| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| ·课题背景 | 第13-14页 |
| ·RNA生物模型 | 第14-20页 |
| ·RNA的组成 | 第14-15页 |
| ·RNA的分类与功能 | 第15-17页 |
| ·RNA的结构特性 | 第17-20页 |
| ·RNA二级结构及其图形表示 | 第20-24页 |
| ·RNA二级结构 | 第20-23页 |
| ·RNA二级结构的图形表示方式 | 第23-24页 |
| ·主要研究内容 | 第24-25页 |
| ·论文结构 | 第25-26页 |
| 第二章 预测RNA二级结构的相关方法 | 第26-44页 |
| ·热力学的最小自由能方法 | 第26-34页 |
| ·RNA二级结构的能量模型 | 第27-31页 |
| ·动态规划算法 | 第31-34页 |
| ·最大碱基配对算法 | 第31-32页 |
| ·最小自由能算法 | 第32-34页 |
| ·比较序列分析的方法 | 第34-35页 |
| ·综合最小自由能和比较序列分析的方法 | 第35页 |
| ·SCFG文法和CM模型 | 第35-42页 |
| ·SCFG文法 | 第35-38页 |
| ·CM模型 | 第38-42页 |
| ·伪结的预测方法 | 第42-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 第三章 利用能量分布密度预测一条RNA序列的二级结构 | 第44-62页 |
| ·配分函数与碱基配对概率 | 第44-49页 |
| ·预测具有最大期望正确率的RNA二级结构 | 第49-50页 |
| ·算法实现 | 第50-52页 |
| ·测试与讨论 | 第52-61页 |
| ·小结 | 第61-62页 |
| 第四章 基于平均最小自由能和协变信息预测包含伪结的同源RNA公共二级结构的迭代化方法 | 第62-76页 |
| ·同源RNA平均最小自由能的计算 | 第62-64页 |
| ·同源RNA协变信息的计算 | 第64-66页 |
| ·利用迭代的方法预测包含伪结的同源RNA公共二级结构 | 第66-68页 |
| ·算法实现 | 第68-70页 |
| ·测试与讨论 | 第70-75页 |
| ·小结 | 第75-76页 |
| 第五章 结论与展望 | 第76-81页 |
| ·结论 | 第76-77页 |
| ·展望 | 第77-81页 |
| 致谢 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-89页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第89页 |
