| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第18-19页 |
| 第一章 引言 | 第19-31页 |
| 1.1 糙皮侧耳综述 | 第19页 |
| 1.2 过氧化氢酶概述 | 第19-22页 |
| 1.2.1 活性氧的产生和清除 | 第19-20页 |
| 1.2.2 过氧化氢酶简介 | 第20页 |
| 1.2.3 过氧化氢酶的分子进化 | 第20-21页 |
| 1.2.4 过氧化氢酶的检测方法 | 第21页 |
| 1.2.5 过氧化氢酶的基因功能研究方法 | 第21-22页 |
| 1.3 过氧化氢酶研究进展 | 第22-24页 |
| 1.3.1 植物CAT研究进展 | 第22页 |
| 1.3.2 动物CAT研究进展 | 第22-23页 |
| 1.3.3 真菌CAT研究进展 | 第23-24页 |
| 1.3.4 CAT调控研究进展 | 第24页 |
| 1.4 组学技术在食用菌研究中的应用 | 第24-30页 |
| 1.4.1 测序及组装技术的发展 | 第25页 |
| 1.4.2 基因组学在食用菌中的应用 | 第25-28页 |
| 1.4.3 转录组学在食用菌中的应用 | 第28-30页 |
| 1.5 本研究的目的、内容和意义 | 第30-31页 |
| 第二章 基于组学技术的糙皮侧耳过氧化氢酶特征分析 | 第31-63页 |
| 2.1 实验材料及仪器 | 第31-32页 |
| 2.1.1 实验菌株及培养基 | 第31页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第31-32页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-41页 |
| 2.2.1 DNA文库构建、测序及原始数据处理 | 第32页 |
| 2.2.2 基于NGS数据的基因组组装 | 第32页 |
| 2.2.3 Bionano光学图谱构建 | 第32-33页 |
| 2.2.4 Bionano光学图谱辅助NGS的组装及染色体定位 | 第33页 |
| 2.2.5 重复序列注释 | 第33页 |
| 2.2.6 蛋白编码基因预测及注释 | 第33页 |
| 2.2.7 CCMSSC00389 基因组组装及注释优化 | 第33页 |
| 2.2.8 系统发育分析 | 第33-37页 |
| 2.2.9 基因组共线性及基因集比较分析 | 第37页 |
| 2.2.10 遗传变异的检测及验证 | 第37页 |
| 2.2.11 菌丝高温胁迫 | 第37页 |
| 2.2.12 出菇实验 | 第37页 |
| 2.2.13 RNA提取和质量检测 | 第37-38页 |
| 2.2.14 cDNA的制备 | 第38页 |
| 2.2.15 CAT基因克隆 | 第38-40页 |
| 2.2.16 CAT生物信息学分析 | 第40页 |
| 2.2.17 CAT基因结构分析及发育树构建 | 第40页 |
| 2.2.18 RNA-seq文库构建及测序 | 第40页 |
| 2.2.19 转录本拼接、表达量计算和差异表达基因分析 | 第40页 |
| 2.2.20 发育过程中共表达基因的鉴定 | 第40-41页 |
| 2.3 结果与分析 | 第41-63页 |
| 2.3.1 CCMSSC03989 NGS/Bionano测序数据 | 第41页 |
| 2.3.2 CCMSSC03989 基因组的组装及质量评估 | 第41-44页 |
| 2.3.3 CCMSSC03989 基因组重复序列注释 | 第44-45页 |
| 2.3.4 CCMSSC03989 蛋白编码基因注释及功能注释 | 第45页 |
| 2.3.5 CCMSSC00389 基因组组装提升 | 第45-46页 |
| 2.3.6 系统发育分析 | 第46-48页 |
| 2.3.7 CCMSSC03989与CCMSSC00389 基因组序列比较 | 第48页 |
| 2.3.8 CCMSSC03989与CCMSSC00389 基因集比较 | 第48-49页 |
| 2.3.9 遗传变异的数量及特征 | 第49-52页 |
| 2.3.10 糙皮侧耳CAT序列特征 | 第52-55页 |
| 2.3.11 转录组测序数据统计 | 第55页 |
| 2.3.12 糙皮侧耳高温胁迫和发育过程基因表达特征 | 第55-61页 |
| 2.3.13 讨论 | 第61-63页 |
| 第三章 糙皮侧耳CAT在发育及胁迫下的表达模式 | 第63-88页 |
| 3.1 实验材料及仪器 | 第63-65页 |
| 3.1.1 实验菌株及培养基 | 第63页 |
| 3.1.2 实验试剂及配制 | 第63-64页 |
| 3.1.3 实验仪器 | 第64-65页 |
| 3.2 实验方法 | 第65-72页 |
| 3.2.1 糙皮侧耳菌丝培养 | 第65页 |
| 3.2.2 糙皮侧耳总DNA和总RNA的提取 | 第65页 |
| 3.2.3 粗酶液提取及蛋白浓度测定 | 第65-66页 |
| 3.2.4 栽培出菇及样品收集 | 第66页 |
| 3.2.5 CCMSSC00389 单孢子分离 | 第66页 |
| 3.2.6 菌丝胁迫处理 | 第66页 |
| 3.2.7 荧光定量PCR(Quantitative PCR,qPCR) | 第66-67页 |
| 3.2.8 CAT酶活测定 | 第67-68页 |
| 3.2.9 Western blot | 第68页 |
| 3.2.10 LC-MS/MS鉴定肽段 | 第68页 |
| 3.2.11 CAT原核表达载体构建 | 第68-69页 |
| 3.2.12 CAT的原核表达及纯化 | 第69-70页 |
| 3.2.13 单孢子菌丝CAT-1 基因组序列测序 | 第70页 |
| 3.2.14 MYB转录因子和CAT表达量热图绘制 | 第70-71页 |
| 3.2.15 凝胶阻滞（EMSA）实验 | 第71-72页 |
| 3.2.16 数据处理 | 第72页 |
| 3.3 结果与分析 | 第72-88页 |
| 3.3.1 RNA提取及质量检测 | 第72页 |
| 3.3.2 糙皮侧耳CAT在发育过程中的表达特征 | 第72-78页 |
| 3.3.3 糙皮侧耳CAT在不同胁迫条件下的表达特征 | 第78-83页 |
| 3.3.4 CCMSSC00389 CAT原核表达 | 第83页 |
| 3.3.5 CCMSSC00389 CAT-1 基因片段测序 | 第83-84页 |
| 3.3.6 糙皮侧耳MYB和 CAT的关系 | 第84-86页 |
| 3.3.7 讨论 | 第86-88页 |
| 第四章 糙皮侧耳CAT功能研究 | 第88-111页 |
| 4.1 实验材料及仪器 | 第88-90页 |
| 4.1.1 实验菌株及培养基 | 第88-89页 |
| 4.1.2 实验试剂及配制 | 第89-90页 |
| 4.1.3 实验仪器 | 第90页 |
| 4.2 实验方法 | 第90-95页 |
| 4.2.1 CAT过表达载体构建 | 第90-91页 |
| 4.2.2 农杆菌感受态的制备及转化 | 第91页 |
| 4.2.3 糙皮侧耳菌丝的转化 | 第91页 |
| 4.2.4 糙皮侧耳转化子的PCR验证 | 第91-92页 |
| 4.2.5 糙皮侧耳转化子目的基因的qPCR、WB和酶活检测 | 第92页 |
| 4.2.6 糙皮侧耳转化子生长速度检测 | 第92页 |
| 4.2.7 糙皮侧耳转化子胞内H_2O_2 含量测定 | 第92-93页 |
| 4.2.8 糙皮侧耳转化子抗氧化酶系统基因表达量及酶活检测 | 第93-94页 |
| 4.2.9 糙皮侧耳转化子对温度的耐受性检测 | 第94页 |
| 4.2.10 糙皮侧耳转化子对外源H_2O_2 敏感性检测 | 第94-95页 |
| 4.2.11 外源添加3-AT(3-Amino-1,2,4-triazole) | 第95页 |
| 4.2.12 糙皮侧耳转化子发育过程性状统计 | 第95页 |
| 4.2.13 数据处理 | 第95页 |
| 4.3 结果与分析 | 第95-109页 |
| 4.3.1 糙皮侧耳转化子的筛选和鉴定 | 第95-96页 |
| 4.3.2 糙皮侧耳转化子CAT表达特征 | 第96-97页 |
| 4.3.3 糙皮侧耳转化子的菌丝长速 | 第97-98页 |
| 4.3.4 糙皮侧耳转化子胞内H_2O_2 含量 | 第98-99页 |
| 4.3.5 CAT过表达对抗氧化系统其它基因的影响 | 第99-100页 |
| 4.3.6 糙皮侧耳转化子对高温的耐受性 | 第100-104页 |
| 4.3.7 糙皮侧耳转化子的H_2O_2 抗性 | 第104-105页 |
| 4.3.8 糙皮侧耳转化子的3-AT抗性 | 第105-106页 |
| 4.3.9 糙皮侧耳转化子出菇实验 | 第106-107页 |
| 4.3.10 外源添加CAT抑制剂对糙皮侧耳的影响 | 第107-109页 |
| 4.4 讨论 | 第109-111页 |
| 第五章 全文结论 | 第111-113页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第111-112页 |
| 5.2 创新点 | 第112页 |
| 5.3 有待进一步研究和解决的问题 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 作者简历 | 第129页 |
