| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第9-18页 |
| 1.1 杨树概述 | 第9页 |
| 1.2 转录组概述 | 第9-13页 |
| 1.2.1 转录组的定义 | 第9-10页 |
| 1.2.2 转录组学研究的内容 | 第10页 |
| 1.2.3 转录组研究技术 | 第10-12页 |
| 1.2.4 转录组研究在杨树中的应用 | 第12-13页 |
| 1.3 转录组测序生物信息学分析 | 第13-17页 |
| 1.3.1 质量控制 | 第14页 |
| 1.3.2 比对到参考基因组 | 第14-15页 |
| 1.3.3 从头组装 | 第15页 |
| 1.3.4 转录本表达量计算 | 第15-16页 |
| 1.3.5 差异表达分析 | 第16页 |
| 1.3.6 基因功能的富集分析 | 第16-17页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第17-18页 |
| 第二章 材料与方法 | 第18-39页 |
| 2.1 植物材料与干旱处理 | 第18页 |
| 2.2 样本RNA提取,cDNA文库构建与Illumina测序 | 第18-19页 |
| 2.2.1 样本RNA提取 | 第18页 |
| 2.2.2 cDNA文库构建和Illumina测序 | 第18-19页 |
| 2.3 原始数据质量控制 | 第19页 |
| 2.4 转录组二代测序数据有参分析 | 第19-32页 |
| 2.4.1 利用Tophat、Cufflinks和cummeRbund进行差异表达分析 | 第19-28页 |
| 2.4.2 利用HISAT2、Stringtie和ballgown进行差异表达分析 | 第28-32页 |
| 2.5 转录组二代测序数据无参分析 | 第32-37页 |
| 2.5.1 利用Trinity进行reads拼接 | 第33-34页 |
| 2.5.2 拼接质量评估 | 第34-35页 |
| 2.5.3 利用RSEM计算基因、转录本表达量 | 第35-36页 |
| 2.5.4 差异表达分析 | 第36-37页 |
| 2.6 差异表达基因功能注释 | 第37-38页 |
| 2.7 差异表达p值和q值的理解 | 第38-39页 |
| 第三章 软件包的开发与使用 | 第39-45页 |
| 3.1 findDEG软件包开发 | 第39-41页 |
| 3.2 findDEG安装及使用说明 | 第41-44页 |
| 3.3 findDEG运行结果文件 | 第44-45页 |
| 第四章 杨树转录组数据分析 | 第45-61页 |
| 4.1 原始数据质量控制结果 | 第45页 |
| 4.2 利用tophat+Cufflinks模块分析杨树数据结果 | 第45-54页 |
| 4.2.1 利用TopHat将reads比对到毛果杨参考基因组结果 | 第45-46页 |
| 4.2.2 利用cufflinks进行表达量计算结果 | 第46-49页 |
| 4.2.3 差异表达基因筛选结果 | 第49-51页 |
| 4.2.4 差异表达基因功能注释 | 第51-54页 |
| 4.3 利用trinity模块分析杨树数据结果 | 第54-59页 |
| 4.3.1 利用Trinity进行拼接结果 | 第54页 |
| 4.3.2 利用RSEM计算基因、转录本表达量结果 | 第54-55页 |
| 4.3.3 统计转录本ExN50值 | 第55-56页 |
| 4.3.4 差异表达基因筛选结果 | 第56-57页 |
| 4.3.5 差异表达基因功能注释 | 第57-59页 |
| 4.4 结果比较 | 第59-61页 |
| 第五章 结果与讨论 | 第61-65页 |
| 5.1 研究结果 | 第61-62页 |
| 5.2 讨论 | 第62-64页 |
| 5.2.1 Cufflinks-2.1.1与Cufflinks-2.2.1比较 | 第62-63页 |
| 5.2.2 Cufflinks组装结果与Trinity拼接结果比较 | 第63页 |
| 5.2.3 Cufflinks与RSEM表达量评估结果比较 | 第63页 |
| 5.2.4 Cuffdiff与edgeR筛选差异表达基因结果比较 | 第63页 |
| 5.2.5 软件包的优点与改进 | 第63-64页 |
| 5.3 存在问题与展望 | 第64-65页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-71页 |
| 附录1 简写字母说明表 | 第71-72页 |
| 附录2 Perl程序代码 | 第72-73页 |
| 附录3 findDEG使用手册 | 第73-81页 |
