| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词表 | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第11-25页 |
| 一、啮齿类动物—病毒重要的自然宿主 | 第11-13页 |
| 二、指环病毒科研究进展 | 第13-22页 |
| 2.1 TTVs的发现和分类 | 第14-15页 |
| 2.2 TTVs的病原学特征 | 第15-17页 |
| 2.3 TTVs的遗传变异性 | 第17-18页 |
| 2.4 流行病学 | 第18-19页 |
| 2.5 疾病相关性 | 第19-21页 |
| 2.6 动物的TTVs | 第21-22页 |
| 三、高通量测序检测病毒感染中的应用 | 第22-23页 |
| 四、本研究的立题依据 | 第23-25页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第25-43页 |
| 一、实验材料 | 第25-28页 |
| 1.1 主要实验设备 | 第25-26页 |
| 1.2 主要实验试剂耗材 | 第26-27页 |
| 1.3 溶液配制 | 第27-28页 |
| 二、实验方法 | 第28-43页 |
| 2.1 样品的采集 | 第28-29页 |
| 2.2 建立核酸文库 | 第29-32页 |
| 2.3 Hiseq文库构建及Hiseq测序准备实验 | 第32-37页 |
| 2.4 生物信息学分析 | 第37-38页 |
| 2.5 病毒鉴定及保守区域扩增 | 第38-39页 |
| 2.6 病毒全基因组扩增 | 第39-42页 |
| 2.7 数据分析 | 第42-43页 |
| 第三章 实验结果 | 第43-63页 |
| 一、啮齿目动物携带指环病毒的高通量检测及宏基因组分析 | 第43-51页 |
| 1.1 啮齿目动物样本文库的种类组成及地域分布 | 第43-46页 |
| 1.2 啮齿目动物病毒组cDNA文库构建 | 第46-48页 |
| 1.3 Hiseq高通量测序结果 | 第48-49页 |
| 1.4 生物信息分析结果 | 第49页 |
| 1.5 啮齿动物中指环病毒科的病毒载量情况 | 第49-51页 |
| 二、啮齿目动物指环病毒的全基因组特征 | 第51-58页 |
| 2.1 指环病毒筛查及全基因组扩增 | 第51-52页 |
| 2.2 指环病毒基因组特点 | 第52-58页 |
| 三、遗传进化分析 | 第58-63页 |
| 3.1 啮齿目动物指环病毒的ORF1的系统发育分析 | 第58-60页 |
| 3.2 啮齿目动物指环病毒的ORF2的系统发育分析 | 第60-63页 |
| 第四章 讨论 | 第63-66页 |
| 第五章 结论 | 第66-67页 |
| 发表文章 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-83页 |
| 附录 | 第83-107页 |
| 致谢 | 第107页 |
