| 第一章 绪论 | 第1-19页 |
| ·研究背景与意义 | 第13-15页 |
| ·国内外相关领域研究 | 第15-17页 |
| ·主要研究内容 | 第17-19页 |
| ·研究内容 | 第17-18页 |
| ·研究创新点 | 第18-19页 |
| 第二章 元胞自动机及其粗粒化的理论与方法 | 第19-39页 |
| ·元胞自动机基本理论与方法 | 第19-28页 |
| ·元胞自动机的构成及其特征 | 第19-24页 |
| ·元胞自动机的分类 | 第24-25页 |
| ·新型元胞自动机 | 第25-27页 |
| ·元胞自动机的应用 | 第27-28页 |
| ·元胞自动机粗粒化概念与方法 | 第28-34页 |
| ·粗粒化概念 | 第29-30页 |
| ·一维粗粒化元胞自动机理论与方法 | 第30-34页 |
| ·局部粗粒化元胞自动机 | 第30-31页 |
| ·粗粒化过程 | 第31-32页 |
| ·粗粒化实例 | 第32-33页 |
| ·相关和不相关自由度 | 第33-34页 |
| ·多维粗粒化元胞自动机 | 第34-37页 |
| ·多维元胞自动机粗粒化的引入 | 第34-35页 |
| ·多维元胞自动机粗粒化方法 | 第35-37页 |
| ·本章小结 | 第37-39页 |
| 第三章 基于粗粒化元胞自动机的基因序列可视化模型 | 第39-65页 |
| ·基因序列可视化方法 | 第39-43页 |
| ·基因序列二维可视化方法 | 第40页 |
| ·三维空间轨迹基因序列可视化方法 | 第40-41页 |
| ·DNA序列的 Z曲线可视化 | 第41-43页 |
| ·氨基酸数字编码模型 | 第43-49页 |
| ·氨基酸编码 | 第43-44页 |
| ·现有的氨基酸数字编码模型 | 第44-45页 |
| ·考虑物理化学特性的氨基酸数字编码 | 第45-49页 |
| ·相似规则和互补规则 | 第45-46页 |
| ·分子识别理论 | 第46-47页 |
| ·优化的氨基酸数字编码 | 第47-49页 |
| ·基于粗粒化元胞自动机的序列可视化模型 | 第49-60页 |
| ·基因序列时空演化 | 第50-52页 |
| ·规则粗粒化 | 第52页 |
| ·图像生成 | 第52-53页 |
| ·图像压缩 | 第53-54页 |
| ·模型特点 | 第54-60页 |
| ·元胞自动机184号规则的特点分析 | 第60-63页 |
| ·本章小结 | 第63-65页 |
| 第四章 生物信息序列可视化模型应用研究 | 第65-97页 |
| ·基于粗粒化元胞自动机基因序列可视化模型的SARS序列分析 | 第65-74页 |
| ·SARS冠状病毒 | 第66-67页 |
| ·SARS序列CA图的特点 | 第67-68页 |
| ·SARS序列局部对称性 | 第68-71页 |
| ·SARS起源初探 | 第71-74页 |
| ·AT含量图 | 第72-73页 |
| ·结果与分析 | 第73-74页 |
| ·基于粗粒化元胞自动机的蛋白质亚细胞定位预测 | 第74-88页 |
| ·蛋白质亚细胞定位预测现状 | 第75-77页 |
| ·基于CA图的蛋白质亚细胞定位 | 第77-86页 |
| ·基于CA图的伪氨基酸成分 | 第77-80页 |
| ·ProtLock算法 | 第80-81页 |
| ·扩大的协方差判别式算法 | 第81-83页 |
| ·结果与分析 | 第83-86页 |
| ·测试训练集 | 第83-84页 |
| ·Self-consistency 和 Jackknife tests | 第84页 |
| ·Independent dataset test | 第84-86页 |
| ·基于CA图与随机信号分析方法的蛋白质亚细胞定位 | 第86-88页 |
| ·基于粗粒化元胞自动机的蛋白质二级结构类型预测 | 第88-95页 |
| ·蛋白质二级结构类型 | 第88-89页 |
| ·蛋白质二级结构预测方法 | 第89-90页 |
| ·基于元胞自动机的蛋白质二级结构预测 | 第90-95页 |
| ·基于疏水性的氨基酸数字编码模型 | 第90-91页 |
| ·预测方法 | 第91-92页 |
| ·结果分析 | 第92-95页 |
| ·测试数据集 | 第92-93页 |
| ·Jackknife Test | 第93-95页 |
| ·本章小结 | 第95-97页 |
| 第五章 基因突变对复制率的影响模型 | 第97-115页 |
| ·病毒及病毒突变对复制率的影响 | 第99-103页 |
| ·乙肝病毒 | 第99-100页 |
| ·乙肝病毒的基因突变 | 第100-103页 |
| ·乙肝病毒突变对复制率影响模型 | 第103-113页 |
| ·比对图生成 | 第103-104页 |
| ·乙肝基因错义突变对复制率影响预测 | 第104-105页 |
| ·结果与分析 | 第105-113页 |
| ·测试数据库 | 第105-108页 |
| ·测试方法 | 第108页 |
| ·结果与分析 | 第108-113页 |
| ·对其他突变对复制率影响的预测 | 第113-114页 |
| ·本章小结 | 第114-115页 |
| 第六章 基于粗粒化元胞自动机的乙肝病毒感染动力学模型 | 第115-147页 |
| ·现有病毒感染细胞动力学模型 | 第116-122页 |
| ·偏微分方程模型 | 第116-119页 |
| ·改进性偏微分方程模型 | 第119-121页 |
| ·HIV病毒动力学元胞自动机模型 | 第121-122页 |
| ·基于概率元胞自动机乙肝病毒感染细胞动力学模型 | 第122-136页 |
| ·采用概率元胞自动机建模的优缺点 | 第123-124页 |
| ·London-Blumberg模型 | 第124-125页 |
| ·基于概率元胞自动机乙肝病毒感染细胞动力学模型建立 | 第125-129页 |
| ·模型元胞状态 | 第125-126页 |
| ·模型演化规则 | 第126-129页 |
| ·模型仿真结果 | 第129-133页 |
| ·模型参数值 | 第129-131页 |
| ·乙肝感染传播方式 | 第131-133页 |
| ·模型参数病毒感染对动力学影响 | 第133-136页 |
| ·感染 R细胞感染率 INTECT_RETE_R | 第133-134页 |
| ·感染 S细胞感染率 INTECT_RETE_S | 第134页 |
| ·感染 R细胞生命周期 INFECTED_R_LIFESPAN | 第134-135页 |
| ·感染 S细胞生命周期 INFECTED_R_LIFESPAN | 第135-136页 |
| ·基于概率粗粒化元胞自动机药物治疗乙肝动力学模型 | 第136-145页 |
| ·概率粗粒化元胞自动机 | 第137-138页 |
| ·模型结构 | 第138-139页 |
| ·模型演化规则 | 第139-140页 |
| ·模型仿真结果 | 第140-142页 |
| ·药物治疗效果模拟 | 第142-145页 |
| ·本章小结 | 第145-147页 |
| 第七章 总结与展望 | 第147-150页 |
| 参考文献 | 第150-162页 |
| 攻读博士学位期间发表、录用或完成的学术论文 | 第162-163页 |
| 攻读博士学位期间参加的科研项目 | 第163页 |
| 攻读博士期间获奖情况 | 第163-164页 |
| 致谢 | 第164页 |
