| 前言 | 第1-16页 |
| 第一章 养殖场、屠宰场及肉食品大肠杆菌耐药性调查研究 | 第16-61页 |
| 1 材料与方法 | 第16-21页 |
| 1．1 材料 | 第16-18页 |
| 1．1．1 样本 | 第16-17页 |
| 1．1．1．1 养殖场 | 第16页 |
| 1．1．1．2 猪屠宰场 | 第16-17页 |
| 1．1．1．3 市售鲜肉及卤烤肉 | 第17页 |
| 1．1．1．4 普通健康人群 | 第17页 |
| 1．1．2 培养基、细菌生化鉴定管、药敏纸片及其它试剂 | 第17页 |
| 1．1．2．1 培养基 | 第17页 |
| 1．1．2．2 细菌生化鉴定管 | 第17页 |
| 1．1．2．3 药敏纸片 | 第17页 |
| 1．1．3 标准菌株 | 第17页 |
| 1．1．4 主要仪器与设备 | 第17-18页 |
| 1．2 方法 | 第18-21页 |
| 1．2．1 样本采集 | 第18页 |
| 1．2．2 细菌分离、鉴定与保存 | 第18页 |
| 1．2．2．1 大肠杆菌随机分离 | 第18页 |
| 1．2．2．2 细菌鉴定 | 第18页 |
| 1．2．2．3 细菌保存 | 第18页 |
| 1．2．3 FQs耐药大肠杆菌携带率调查 | 第18-19页 |
| 1．2．4 FQs耐药大肠杆菌筛选分离 | 第19页 |
| 1．2．5 大肠杆菌分离菌株对21种抗菌药物体外敏感性测定 | 第19-21页 |
| 1．2．5．1 菌株样本 | 第19页 |
| 1．2．5．2 纸片质控 | 第19页 |
| 1．2．5．3 细菌药敏试验 | 第19页 |
| 1．2．5．4 细菌药敏试验结果判定 | 第19-20页 |
| 1．2．5．5 细菌药物敏感性统计及耐药性比较 | 第20-21页 |
| 2 结果与分析 | 第21-59页 |
| 2．1 标本收集及菌株分离结果 | 第21-23页 |
| 2．1．1 养猪场 | 第21页 |
| 2．1．2 养鸡场 | 第21页 |
| 2．1．3 奶牛场 | 第21-22页 |
| 2．1．4 猪屠宰场 | 第22页 |
| 2．1．5 市售鲜肉及卤烤肉 | 第22页 |
| 2．1．6 健康普通人群 | 第22-23页 |
| 2．2 养殖场抗菌药物使用情况 | 第23-24页 |
| 2．2．1 养猪场 | 第23页 |
| 2．2．2 养鸡场 | 第23-24页 |
| 2．2．3 奶牛场 | 第24页 |
| 2．3 分离大肠杆菌对21种抗菌药物的体外敏感性 | 第24-33页 |
| 2．3．1 养猪场 | 第24-25页 |
| 2．3．2 养鸡场 | 第25页 |
| 2．3．3 奶牛场 | 第25页 |
| 2．3．4 猪屠宰场分离大肠杆菌的敏感试验结果 | 第25-26页 |
| 2．3．5 市售鲜肉及肉制品分离大肠杆菌的敏感试验结果 | 第26页 |
| 2．3．6 普通健康人群分离大肠杆菌的敏感试验结果 | 第26-33页 |
| 2．4 不同来源大肠杆菌对21种抗菌药物耐药性比较分析 | 第33-40页 |
| 2．4．1 鸡群、猪群及牛群分离大肠杆菌耐药性比较 | 第33页 |
| 2．4．2 幼龄禽／畜与大龄禽／畜分离大肠杆菌耐药性比较 | 第33-35页 |
| 2．4．3 用药禽／畜群与未用药禽畜群分离大肠杆菌耐药性比较 | 第35-36页 |
| 2．4．4 养殖场动物、饲养员、环境分离大肠杆菌耐药性比较 | 第36-38页 |
| 2．4．5 猪宰前、宰后及屠宰加工人员分离大肠杆菌耐药性比较 | 第38页 |
| 2．4．6 适龄上市食用动物与市售鲜肉分离大肠杆菌耐药性比较 | 第38-39页 |
| 2．4．7 饲养员、屠宰人员及普通人群分离大肠杆菌耐药性比较 | 第39-40页 |
| 2．5 不同来源大肠杆菌对9类抗菌药物耐药谱的比较分析 | 第40-52页 |
| 2．5．1 猪场Ⅰ | 第41页 |
| 2．5．2 猪场Ⅱ | 第41页 |
| 2．5．3 猪场Ⅲ | 第41-42页 |
| 2．5．4 种鸡场 | 第42页 |
| 2．5．5 奶牛场 | 第42-43页 |
| 2．5．6 猪屠宰场 | 第43页 |
| 2．5．7 鲜肉与熟肉食品 | 第43-44页 |
| 2．5．8 三类人群 | 第44-52页 |
| 2．6 不同来源大肠杆菌多重耐药分析 | 第52-56页 |
| 2．6．1 鸡群、猪群及奶牛群分离大肠杆菌多重耐药比较 | 第52-55页 |
| 2．6．2 三类人群分离大肠杆菌多重耐药比较 | 第55-56页 |
| 2．7 养殖场FREC携带率调查及FREC与FSEC菌株耐药性比较 | 第56-59页 |
| 3 本章小结 | 第59-61页 |
| 第二章 猪场大肠杆菌整合子／耐药基因盒分子流行病学研究 | 第61-91页 |
| 1 材料与方法 | 第61-71页 |
| 1．1 材料 | 第61-63页 |
| 1．1．1 菌株 | 第61页 |
| 1．1．2 试剂 | 第61-63页 |
| 1．1．2．1 培养基配制 | 第61-62页 |
| 1．1．2．2 缓冲液及其它试剂配制 | 第62页 |
| 1．1．2．3 酶试剂 | 第62页 |
| 1．1．2．4 克降载体 | 第62-63页 |
| 1．1．2．5 DNA分子量标准 | 第63页 |
| 1．1．2．6 分子生物学试剂盒 | 第63页 |
| 1．1．2．7 其它试剂 | 第63页 |
| 1．1．3 主要设备及仪器 | 第63页 |
| 1．2 方法 | 第63-71页 |
| 1．2．1 菌株的收集、分离与鉴定 | 第63页 |
| 1．2．2 菌株体外抗菌药物敏感性试验 | 第63-64页 |
| 1．2．3 PCR检测Ⅰ型整合子及基因盒 | 第64-67页 |
| 1．2．3．1 引物设计及合成 | 第64页 |
| 1．2．3．2 PCR模板的制备 | 第64-66页 |
| 1．2．3．2．1 细菌总DNA的提取 | 第64-65页 |
| 1．2．3．2．2 细菌质粒DNA的提取 | 第65-66页 |
| 1．2．3．3 PCR | 第66-67页 |
| 1．2．3．3．1 整合酶基因PCR反应体系及PCR反应条件 | 第66页 |
| 1．2．3．3．2 基因盒插入区PCR及降落PCR反应条件 | 第66-67页 |
| 1．2．3．3．3 菌落PCR | 第67页 |
| 1．2．3．3．4 菌体总DNA模板PCR | 第67页 |
| 1．2．3．3．5 质粒模板PCR | 第67页 |
| 1．2．4 PCR产物电泳分析及回收 | 第67-69页 |
| 1．2．4．1 电泳分析 | 第67-68页 |
| 1．2．4．2 基因盒插入区PCR产物的回收 | 第68-69页 |
| 1．2．5 基因盒插入区目的片段的连接及转化 | 第69-70页 |
| 1．2．5．1 目的片段与克隆载体的连接 | 第69页 |
| 1．2．5．2 感受态细胞的制备 | 第69页 |
| 1．2．5．3 重组质粒的转化 | 第69-70页 |
| 1．2．5．4 目的片段成功克隆的确认 | 第70页 |
| 1．2．5．4．1 阳性转化子菌落PCR鉴定 | 第70页 |
| 1．2．5．4．2 重组质粒PCR鉴定 | 第70页 |
| 1．2．6 基因盒插入区片段的测序 | 第70页 |
| 1．2．7 同类大小基因盒插入区片段的酶谱分析 | 第70页 |
| 1．2．8 基因盒插入区片段核苷西酸序列与登录基因盒序列及其翻译蛋白氨基酸序列比较 | 第70-71页 |
| 2 结果与分析 | 第71-90页 |
| 2．1 整合子、耐药基因盒调查方法的选择及Ⅰ型整合子检测结果 | 第71-73页 |
| 2．1．1 菌落PCR、降落PCR与常规PCR结果的比较 | 第71-72页 |
| 2．1．2 猪场大肠杆菌Ⅰ型整合子检出情况 | 第72-73页 |
| 2．2 基因盒插入区PCR扩增结果及猪场大肠杆菌Ⅰ型整合子流行种类 | 第73-81页 |
| 2．2．1 猪场分离大肠杆菌Ⅰ型整合子基因盒插入区PCR扩增结果 | 第73页 |
| 2．2．2 各种基因盒插入区片段测序及酶切图谱分析 | 第73-75页 |
| 2．2．3 猪场分离大肠杆菌各种Ⅰ型整合子的流行情况 | 第75-77页 |
| 2．2．4 不同来源大肠杆菌Ⅰ型整合子的流行情况 | 第77-79页 |
| 2．2．5 菌株多重耐药、耐药谱与整合子／耐药基因盒的流行病学关系 | 第79-81页 |
| 2．3 猪场大肠杆菌流行的各种Ⅰ型整合子整合的耐药基因 | 第81-90页 |
| 2．3．1 插入基因盒与genbank数据库中登录的相近基因盒的同源性比较 | 第81-85页 |
| 2．3．2 猪场大肠杆菌流行的各类耐药基因盒亲缘关系分析 | 第85-86页 |
| 2．3．3 猪场大肠杆菌流行的各种Ⅰ型整合子模式图 | 第86-90页 |
| 3 本章小结 | 第90-91页 |
| 第三章 广东地区动物源大肠杆菌耐药性及Ⅰ型整合子／基因盒分子流行病学的讨论 | 第91-99页 |
| 3．1 养殖场抗菌药物的使用与动物源细菌耐药性的关系 | 第91-93页 |
| 3．2 动物源耐药菌的扩散及向人体的传播 | 第93-94页 |
| 3．3 细菌耐药性扩散机制的研究及整合子-基因盒系统 | 第94-95页 |
| 3．4 猪场大肠杆菌Ⅰ型整合子及耐药基因盒的流行病学 | 第95-97页 |
| 3．5 整合子及基因盒的检测方法 | 第97-99页 |
| 结论 | 第99-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-107页 |
| 英文摘要 | 第107-110页 |
| 附录Ⅰ 文献综述 | 第110-133页 |
| 附录Ⅱ 各种Ⅰ型整合子插入基因盒与genbank数据库中登录基因盒同源性比较 | 第133-172页 |
| 附录Ⅲ 各类基因盒插入区扩增片段测序图 | 第172-199页 |
| 附录Ⅳ 攻读博士学位期间论文发表情况及获奖情况 | 第199页 |
