| 7 AgaG4 特殊肽段中新琼八糖降解相关位点的分析 | 第113-121页 |
| ·材料与试剂 | 第113页 |
| ·材料 | 第113页 |
| ·试剂 | 第113页 |
| ·实验方法 | 第113-114页 |
| ·琼胶酶 AgaG4 立体结构数据的获得与分析 | 第113页 |
| ·候选位点的基因突变 | 第113-114页 |
| ·重组酶及突变体粗酶的制备 | 第114页 |
| ·粗酶琼脂糖降解产物的比较 | 第114页 |
| ·结果与分析 | 第114-118页 |
| ·特殊肽段中的候选位点 | 第114页 |
| ·候选位点的基因突变 | 第114-116页 |
| ·粗酶的琼脂糖降解产物 | 第116-117页 |
| ·关键位点的构——效关系 | 第117-118页 |
| ·本章小结 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-121页 |
| 8 Flammeovirga sp. MY04 的全基因组序列及其琼胶酶系 | 第121-127页 |
| ·材料 | 第121页 |
| ·实验方法 | 第121-122页 |
| ·基因组序列的全测序、拼接和常规分析 | 第121页 |
| ·基因的预测与注释 | 第121页 |
| ·琼胶酶(系)的筛选与分析 | 第121-122页 |
| ·结果与分析 | 第122-125页 |
| ·MY04 的基因组 | 第122页 |
| ·MY04 的琼胶酶系 | 第122-125页 |
| ·讨论 | 第125页 |
| ·本章小结 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-127页 |
| 全文总结与展望 | 第127-128页 |
| 项目资助 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
| 个人简历 | 第130-131页 |
| 研究成果 | 第131页 |
