| 中文摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| Abbreviatioms | 第17-18页 |
| 第一部分 文献综述 | 第18-60页 |
| 第一章 小鹅瘟(GP)研究进展 | 第18-32页 |
| 1 GP概述 | 第18-27页 |
| ·鹅细小病毒(GPV)的病原学特性 | 第18-22页 |
| ·GPV的分类地位 | 第18-20页 |
| ·GPV的理化特性 | 第20页 |
| ·GPV的血凝特性 | 第20-21页 |
| ·GPV的血清类型 | 第21页 |
| ·GPV的分离培养 | 第21-22页 |
| ·GP流行病学、临床及病理学特性 | 第22-25页 |
| ·GP流行病学特性 | 第22页 |
| ·GP的临床学特征 | 第22-23页 |
| ·GP的病理学特征 | 第23-25页 |
| ·GP的诊断 | 第25-26页 |
| ·病毒分离 | 第25页 |
| ·血清学诊断方法 | 第25-26页 |
| ·分子生物学诊断 | 第26页 |
| ·GP的防治 | 第26-27页 |
| ·预防 | 第26-27页 |
| ·治疗 | 第27页 |
| 2 GPV的分子生物学研究进展 | 第27-32页 |
| ·GPV毒粒结构 | 第27页 |
| ·GPV基因组结构 | 第27-28页 |
| ·GPV的转录与复制 | 第28-30页 |
| ·GPV结构蛋白 | 第30-31页 |
| ·GPV非结构蛋白 | 第31-32页 |
| 第二章 消化道菌群结构解析方法的研究进展 | 第32-60页 |
| 1 消化道菌群结构传统的解析方法 | 第32-38页 |
| ·分离技术 | 第32-34页 |
| ·非选择性方法 | 第32-33页 |
| ·选择性方法 | 第33-34页 |
| ·鉴定方法 | 第34-38页 |
| ·培养后的理化鉴定方法 | 第34-35页 |
| ·直接理化鉴定方法 | 第35-38页 |
| 2 消化道菌群结构的现代分子解析方法 | 第38-60页 |
| ·基因序列分析技术 | 第40-44页 |
| ·16SrRNA基因序列分析 | 第40-42页 |
| ·ITS序列分析 | 第42-43页 |
| ·recA基因序列分析 | 第43-44页 |
| ·表型指纹图谱分析 | 第44页 |
| ·基因型指纹图谱分析 | 第44-48页 |
| ·菌落核酸杂交 | 第45-46页 |
| ·脉冲场凝胶电泳 | 第46-47页 |
| ·核型分析 | 第47页 |
| ·16S rDNA基因的限制性片段长度多态性 | 第47-48页 |
| ·依赖于PCR的基因指纹图谱技术 | 第48-60页 |
| ·单链构象多态性技术 | 第48-49页 |
| ·16SrDNA的随机扩增多态性指纹图谱 | 第49-50页 |
| ·ERIC-PCR技术 | 第50页 |
| ·温度梯度凝胶电泳和变性梯度凝胶电泳技术 | 第50-60页 |
| 第二部分 实验研充 | 第60-144页 |
| 第三章 FQ-PCR检测鹅细小病毒在不同感染途径雏鹅体内侵染规律的研究 | 第60-78页 |
| 1 试验材料 | 第61-63页 |
| ·质粒与菌(毒)株 | 第61-62页 |
| ·试验动物 | 第62页 |
| ·试剂 | 第62页 |
| ·仪器及耗材 | 第62-63页 |
| ·主要试剂的配制 | 第63页 |
| 2 试验方法 | 第63-67页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA方法的建立 | 第63-65页 |
| ·引物设计与合成 | 第63-64页 |
| ·标准品的制备与鉴定 | 第64页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA反应条件的优化 | 第64页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA方法的灵敏性分析 | 第64-65页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA特异性的确定 | 第65页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA方法的重复性分析 | 第65页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA标准曲线的建立 | 第65页 |
| ·试验动物分组和处理 | 第65页 |
| ·样品采集部位和处理方法 | 第65-66页 |
| ·模板DNA的抽提 | 第66-67页 |
| ·组织中GPVDNA的抽提 | 第66页 |
| ·血液中GPVDNA的抽提 | 第66-67页 |
| ·样品的检测分析 | 第67页 |
| 3 试验结果 | 第67-74页 |
| ·标准阳性模板质粒DNA浓度的测定 | 第67页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA的反应条件 | 第67-69页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA方法的灵敏性 | 第69-70页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA方法的特异性 | 第70-71页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA方法的重复性 | 第71页 |
| ·FQ-PCR检测GPV DNA的标准曲线 | 第71-72页 |
| ·小鹅瘟强毒株在雏鹅体内分布规律的检测结果 | 第72-74页 |
| 4 讨论 | 第74-76页 |
| 5 小结 | 第76-78页 |
| 第四章 鹅消化道菌群分析技术PCR-DGGE方法的建立 | 第78-97页 |
| 1 试验材料 | 第79-81页 |
| ·试验动物和样品采集及处理方法 | 第79页 |
| ·主要试剂 | 第79页 |
| ·主要仪器 | 第79-80页 |
| ·溶液配制 | 第80-81页 |
| 2 试验方法 | 第81-84页 |
| ·肠道细菌总DNA的提取 | 第81-82页 |
| ·肠道细菌总DNA的纯度测定 | 第82页 |
| ·肠道细菌总DNA的质量测定 | 第82页 |
| ·PCR扩增细菌16SrRNA变异区 | 第82-83页 |
| ·DGGE分析 | 第83-84页 |
| ·制备变性梯度胶 | 第83-84页 |
| ·电泳 | 第84页 |
| ·染色 | 第84页 |
| ·成像与分析 | 第84页 |
| 3 试验结果 | 第84-93页 |
| ·GPV感染鹅临床观察 | 第84-85页 |
| ·样品微生物总DNA的提取 | 第85-86页 |
| ·样品DNA溶液在不同波长下的吸光值 | 第86-87页 |
| ·细菌基因组总DNA 16S rDNA V3区扩增 | 第87页 |
| ·细菌基因组16S rDNA V3区扩增DNA片段DGGE分析 | 第87-93页 |
| ·正常对照组细菌群落变化 | 第87-88页 |
| ·小鹅瘟病毒注射感染组雏鹅各肠段细菌群落的变化 | 第88-90页 |
| ·口服小鹅瘟病毒组雏鹅各肠段的细菌群落变化 | 第90-91页 |
| ·小鹅瘟病毒滴鼻感染组雏鹅各肠段的细菌群落变化 | 第91-93页 |
| 4 讨论 | 第93-95页 |
| ·在DGGE分析中,PCR反应的优化 | 第93-94页 |
| ·小鹅瘟病毒对肠道微生物群落变化的影响 | 第94-95页 |
| 5 小结 | 第95-97页 |
| 第五章 16S RRNA基因序列技术分析不同途径感染GPV后鹅消化道菌群结构变化 | 第97-109页 |
| 1 试验材料 | 第97-99页 |
| ·试验样品 | 第97-98页 |
| ·主要仪器 | 第98页 |
| ·主要试剂 | 第98-99页 |
| 2 试验方法 | 第99-102页 |
| ·核酸提取 | 第99页 |
| ·PCR反应及产物的纯化 | 第99-100页 |
| ·16S rDNA克隆及插入子的检测 | 第100-102页 |
| ·PCR产物与pMD 18-T载体的连接 | 第100页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第100-101页 |
| ·快速质粒转化方法 | 第101页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第101-102页 |
| ·插入子的检测 | 第102页 |
| ·PCR产物的DGGE图谱分析和阳性克隆序列分析及进化树的建立 | 第102页 |
| 3 结果与分析 | 第102-105页 |
| ·PCR反应及产物的琼脂糖检测 | 第102-103页 |
| ·肠道细菌基因组16S rDNA序列分析 | 第103页 |
| ·优势菌进化树分析 | 第103-105页 |
| 4 讨论 | 第105-107页 |
| 5 小结 | 第107-109页 |
| 第六章 ERIC-PCR技术研究感染小鹅瘟病毒后鹅消化道杆菌菌群结构多样性的动态变化规律 | 第109-121页 |
| 1 试验材料 | 第109-110页 |
| ·种毒、试验鹅及试剂 | 第109-110页 |
| ·主要仪器 | 第110页 |
| ·主要试剂的配制 | 第110页 |
| 2 试验方法 | 第110-112页 |
| ·试验动物和样品采集及处理方法 | 第110-111页 |
| ·细菌总DNA的抽提 | 第111页 |
| ·引物合成 | 第111页 |
| ·ERIC-PCR的反应体系和反应条件 | 第111页 |
| ·肠道菌群ERIC-PCR的检测分析 | 第111页 |
| ·ERIC-PCR图谱分析 | 第111-112页 |
| 3 结果与分析 | 第112-117页 |
| ·临床健康鹅各肠段杆菌菌群ERIC-PCR结构特征 | 第112-113页 |
| ·注射感染GPVCH_V株鹅各肠段杆菌菌群ERIC-PCR结构特征 | 第113-114页 |
| ·滴鼻感染GPVCH_V株鹅各肠段杆菌菌群ERIC-PCR结构特征 | 第114-115页 |
| ·口服感染GPVCH_V株鹅各肠段杆菌菌群ERIC-PCR结构特征 | 第115-117页 |
| 4 讨论 | 第117-119页 |
| ·肠道杆菌菌群结构多样性ERIC-PCR的研究方法 | 第117-118页 |
| ·肠道内正常杆菌菌群的分布及其稳定性 | 第118页 |
| ·GPVCH_V株感染鹅肠道杆菌菌群结构的演替规律 | 第118-119页 |
| 5 小结 | 第119-121页 |
| 第七章 FQ-PCR对小鹅瘟病毒不同途径感染鹅消化道内4种代表菌数量变化规律的解析 | 第121-144页 |
| 1 试验材料 | 第122-123页 |
| ·试验动物和样品采集及处理方法 | 第122页 |
| ·毒株及菌株 | 第122页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第122-123页 |
| ·实验试剂的配制 | 第123页 |
| 2 试验方法 | 第123-129页 |
| ·样品中菌群总DNA模板的提取 | 第123页 |
| ·标准菌株的培养 | 第123-124页 |
| ·标准菌株基因组的提取 | 第124页 |
| ·引物与探针的设计 | 第124-127页 |
| ·大肠杆菌属的引物与探针 | 第124-125页 |
| ·双歧杆菌的引物与探针 | 第125-126页 |
| ·乳酸杆菌属的引物与探针 | 第126页 |
| ·芽孢杆菌属的引物与探针 | 第126-127页 |
| ·标准品制备所用引物 | 第127页 |
| ·标准品的制备及鉴定 | 第127-128页 |
| ·实时荧光定量PCR标准曲线的建立及线性范围的确定 | 第128-129页 |
| ·大肠杆菌属 | 第128页 |
| ·双歧杆菌属 | 第128页 |
| ·乳酸杆菌属 | 第128-129页 |
| ·芽孢杆菌属 | 第129页 |
| ·实时荧光定量PCR解析各样品中特定菌属菌群结构 | 第129页 |
| 3 结果与分析 | 第129-139页 |
| ·标准品制备与鉴定 | 第129-131页 |
| ·大肠杆菌属常规PCR产物 | 第129-130页 |
| ·双歧杆菌、芽孢杆菌属常规PCR产物 | 第130-131页 |
| ·乳酸杆菌属常规PCR产物 | 第131页 |
| ·标准曲线 | 第131-135页 |
| ·大肠杆菌属FQ-PCR标准曲线 | 第131-132页 |
| ·双歧杆菌属FQ-PCR标准曲线 | 第132-133页 |
| ·乳酸杆菌属FQ-PCR标准曲线 | 第133-134页 |
| ·芽孢杆菌属FQ-PCR标准曲线 | 第134-135页 |
| ·实时荧光定量PCR(FQ-PCR)对鹅消化道内菌群的定量检测 | 第135-139页 |
| ·FQ-PCR对鹅消化道内大肠杆菌属菌群的定量检测 | 第135页 |
| ·FQ-PCR对鹅消化道内双歧杆菌属菌群的定量检测 | 第135-138页 |
| ·FQ-PCR对鹅消化道内乳酸杆菌属菌群的定量检测 | 第138页 |
| ·FQ-PCR对鹅消化道内芽孢杆菌属菌群的定量检测 | 第138-139页 |
| 4 讨论 | 第139-142页 |
| ·FQ-PCR对细菌在机体内增殖分布规律研究的优越性 | 第139页 |
| ·消化道内正常菌群的分布及其生理意义 | 第139-140页 |
| ·GPV感染鹅消化道菌群数量的变化 | 第140-142页 |
| 5 小结 | 第142-144页 |
| 第三部分 结论 | 第144-145页 |
| 参考文献 | 第145-165页 |
| 致谢 | 第165-166页 |
| 附件材料 | 第166-170页 |
| 作者简介 | 第170页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第170页 |
