| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-12页 |
| 1.1 研究背景 | 第8-9页 |
| 1.2 研究主要内容与意义 | 第9-11页 |
| 1.3 论文结构安排 | 第11-12页 |
| 第2章 DNA测序数据的压缩技术 | 第12-21页 |
| 2.1 引言 | 第12页 |
| 2.2 DNA测序技术 | 第12-13页 |
| 2.3 DNA测序数据存储格式 | 第13-15页 |
| 2.3.1 FASTA格式 | 第13-14页 |
| 2.3.2 FASTQ格式 | 第14页 |
| 2.3.3 SAM格式 | 第14-15页 |
| 2.4 DNA测序数据的压缩技术 | 第15-18页 |
| 2.4.1 基于参考基因组的FASTQ数据的压缩 | 第16-17页 |
| 2.4.2 非参考基因组的FASTQ数据的压缩 | 第17-18页 |
| 2.5 基于参考基因组压缩方法中的匹配技术 | 第18-20页 |
| 2.6 本章小结 | 第20-21页 |
| 第3章 基于参考基因组的并行FASTQ数据压缩算法LW-FQZip | 第21-37页 |
| 3.1 引言 | 第21页 |
| 3.2 LW-FQZip1算法设计原理及实现 | 第21-24页 |
| 3.2.1 算法总体框架 | 第21-22页 |
| 3.2.2 轻量级匹配模型 | 第22-24页 |
| 3.3 LW-FQZip2算法设计原理及实现 | 第24-29页 |
| 3.3.1 算法总体框架 | 第24-25页 |
| 3.3.2 LW-FQZip2压缩元数据和质量分数 | 第25-28页 |
| 3.3.3 LW-FQZip2压缩碱基 | 第28-29页 |
| 3.3.4 并行与多线程实现 | 第29页 |
| 3.4 LW-FQZip2实验结果 | 第29-36页 |
| 3.4.1 实验设计 | 第29-31页 |
| 3.4.2 实验数据 | 第31-32页 |
| 3.4.3 LW-FQZip2压缩性能 | 第32-34页 |
| 3.4.4 LW-FQZip2并行与CPU使用情况 | 第34-36页 |
| 3.5 本章小结 | 第36-37页 |
| 第4章 非参考基因组FASTQ数据压缩算法KMCompress | 第37-47页 |
| 4.1 引言 | 第37页 |
| 4.2 KMCompress算法设计原理及实现 | 第37-42页 |
| 4.2.1 算法总体框架 | 第37-40页 |
| 4.2.2 基于kmer短序列的序列重组 | 第40-41页 |
| 4.2.3 KMCompress压缩元数据和碱基以及质量分数 | 第41页 |
| 4.2.4 并行与多进程实现 | 第41-42页 |
| 4.3 KMCompress实验结果 | 第42-46页 |
| 4.3.1 实验设计 | 第42-43页 |
| 4.3.2 实验数据 | 第43页 |
| 4.3.3 实验结果及分析 | 第43-46页 |
| 4.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 第5章 总结与展望 | 第47-49页 |
| 5.1 研究工作总结 | 第47-48页 |
| 5.2 未来研究工作展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第55页 |
