| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-24页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-12页 |
| 1.2.1 DNA测序数据库 | 第10-11页 |
| 1.2.2 基因组测序数据纠错及拼接算法 | 第11页 |
| 1.2.3 基因家族鉴定及功能分析 | 第11-12页 |
| 1.3 计算机算法在生物信息学中的应用 | 第12-22页 |
| 1.3.1 分治法(序列比对) | 第12-16页 |
| 1.3.2 聚类算法 | 第16-17页 |
| 1.3.3 图算法 | 第17-19页 |
| 1.3.4 HMM算法 | 第19-21页 |
| 1.3.5 其它算法 | 第21-22页 |
| 1.4 本文的研究内容 | 第22-23页 |
| 1.5 本文的组织结构 | 第23-24页 |
| 第二章 基于IKNN的分类算法在林木植物测序数据纠错中的应用 | 第24-37页 |
| 2.1 测序数据来源 | 第24-28页 |
| 2.2 基于IKNN的分类算法 | 第28-34页 |
| 2.2.1 数据挖掘中的分类算法 | 第28-30页 |
| 2.2.2 问题定义 | 第30页 |
| 2.2.3 解决方案 | 第30-32页 |
| 2.2.4 性能标准 | 第32-33页 |
| 2.2.5 结果分析 | 第33-34页 |
| 2.3 林木植物基因组测序数据纠错算法 | 第34-36页 |
| 2.4 本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 基于LSA的DNA拼接算法在林木植物细胞器基因组中的应用 | 第37-57页 |
| 3.1 基于长片段指导路径的短片段LSA拼接算法 | 第37-41页 |
| 3.1.1 算法原理 | 第37-39页 |
| 3.1.2 算法实现 | 第39-40页 |
| 3.1.3 算法评价 | 第40-41页 |
| 3.2 林木植物线粒体基因组拼接算法 | 第41-45页 |
| 3.2.1 线粒体基因组拼接算法 | 第42-43页 |
| 3.2.2 线粒体基因组纠错算法 | 第43-45页 |
| 3.3 林木植物叶绿体基因组拼接算法 | 第45-46页 |
| 3.3.1 叶绿体基因组拼接算法 | 第45-46页 |
| 3.3.2 叶绿体基因组纠错算法 | 第46页 |
| 3.4 细胞器基因组功能分析 | 第46-56页 |
| 3.4.1 基因组序列分析 | 第46-47页 |
| 3.4.2 基因组序列注释及组成分析 | 第47-51页 |
| 3.4.3 重复序列分析 | 第51-52页 |
| 3.4.4 比较基因组学分析 | 第52-54页 |
| 3.4.5 系统发育学分析 | 第54-56页 |
| 3.5 本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 基于HMM算法的林木植物基因家族鉴定方法及功能分析 | 第57-75页 |
| 4.1 基因家族概述 | 第57页 |
| 4.2 基因家族鉴定及功能分析方法 | 第57-62页 |
| 4.2.1 数据库检索与成员鉴定 | 第58-61页 |
| 4.2.2 系统发育分析 | 第61页 |
| 4.2.3 基因结构分析 | 第61页 |
| 4.2.4 染色体定位及基因同源性分析 | 第61-62页 |
| 4.2.5 基因表达谱分析 | 第62页 |
| 4.3 簸箕柳WOX基因家族鉴定及进化、表达分析 | 第62-73页 |
| 4.3.1 簸箕柳WOX基因家族的鉴定 | 第63-64页 |
| 4.3.2 簸箕柳WOX基因家族序列分析 | 第64-65页 |
| 4.3.3 簸箕柳WOX基因家族染色体定位 | 第65-66页 |
| 4.3.4 簸箕柳WOX基因的进化分析及分类 | 第66-68页 |
| 4.3.5 簸箕柳WOX基因的结构和模体分析 | 第68-71页 |
| 4.3.6 簸箕柳不同组织中WOX基因的表达谱分析 | 第71-73页 |
| 4.4 本章小结 | 第73-75页 |
| 第五章 结束语 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-81页 |
| 攻读学位期间研究成果及发表的学术论文 | 第81-82页 |
