| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 1 前言 | 第7-19页 |
| ·比较基因组的提出 | 第7页 |
| ·标记水平上的共线性 | 第7-9页 |
| ·共线性存在的证据 | 第7-8页 |
| ·共线性的启示 | 第8-9页 |
| ·标记水平共线性的局限 | 第9页 |
| ·序列水平上的共线性 | 第9-10页 |
| ·单子叶和双子叶植物间的共线性 | 第10页 |
| ·基因组结构和进化机理 | 第10-11页 |
| ·禾本科植物基因组的结构 | 第10-11页 |
| ·比较基因组是研究基因组进化的有力工具 | 第11页 |
| ·玉米基因组学 | 第11-17页 |
| ·玉米遗传图谱和物理图谱的整合(iMap) | 第12-14页 |
| ·遗传图谱 | 第12页 |
| ·物理图谱 | 第12页 |
| ·整合图谱(iMap) | 第12-13页 |
| ·生物信息工具 | 第13-14页 |
| ·玉米基因组计划 | 第14-16页 |
| ·玉米基因组测序进展 | 第14页 |
| ·几个主要的玉米相关数据库 | 第14-16页 |
| ·玉米基因或QTL的图位克隆 | 第16-17页 |
| ·QTL的比较研究 | 第17-19页 |
| 2 玉米本地化生物信息库的构建 | 第19-25页 |
| ·目的和意义 | 第19页 |
| ·方法和结果 | 第19-25页 |
| ·数据库体系的建立 | 第19页 |
| ·生物信息和生物信息软件 | 第19-23页 |
| ·建设网站 | 第19-20页 |
| ·BLAST | 第20页 |
| ·CMap | 第20-22页 |
| ·SSR finder | 第22-23页 |
| ·未来的发展 | 第23-25页 |
| 3 玉米序列的电子定位 | 第25-31页 |
| ·研究意义 | 第25页 |
| ·定位方法 | 第25-27页 |
| ·通过MaizeGDB的BLAST软件直接定位 | 第25-26页 |
| ·利用BES(BAC-end sequence)序列定位 | 第26页 |
| ·利用MAGI或AZM序列定位 | 第26-27页 |
| ·利用水稻序列进行比较定位 | 第27页 |
| ·定位方法的应用及评价 | 第27-31页 |
| ·文库克隆序列定位 | 第27-29页 |
| ·Mu插入靶位点序列定位 | 第29-31页 |
| 4 QTL的整合、比较和元分析 | 第31-61页 |
| ·目的和意义 | 第31页 |
| ·方法： | 第31-39页 |
| ·玉米QTL定位信息的整合 | 第31-33页 |
| ·玉米QTL定位信息的收集 | 第31页 |
| ·玉米QTL定位信息的整合 | 第31-32页 |
| ·玉米QTL综合图的制作 | 第32-33页 |
| ·玉米株高相关QTL的优化(refinement) | 第33-38页 |
| ·株高相关QTL的收集 | 第33页 |
| ·QTL的映射(projection) | 第33-34页 |
| ·QTL的优化(refinement) | 第34-38页 |
| ·玉米株高相关基因的整合 | 第38页 |
| ·水稻株高相关基因的比较定位 | 第38-39页 |
| ·结果 | 第39-57页 |
| ·1201个玉米QTL的综合图谱 | 第39-51页 |
| ·基于综合图谱的玉米和水稻的比较研究 | 第51-54页 |
| ·玉米和水稻株高相关基因的整合 | 第54-55页 |
| ·玉米“真实”QTL与玉米和水稻基因的一致性 | 第55-57页 |
| ·讨论： | 第57-61页 |
| ·玉米QTL整合图谱对MAS实践的指导意义 | 第57页 |
| ·选用IBM2 Neighbors为本研究参考图谱的若干思考 | 第57-58页 |
| ·玉米QTL的分布 | 第58页 |
| ·QTL优化 | 第58-59页 |
| ·通过“真实”QTL与玉米和水稻基因比较为QTL克隆提供候选基因 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
